Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga11g03409.M1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6215
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.22, T:0.29


Found at i:5714 original size:4 final size:4

Alignment explanation


    Indices: 5705--5798  Score: 145
    Period size: 4  Copynumber: 23.5  Consensus size: 4

       5695 TCTTGGTTGC

                                                                       
       5705 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
          1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT

                              *    * *                                
       5753 ATGT ATG- ATGT ATGC ATGC GTGT ATGT ATGT ATGT AATGT ATGT AT
          1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -ATGT ATGT AT

       5799 AGAAAGAATT


Statistics
Matches: 84,  Mismatches: 4, Indels: 4
        0.91            0.04        0.04

Matches are distributed among these distances:
   3    3  0.04
   4   77  0.92
   5    4  0.05

ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.26, T:0.47


Consensus pattern (4 bp):   
ATGT

Done.