Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga11g03226.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3684
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.23, T:0.32
Found at i:2331 original size:395 final size:397
Alignment explanation
Indices: 1552--2346 Score: 1567
Period size: 395 Copynumber: 2.0 Consensus size: 397
1542 GTTTTTTTGT
1552 GGTGTGGTTAAAGGACCGCTCTATTTAATTCAGTTTCCTTAAAAACTGAACTTATTTTACTGTCA
1 GGTGTGGTTAAAGGACCGCTCTATTTAATTCAGTTTCCTTAAAAACTGAACTTATTTTACTGTCA
1617 AGCATTACATTCTTTGTACCATTGCATCTTCTAATTGAGTCGGAAATGGGATGTAATAATGATTT
66 AGCATTACATTCTTTGTACCATTGCATCTTCTAATTGAGTCGGAAATGGGATGTAATAATGATTT
1682 GTCATATAGATCTAACTGAGTCGGAATGTCCTTCATAAGAATGATTAAGGTCACATTGCTCTCAA
131 GTCATATAGATCTAACTGAGTCGGAATGTCCTTCATAAGAATGATTAAGGTCACATTGCTCTCAA
1747 AAGTTTAAAAAAAGAAGAATTAATTTGTGTATGTTCCATCAGCTATTACGGAAGCTGAATTTTTT
196 AAGTTTAAAAAAAGAAGAATTAATTTGTGTATGTTCCATCAGCTATTACGGAAGCTGAATTTTTT
1812 TACCCATGAAAATCTGATTAGCAGTGCTTCCCAAGGGAAGGTCTCTCTTACCCCTACCATAGTCG
261 TACCCATGAAAATCTGATTAGCAGTGCTTCCCAAGGGAAGGTCTCTCTTACCCCTACCATAGTCG
1877 AAGTAGAATCACAATATCAAGTGTTTAAAAAGTTACCGCAGGTCTTTTTGTTGAACAACTTTGGT
326 AAGTAGAATCACAATATCAAGTGTTTAAAAAGTTACCGCAGGTCTTTTTGTTGAACAACTTTGGT
1942 TTGTCCA
391 TTGTCCA
*
1949 GGTGTGGTTAAAGGACCGCTCTATTTAATTCAGTTTCCTT-AAAACTTAACTTATTTTACTGTCA
1 GGTGTGGTTAAAGGACCGCTCTATTTAATTCAGTTTCCTTAAAAACTGAACTTATTTTACTGTCA
2013 AGCATTACATTCTTTGTACCATTGCATCTTCTAATTGAGTCGGAAATGGGATGTAATAATGATTT
66 AGCATTACATTCTTTGTACCATTGCATCTTCTAATTGAGTCGGAAATGGGATGTAATAATGATTT
2078 GTCATATAGATCTAACTGAGTCGGAATGTCCTTCATAAGAATGATTAAGGTCACATTGCTCTCAA
131 GTCATATAGATCTAACTGAGTCGGAATGTCCTTCATAAGAATGATTAAGGTCACATTGCTCTCAA
2143 AAGTTT-AAAAAAGAAGAATTAATTTGTGTATGTTCCATCAGCTATTACGGAAGCTGAATTTTTT
196 AAGTTTAAAAAAAGAAGAATTAATTTGTGTATGTTCCATCAGCTATTACGGAAGCTGAATTTTTT
2207 TACCCATGAAAATCTGATTAGCAGTGCTTCCCAAGGGAAGGTCTCTCTTACCCCTACCATAGTCG
261 TACCCATGAAAATCTGATTAGCAGTGCTTCCCAAGGGAAGGTCTCTCTTACCCCTACCATAGTCG
2272 AAGTAGAATCACAATATCAAGTGTTTAAAAAGTTACCGCAGGTCTTTTTGTTGAACAACTTTGGT
326 AAGTAGAATCACAATATCAAGTGTTTAAAAAGTTACCGCAGGTCTTTTTGTTGAACAACTTTGGT
2337 TTGTCCA
391 TTGTCCA
2344 GGT
1 GGT
2347 AAATGGTAGA
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 1, Indels: 2
0.99 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
395 198 0.50
396 159 0.40
397 40 0.10
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (397 bp):
GGTGTGGTTAAAGGACCGCTCTATTTAATTCAGTTTCCTTAAAAACTGAACTTATTTTACTGTCA
AGCATTACATTCTTTGTACCATTGCATCTTCTAATTGAGTCGGAAATGGGATGTAATAATGATTT
GTCATATAGATCTAACTGAGTCGGAATGTCCTTCATAAGAATGATTAAGGTCACATTGCTCTCAA
AAGTTTAAAAAAAGAAGAATTAATTTGTGTATGTTCCATCAGCTATTACGGAAGCTGAATTTTTT
TACCCATGAAAATCTGATTAGCAGTGCTTCCCAAGGGAAGGTCTCTCTTACCCCTACCATAGTCG
AAGTAGAATCACAATATCAAGTGTTTAAAAAGTTACCGCAGGTCTTTTTGTTGAACAACTTTGGT
TTGTCCA
Done.