Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga11g00954.F9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4763
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.21, T:0.31
Found at i:2316 original size:204 final size:204
Alignment explanation
Indices: 1966--2378 Score: 817
Period size: 204 Copynumber: 2.0 Consensus size: 204
1956 AAACTAAGAT
1966 TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
1 TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
2031 TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
66 TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
2096 TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
131 TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
2161 ATCTATACA
196 ATCTATACA
2170 TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
1 TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
2235 TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
66 TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
2300 TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
131 TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
2365 ATCTATACA
196 ATCTATACA
*
2374 AAAAT
1 TAAAT
2379 TCGCTTAAGT
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 1, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
204 208 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (204 bp):
TAAATATAGAGTGTAAGCATTTTCTGTATGCTCTTGGCATTGACTTATGCATCCTTTCGCCTGCT
TATGCTTTCCAATGCTATGCTTTAAATGCCAAGTGAAGCCTATGCTCGGCAATGGATTTATGTGT
TTTTTGCCTCATGCTTTCCAACGCTCTGCATGCATTACTAGTAAATATCAGAAAGAGACGGTGTT
ATCTATACA
Done.