Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga11g01540.N1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1945
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.18, T:0.40
Found at i:190 original size:101 final size:100
Alignment explanation
Indices: 5--1939 Score: 1323
Period size: 100 Copynumber: 19.9 Consensus size: 100
1 GGCT
** * * * ** * **
5 GTTTGGCTAAGTAGTTTGGCATAATAGTCCATTTCATCTTAATTTGAATGTTTATAGAAATGAAC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
* * * * *
70 TTTTAATATTGTATTCAATCAAATATTGGCACGACA
66 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGA-A
* * * *
106 GTTAGGCTGGGTAGTTTGACTTGATAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
*
171 TCTTAATTTTGCATTCAATC-GATTTTGGC----A
66 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGAA
* * * * * * *
201 -----GCT---AAGTCTGGCATGACAGTCCATTTCTTCCCAATTT-AAAGTTTATCGAAATGTCC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
* *
257 TATTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCTGGGAA
66 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGC-AGGAA
* * *
293 ATTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCATCCAAATTTGAACT-CTTATAGAAATG-T
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAA-TGCTTATAGAAATGTT
* * *
356 CATCTTAATTTTTCATTTAATAAAATTTTGGCAAGGATA
65 C-TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGC-AGGA-A
* * * * * *
395 -TTTTGTTAGGTAGTTTGGCATAACAGTCCATTTTGTCCCAATTTGAATGCTTATAGATATG-TC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
** *
458 ATCTTAATTTTGCATTCAATC-AATTTTTCCTGGGAA
66 -TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGC-AGGAA
* * * * * * ***
494 GTTTTGCTGGGTAGTTTTGCATGACAGTCAATTTCATCCCAATTTGAATGTTTATCGAAATACCC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
* *
559 TCTTAATTTTGCATTTAATCAAATCTTGGCAGGGAA
66 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCA-GGAA
* * * * * * * *
595 ATTTGGCTGGGTATTTTAGCATGACTGTCCATTTCATCCCAGTTTAAACT-TTTATAGAAATG-T
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAA-TGCTTATAGAAATGTT
*
658 CACCTTAATTTTGCATTCAATCAAA-TTT--------
65 C-TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGAA
* ** * *
686 -TTT-GCGGGGTTA-TTTGGCATGGTA-TCCCATTTCATCCCAATTTGAATGCTTATAGACATG-
1 GTTTGGCTGGG-TAGTTTGGCATGACAGT-CCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGT
* * *
746 TCTTATTAATTTTGCATTTAATC-AATATTGGCAGGGAA
64 TC-TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCA-GGAA
* * * * * *
784 GTGTT-TCTAGGTAGTTTGGCATGACAGTCCGTTTAGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAATTGTC
1 GT-TTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTT
* * *
848 CTCTGAATTTTGTATT-AATC-AATTTT-GCAGGGTA
65 CTCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCA-GGAA
* * *
882 GTTTGGCTGGGTAGGCTT-GCATGACAGTCCATTTCGTACCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTC
1 GTTTGGCTGGGTA-GTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTT
* * *
946 CTCTTAATTTTGCATTCAATC-AATTGTAGCATGACA
65 CTCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGA-A
** * *
982 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGATTGTCCATTTCGTCCCATTTTGAATGCTTATAG-AATGTCC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
* *
1046 TTTTAATTTTGCATTCAATC-AATTTTGGCAGAGTA
66 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAG-GAA
* * ** ** * * * *
1081 GTTTGGTTGGATAGTTTTCCATGACAGTCCACGTCGT-CTAAGTTAGAATGTTTATAGAAAT-AT
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAA-TTTGAATGCTTATAGAAATGTT
* * **
1144 CATCTTAATTTTGAATTCAATCAAATTTTGGCCGGGCG
65 C-TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGG-CAGGAA
* * * * * *
1182 GTTTGGCTGAGTAGTTTGGCATGACAATCCGTTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGTAATGTTC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
1247 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAAGGAA
66 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGC-AGGAA
* * *
1283 G-TT---T-GGTA---T-G-AT---AGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTTTAGAAATATCC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
* * *
1335 TCTTAAATTTACACTCAATCAAATTTTGGCAGGACA
66 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGA-A
* * ** * * * * *
1371 ATTTGGCT-GGTAGTTTTGCATGACAGTTTATTTCATCCCAATTTTAATTCTTTTA-ATAATGTC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGA-AATGTT
** * *
1434 CTCTTAATTTTGCATTCAATC-AATTTCAGTAGAGCA
65 CTCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAG-GAA
* * * * * * *
1470 GTTTTGCCGAGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTACCGATTTAAATGTTTATAGAAATG-TC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
* * *
1534 TTCTTAATTTGGAATTCAATAAAATTTT----GGAA
66 -TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGAA
* * * * * *
1566 G---AGC-----AGTTTGGCTTGACAATCAATTTTGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAGATG-TC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
* * * *
1622 TTCTTAATTTTGAATTCAACCAAATATTGGCAAGGTA
66 -TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGC-AGGAA
** * * *
1659 GTTTGGCTCCGTAATTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGTTTATAGAAATGTCC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
* * *
1724 TTTTAATTATGCATTTAATCAAA---T-------A
66 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGAA
* * * * *
1749 --TTGGCAGGGTAATTTGGTATGATAGTCCATTTCGTCCTAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
* * * *
1812 TCTTAATTTTGCATTCAAT-TAGTCTTGGCAGGGAG
66 TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCA-GGAA
* * * * * *** *
1847 GTTTGGTTGGGTAGTTTGACATGACAGTCCATTTCATTCTAATTTGAAAATTTATCA-AAATGTC
1 GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTAT-AGAAATGTT
* * *
1911 CTTTTAATTTTGAATTTAATCAAATTTTG
65 CTCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTG
1940 ACTAGG
Statistics
Matches: 1443, Mismatches: 285, Indels: 212
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
86 34 0.02
87 41 0.03
88 202 0.14
89 64 0.04
90 10 0.01
91 2 0.00
92 7 0.00
93 7 0.00
95 2 0.00
96 9 0.01
97 9 0.01
98 74 0.05
99 123 0.09
100 426 0.30
101 423 0.29
102 10 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (100 bp):
GTTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTC
TCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGAA
Found at i:1338 original size:88 final size:88
Alignment explanation
Indices: 1194--1365 Score: 229
Period size: 88 Copynumber: 2.0 Consensus size: 88
1184 TTGGCTGAGT
* * * * * *
1194 AGTTTGGCATGACAATCCGTTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGTAATGTTCTCTTAATTTTGC
1 AGTTTGGCATGACAATCCATTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGAAATATCCTCTTAAATTTAC
*
1259 ATTCAATCAAATTTTGGCAAGGA
66 ACTCAATCAAATTTTGGCAAGGA
* * * *
1282 AGTTTGGTATGATAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTT-TAGAAATATCCTCTTAAATTTA
1 AGTTTGGCATGACAATCCATTTCGTCCCAACTTGAATG-TTTATAGAAATATCCTCTTAAATTTA
1346 CACTCAATCAAATTTTGGCA
65 CACTCAATCAAATTTTGGCA
1366 GGACAATTTG
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 11, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
88 69 0.96
89 3 0.04
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (88 bp):
AGTTTGGCATGACAATCCATTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGAAATATCCTCTTAAATTTAC
ACTCAATCAAATTTTGGCAAGGA
Found at i:1490 original size:288 final size:289
Alignment explanation
Indices: 1126--1745 Score: 680
Period size: 288 Copynumber: 2.1 Consensus size: 289
1116 GTCTAAGTTA
* * * * ** ** * * * *
1126 GAATGTTTATAGAAATATCATCTTAATTTTGAATTCAATCAAATTTTGGCCGGGCGGTTTGGCTG
1 GAATGTTTATAGAAATGTCCTCTTAATTATGCATTCAATC-AATTTCAGTAGAGCAGTTTTGCCG
* * * *
1191 AGTAGTTTGGCATGACAATCCGTTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGTAATGT-TCTCTTAATT
65 AGTAGTTTGGCATGACAATCCATTTCGTACCAACTTAAATGTTTATAGAAATGTCT-TCTTAATT
* * * * * *
1255 TTGCATTCAATCAAATTTTGGCAAG-GAAGTTTGG-TATGATAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAA
129 TGGAATTCAATAAAATTTTGG-AAGAGAAGTTTGGCT-TGACAATCAATTTCGTCCCAATTTGAA
* * * *
1318 TGCTTTTAGAAATATCCTCTTAAATTT-ACACTCAATCAAATTTTGGC-AGGACAATTTGGCT-G
192 TGCTTATAGAAATATCCTCTTAAATTTGA-ACTCAACCAAATATTGGCAAGG-CAATTTGGCTCC
* * **
1380 GTAGTTTTGCATGACAGTTTATTTCATCCCAATTT
255 GTAATTTGGCATGACAGTCCATTTCATCCCAATTT
* * *
1415 TAAT-TCTTTTA-ATAATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATCAATTTCAGTAGAGCAGTTTTGCC
1 GAATGT-TTATAGA-AATGTCCTCTTAATTATGCATTCAATCAATTTCAGTAGAGCAGTTTTGCC
* * *
1478 GAGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTACCGATTTAAATGTTTATAGAAATGTCTTCTTAATT
64 GAGTAGTTTGGCATGACAATCCATTTCGTACCAACTTAAATGTTTATAGAAATGTCTTCTTAATT
* *
1543 TGGAATTCAATAAAATTTTGGAAGAGCAGTTTGGCTTGACAATCAATTTTGTCCCAATTTGAATG
129 TGGAATTCAATAAAATTTTGGAAGAGAAGTTTGGCTTGACAATCAATTTCGTCCCAATTTGAATG
* * * * * * *
1608 CTTATAGAGATGTCTTCTTAATTTTGAATTCAACCAAATATTGGCAAGGTAGTTTGGCTCCGTAA
194 CTTATAGAAATATCCTCTTAAATTTGAACTCAACCAAATATTGGCAAGGCAATTTGGCTCCGTAA
*
1673 TTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTT
259 TTTGGCATGACAGTCCATTTCATCCCAATTT
* *
1704 GAATGTTTATAGAAATGTCCTTTTAATTATGCATTTAATCAA
1 GAATGTTTATAGAAATGTCCTCTTAATTATGCATTCAATCAA
1746 ATATTGGCAG
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 49, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
287 3 0.01
288 167 0.61
289 100 0.37
290 2 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (289 bp):
GAATGTTTATAGAAATGTCCTCTTAATTATGCATTCAATCAATTTCAGTAGAGCAGTTTTGCCGA
GTAGTTTGGCATGACAATCCATTTCGTACCAACTTAAATGTTTATAGAAATGTCTTCTTAATTTG
GAATTCAATAAAATTTTGGAAGAGAAGTTTGGCTTGACAATCAATTTCGTCCCAATTTGAATGCT
TATAGAAATATCCTCTTAAATTTGAACTCAACCAAATATTGGCAAGGCAATTTGGCTCCGTAATT
TGGCATGACAGTCCATTTCATCCCAATTT
Found at i:1583 original size:88 final size:88
Alignment explanation
Indices: 1482--1666 Score: 228
Period size: 88 Copynumber: 2.1 Consensus size: 88
1472 TTTGCCGAGT
* * * * *
1482 AGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTACCGATTTAAATGTTTATAGAAATGTCTTCTTAATTTGGA
1 AGTTTGGCTTGACAATCAATTTCGTACCAATTTAAATGCTTATAGAAATGTCTTCTTAATTTGGA
* *
1547 ATTCAATAAAATTTTGG-AAGAGC
66 ATTCAACAAAATATTGGCAAG-GC
* * * * *
1570 AGTTTGGCTTGACAATCAATTTTGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAGATGTCTTCTTAATTTTGA
1 AGTTTGGCTTGACAATCAATTTCGTACCAATTTAAATGCTTATAGAAATGTCTTCTTAATTTGGA
* *
1635 ATTCAACCAAATATTGGCAAGGT
66 ATTCAACAAAATATTGGCAAGGC
1658 AGTTTGGCT
1 AGTTTGGCT
1667 CCGTAATTTG
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 14, Indels: 2
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
88 79 0.96
89 3 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (88 bp):
AGTTTGGCTTGACAATCAATTTCGTACCAATTTAAATGCTTATAGAAATGTCTTCTTAATTTGGA
ATTCAACAAAATATTGGCAAGGC
Found at i:1690 original size:389 final size:382
Alignment explanation
Indices: 796--1765 Score: 916
Period size: 389 Copynumber: 2.5 Consensus size: 382
786 GTTTCTAGGT
* ** * * * *
796 AGTTTGGCATGACAGTCCGTTTAGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAATTGTCCTCTGAATTTTGT
1 AGTTTGGC-TGACAATCAATTTTGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAA-TGTCTTCTTAATTTTGA
* * * *
861 ATT-AATC-AATTTTGCAGGGTAGTTTGGCTGGGTAGGCTTGCATGACAGTCCATTTCGTACCAA
64 ATTCAATCAAATTTGGCAAGGTAGTTTGGCT--GTA--ATTGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAA
* * * * * *
924 TTTGAATGCTTATAGAAATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATC-AATTGTAGCATGACAGTTTGG
125 TTTGAATGCTTTTAGAAATGTCCTCTTAAATTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGACAATTTGG
** * *
988 CTGGGTAGTTTGGCATGATTGTCCATTTCGTCCCATTTTGAATGCTTATAGAATGTCCTTTTAAT
190 CTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCATCCCATTTTGAATGCTTATAGAATGTCCTCTTAAT
** * ** *
1053 TTTGCATTCAATCAATTTTGGCAGAGTAGTTTGGTTGGATAGTTTTCCATGACAGTCCACGTCGT
255 TTTGCATTCAATCAATTTCAGCAGAGCAGTTTGGCCGGATAGTTTGCCATGACAGTCCACGTCGT
* * * ** *
1118 CTAAGTTAGAATGTTTATAGAAATATCATCTTAATTTTGAATTCAATCAAATTTTGGCCGGGC
320 CCAAGTTAGAATGTTTATAGAAATATCATCTTAATTTGGAATTCAATAAAATTTTGGAAGAGC
* * * *
1181 GGTTTGGCTGAGTAGTTTGGCATGACAATCCGTTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGTAATGT-
1 AGTTTGGCTGA-CA-------AT--CAAT---TTT-GTCCCAATTTGAATGCTTATAG-AATGTC
* *
1245 TCTCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAAGGAAGTTT-G--GT-A-TG-AT---AGTCCA
51 T-TCTTAATTTTGAATTCAATCAAA-TTTGGCAAGGTAGTTTGGCTGTAATTGCATGACAGTCCA
* * *
1301 TTTCGTCCCAATTTGAATGCTTTTAGAAATATCCTCTTAAATTTACACTCAATCAAATTTTGGCA
114 TTTCGTCCCAATTTGAATGCTTTTAGAAATGTCCTCTTAAATTTGCATTCAATCAAATTTTGGCA
* ** * * *
1366 GGACAATTTGGCT-GGTAGTTTTGCATGACAGTTTATTTCATCCCAATTTT-AATTCTTTTAATA
179 GGACAATTTGGCTGGGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCATCCC-ATTTTGAATGCTTAT-AGA
* * *
1429 ATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATCAATTTCAGTAGAGCAGTTTTGCC-GAGTAGTTTGGCATG
242 ATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATCAATTTCAGCAGAGCAGTTTGGCCGGA-TAGTTTGCCATG
** * * * *
1493 ACAGTCCATTTCGTACCGATTTA-AATGTTTATAGAAATGTCTTCTTAATTTGGAATTCAATAAA
306 ACAGTCCACGTCGT-CCAAGTTAGAATGTTTATAGAAATATCATCTTAATTTGGAATTCAATAAA
1557 ATTTTGGAAGAGC
370 ATTTTGGAAGAGC
1570 AGTTTGGCTTGACAATCAATTTTGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAGATGTCTTCTTAATTTTGA
1 AGTTTGGC-TGACAATCAATTTTGTCCCAATTTGAATGCTTATAGA-ATGTCTTCTTAATTTTGA
*
1635 ATTCAACCAAATATTGGCAAGGTAGTTTGGCTCCGTAATTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCA
64 ATTCAATCAAAT-TTGGCAAGGTAGTTTGGCT--GTAA-TT-GCATGACAGTCCATTTCGTCCCA
* * * **
1700 ATTTGAATG-TTTATAGAAATGTCCT-TTTAATTATGCATTTAATCAAATATTGGCAGGGTAATT
124 ATTTGAATGCTTT-TAGAAATGTCCTCTTAAATT-TGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGACAATT
1763 TGG
187 TGG
1766 TATGATAGTC
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 71, Indels: 82
0.75 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
375 2 0.00
376 59 0.13
377 5 0.01
380 4 0.01
381 2 0.00
382 3 0.01
384 4 0.01
385 9 0.02
386 2 0.00
388 97 0.21
389 207 0.44
390 8 0.02
391 2 0.00
392 3 0.01
394 2 0.00
396 2 0.00
397 2 0.00
398 36 0.08
399 6 0.01
400 3 0.01
401 13 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.19, T:0.39
Consensus pattern (382 bp):
AGTTTGGCTGACAATCAATTTTGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAATGTCTTCTTAATTTTGAAT
TCAATCAAATTTGGCAAGGTAGTTTGGCTGTAATTGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAA
TGCTTTTAGAAATGTCCTCTTAAATTTGCATTCAATCAAATTTTGGCAGGACAATTTGGCTGGGT
AGTTTGGCATGACAGTCCATTTCATCCCATTTTGAATGCTTATAGAATGTCCTCTTAATTTTGCA
TTCAATCAATTTCAGCAGAGCAGTTTGGCCGGATAGTTTGCCATGACAGTCCACGTCGTCCAAGT
TAGAATGTTTATAGAAATATCATCTTAATTTGGAATTCAATAAAATTTTGGAAGAGC
Found at i:1804 original size:189 final size:187
Alignment explanation
Indices: 1484--1935 Score: 491
Period size: 189 Copynumber: 2.4 Consensus size: 187
1474 TGCCGAGTAG
* *
1484 TTTGGCATGACAGTCCATTTCGTACCGATTTAAATGTTTATAGAAATGT-CTTCTTAATTTGGAA
1 TTTGGCATGACAGTCCATTTCGTACCAATTTGAATGTTTATAGAAATGTCCTT-TTAATTT-GAA
* * * * *
1548 TTCAATAAAATTTTGGAAGAGCAGTTTGGCTTGACAATCAATTTTGTCCCAATTTGAATGCTTAT
64 TTTAATCAAATATTGGAAGAGCAATTTGGCTTGACAATCAATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTAT
* *
1613 AGAGATG-TCTTCTTAATTTTGAATTCAACCAAATATTGGCAAGGTA-GTTTGGCTCCGTAA
129 AGAAATGTTC-TCTTAATTTTGAATTCAA-CAAATATTGGC-AGGGAGGTTTGGCTCCGTAA
* *
1673 TTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGTTTATAGAAATGTCCTTTTAATTATGCAT
1 TTTGGCATGACAGTCCATTTCGTACCAATTTGAATGTTTATAGAAATGTCCTTTTAATT-TGAAT
* * * * * * *
1738 TTAATCAAATATTGGCAGGGTAATTTGG-TATGATAGTCCATTTCGTCCTAATTTGAATGCTTAT
65 TTAATCAAATATTGGAAGAGCAATTTGGCT-TGACAATCAATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTAT
* ** * * * ** *
1802 AGAAATGTTCTCTTAATTTTGCATTCAATTAGTCTTGGCAGGGAGGTTTGGTTGGGTAG
129 AGAAATGTTCTCTTAATTTTGAATTCAACAAATATTGGCAGGGAGGTTTGGCTCCGTAA
* * * * **
1861 TTTGACATGACAGTCCATTTCATTCTAATTTGAAAATTTATCA-AAATGTCCTTTTAATTTTGAA
1 TTTGGCATGACAGTCCATTTCGTACCAATTTGAATGTTTAT-AGAAATGTCCTTTTAA-TTTGAA
1925 TTTAATCAAAT
64 TTTAATCAAAT
1936 TTTGACTAGG
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 34, Indels: 15
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
187 4 0.02
188 81 0.36
189 131 0.59
190 6 0.03
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (187 bp):
TTTGGCATGACAGTCCATTTCGTACCAATTTGAATGTTTATAGAAATGTCCTTTTAATTTGAATT
TAATCAAATATTGGAAGAGCAATTTGGCTTGACAATCAATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAG
AAATGTTCTCTTAATTTTGAATTCAACAAATATTGGCAGGGAGGTTTGGCTCCGTAA
Found at i:1862 original size:477 final size:478
Alignment explanation
Indices: 792--1933 Score: 1200
Period size: 477 Copynumber: 2.4 Consensus size: 478
782 AAGTGTTTCT
* * * * * * *
792 AGGTAGTTTGGCATGACAGTCCGTTTAGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAATTGTCCTCTGAATT
1 AGGTAATTTGGTATGATAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTCCTCTTAATT
* * * * *
857 TTGTATT-AATCAATTTTGCAGGGTAGTTTGGCTGGGTAGGCTTGCATGACAGTCCATTTCGTAC
66 TTGCATTCAATAAATTTGGCAGGG-AGTTTGGCTGGGTA-GTTTGCATGACAGTCCATTTCATAC
921 CAATTTGAATGCTTATAGAAATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATCAATTGTAGCATGACAGTTT
129 CAATTTGAATGCTTATAGAAATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATCAATTGTAGCATGACAGTTT
* * ** *
986 GGCTGGGTAGTTTGGCATGATTGTCCATTTCGTCCCATTTTGAATGCTTATAGAATGTCCTTTTA
194 GGCCGAGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCATTTTAAATGCTTATAGAATGTCCTTTTA
* * * * * * *
1051 ATTTTGCATTCAATCAATTTTGGCAGAGTAGTTTGGTTGGATAGTTTTCCATGACAGTCCACGTC
259 ATTTGGAATTCAATAAATTTTGGAAGAGCAGTTTGGTTGGA-A----TCAAT-ACAATCCACGTC
* * * * **
1116 GTCTAAGTTAGAATGTTTATAGAAATATCATCTTAATTTTGAATTCAATCAAATTTTGGCCGGGC
318 G-CCAAGTTAGAATGCTTATAGAAATATCATCTTAATTTTGAATTCAACCAAATATTGGCAAGGC
* * * * * *
1181 GGTTTGGCTGAGTAGTTTGGCATGACAATCCGTTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGTAATGTT
382 AGTTTGGCTCAGTAATTTGGCATGACAATCCATTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGAAATGTC
* *
1246 CTCTTAATTTTGCATTCAATCAAATTTTGGCA
447 CTCTTAATTATGCATTCAATCAAATATTGGCA
* * *
1278 AGG-AAGTTTGGTATGATAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTTTAGAAATATCCTCTTAAA
1 AGGTAA-TTTGGTATGATAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTCCTCTTAAT
* * * * **
1342 TTTACACTCAATCAAATTTTGGCAGGACAATTTGGCT-GGTAGTTTTGCATGACAGTTTATTTCA
65 TTTGCATTCAAT-AAA-TTTGGCAGG-GAGTTTGGCTGGGTAG-TTTGCATGACAGTCCATTTCA
* * * * *
1406 TCCCAATTTTAATTCTTTTA-ATAATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATCAATT-TCAGTA-GAG
126 TACCAATTTGAATGCTTATAGA-AATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATCAATTGT-AGCATGA-
* * *
1468 CAGTTTTGCCGAGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTACCGA-TTTAAATGTTTATAGAAATG
188 CAGTTTGGCCGAGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGT-CCCATTTTAAATGCTTATAG-AATG
*
1532 T-CTTCTTAATTTGGAATTCAATAAAATTTTGGAAGAGCAGTTTGGCTT-G-A-CAAT-CAAT-T
251 TCCTT-TTAATTTGGAATTCAAT-AAATTTTGGAAGAGCAGTTTGG-TTGGAATCAATACAATCC
** * * * *
1591 TTGTC-CCAA-TTTGAATGCTTATAGAGATGTCTTCTTAATTTTGAATTCAACCAAATATTGGCA
313 ACGTCGCCAAGTTAGAATGCTTATAGAAATATCATCTTAATTTTGAATTCAACCAAATATTGGCA
* * * *
1654 AGGTAGTTTGGCTCCGTAATTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGTTTATAGAAA
378 AGGCAGTTTGGCTCAGTAATTTGGCATGACAATCCATTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGAAA
* *
1719 TGTCCTTTTAATTATGCATTTAATCAAATATTGGCA
443 TGTCCTCTTAATTATGCATTCAATCAAATATTGGCA
* * *
1755 GGGTAATTTGGTATGATAGTCCATTTCGTCCTAATTTGAATGCTTATAGAAATGTTCTCTTAATT
1 AGGTAATTTGGTATGATAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTCCTCTTAATT
* * * *
1820 TTGCATTCAATTAGTCTTGGCAGGGAGGTTTGGTTGGGTAGTTTGACATGACAGTCCATTTCATT
66 TTGCATTCAATAAAT-TTGGCAGGGA-GTTTGGCTGGGTAGTTTG-CATGACAGTCCATTTCATA
* *** * * *
1885 CTAATTTGAAAATTTATCA-AAATGTCCTTTTAATTTTGAATTTAATCAA
128 CCAATTTGAATGCTTAT-AGAAATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATCAA
1934 ATTTTGACTA
Statistics
Matches: 543, Mismatches: 93, Indels: 49
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
475 2 0.00
476 19 0.03
477 255 0.47
478 7 0.01
480 3 0.01
481 3 0.01
483 3 0.01
485 1 0.00
486 57 0.10
487 8 0.01
488 124 0.23
489 39 0.07
490 20 0.04
491 2 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (478 bp):
AGGTAATTTGGTATGATAGTCCATTTCGTCCCAATTTGAATGCTTATAGAAATGTCCTCTTAATT
TTGCATTCAATAAATTTGGCAGGGAGTTTGGCTGGGTAGTTTGCATGACAGTCCATTTCATACCA
ATTTGAATGCTTATAGAAATGTCCTCTTAATTTTGCATTCAATCAATTGTAGCATGACAGTTTGG
CCGAGTAGTTTGGCATGACAGTCCATTTCGTCCCATTTTAAATGCTTATAGAATGTCCTTTTAAT
TTGGAATTCAATAAATTTTGGAAGAGCAGTTTGGTTGGAATCAATACAATCCACGTCGCCAAGTT
AGAATGCTTATAGAAATATCATCTTAATTTTGAATTCAACCAAATATTGGCAAGGCAGTTTGGCT
CAGTAATTTGGCATGACAATCCATTTCGTCCCAACTTGAATGTTTATAGAAATGTCCTCTTAATT
ATGCATTCAATCAAATATTGGCA
Done.