Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga11g03483.N2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 970
Length: 1617
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.44, T:0.25
Found at i:282 original size:27 final size:24
Alignment explanation
Indices: 213--282 Score: 59
Period size: 27 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
203 AGGCGGTTCA
**
213 GGAGGTGGTGGTGGTTCTGCGGTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTAGTGCGGTT
* * * *
237 GTAGGAGGAGGTGCTAGTGCTGGATAT
1 GGAGGTGGTGGTGGTAGTGC-GG-T-T
264 GGAGGTGGTGGTGGTAGTG
1 GGAGGTGGTGGTGGTAGTG
283 GAGAAGGTGG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 10, Indels: 3
0.72 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 14 0.42
25 2 0.06
26 1 0.03
27 16 0.48
ACGTcount: A:0.13, C:0.06, G:0.53, T:0.29
Consensus pattern (24 bp):
GGAGGTGGTGGTGGTAGTGCGGTT
Found at i:284 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 257--319 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
247 GTGCTAGTGC
257 TGGATATGGAGGTGGTGGTGGT
1 TGGA-ATGGAGGTGGTGGTGGT
*
279 AGTGG-A-GAAGGTGGTGGT-GT
1 --TGGAATGGAGGTGGTGGTGGT
*
299 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGG
1 TGG-AATGGAGGTGGTGGTGG
320 ACATGGAGGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 10
0.71 0.07 0.22
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.09
20 3 0.09
21 21 0.66
22 2 0.06
24 3 0.09
ACGTcount: A:0.17, C:0.02, G:0.54, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
TGGAATGGAGGTGGTGGTGGT
Found at i:312 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 273--337 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 3.6 Consensus size: 18
263 TGGAGGTGGT
* *
273 GGTGGTAGTGGAGAA-GGT
1 GGTGGTGGTGGA-AATGGA
*
291 GGTGGTGTTGGAAATGGA
1 GGTGGTGGTGGAAATGGA
* *
309 GGTGCTGGTGGACATGGA
1 GGTGGTGGTGGAAATGGA
*
327 GGTGGTAGTGG
1 GGTGGTGGTGG
338 TAGTGGTGGA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 2
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.05
18 36 0.95
ACGTcount: A:0.18, C:0.03, G:0.54, T:0.25
Consensus pattern (18 bp):
GGTGGTGGTGGAAATGGA
Found at i:338 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 257--338 Score: 94
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
247 GTGCTAGTGC
* * * *
257 TGGATATGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGAGAAGGTGGTGGTGT
1 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGGTAATGGAGAAGGTAGTGGTGT
**
299 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGG-ACATGGAGGTGGTAGTGGT
1 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGGTA-ATGGAGAAGGTAGTGGT
339 AGTGGTGGAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 2
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.03
42 32 0.97
ACGTcount: A:0.18, C:0.02, G:0.52, T:0.27
Consensus pattern (42 bp):
TGGAAATGGAGGTGCTGGTGGTAATGGAGAAGGTAGTGGTGT
Found at i:697 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 683--724 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
673 GTGGTGGACA
683 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
692 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
*
701 TGGTA-GCGG
1 TGG-AGGTGG
*
710 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
719 TGGAGG
1 TGGAGG
725 CGGAGCTGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 26 0.96
10 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.64, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:737 original size:294 final size:294
Alignment explanation
Indices: 437--1042 Score: 1169
Period size: 294 Copynumber: 2.1 Consensus size: 294
427 CAGGTGGACA
*
437 TGGAGGAGGA-GGAGGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTAT
1 TGGAGGA-GATGGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTAT
501 GGAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGG
65 GGAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGG
566 TGGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAA
130 TGGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAA
631 GCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGA
195 GCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGA
696 GGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
260 GGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
*
731 TGGAGGATATGGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATG
1 TGGAGGAGATGGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATG
796 GAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGT
66 GAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGT
861 GGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
131 GGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
926 CGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAG
196 CGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAG
991 GTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
261 GTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
*
1025 TGGAGGATATGGAAGTGG
1 TGGAGGAGATGGAAGTGG
1043 AAGTGGAAGT
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 2, Indels: 2
0.99 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
293 1 0.00
294 308 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.06, G:0.55, T:0.20
Consensus pattern (294 bp):
TGGAGGAGATGGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATG
GAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGT
GGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
CGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAG
GTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
Found at i:923 original size:120 final size:121
Alignment explanation
Indices: 741--1165 Score: 356
Period size: 120 Copynumber: 3.5 Consensus size: 121
731 TGGAGGATAT
** * *** * *
741 GGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGG
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGC---GGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
* **
806 TGGTGAA-GGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG-TGGAGGTGGA
63 TGG-GAAGGGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGATGGAGGTGGA
* * *
864 GGTAAG-GGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG-C
1 GG-AAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTG
* * * * *
927 GGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGT
65 GGAAG-GGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG--ATGGAGGTGGA
* * * *
987 GGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGT-G-G-AGGCGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGT-G
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
* * * * *
1048 GAAGTGGAAGTGGTGAAGGTGGTGGAGCTGGTAA--G-GGTGGTGGACATGGAGGTGGT
66 GAAG-GGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG--ATGGAGGTGGA
* * * * *
1104 GGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGT-G-G-AGGTGGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGG
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
1166 AGGAGGAAGT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 29, Indels: 23
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
117 78 0.30
118 5 0.02
119 1 0.00
120 128 0.48
121 1 0.00
122 3 0.01
123 45 0.17
124 3 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.05, G:0.55, T:0.21
Consensus pattern (121 bp):
GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
GAAGGGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGATGGAGGTGGA
Found at i:991 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 977--1018 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
967 GTGGTGGACA
977 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
986 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
*
995 TGGTA-GCGG
1 TGG-AGGTGG
*
1004 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
1013 TGGAGG
1 TGGAGG
1019 CGGAGCTGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 26 0.96
10 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.64, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:1043 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 1034--1060 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 4.5 Consensus size: 6
1024 CTGGAGGATA
1034 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
1 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
1061 TGAAGGTGGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 21 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.52, T:0.19
Consensus pattern (6 bp):
TGGAAG
Found at i:1104 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1098--1138 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 13.7 Consensus size: 3
1088 TGGACATGGA
* * *
1098 GGT GGT GGA GGT GGT GGT AGT GGT GGT GGT GGT GGA GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
1139 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 32 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.00, G:0.66, T:0.27
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Found at i:1106 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 1094--1138 Score: 65
Period size: 9 Copynumber: 5.0 Consensus size: 9
1084 GTGGTGGACA
1094 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
1103 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
1112 TGGTA-GTGG
1 TGG-AGGTGG
*
1121 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
1130 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
1139 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 31 0.97
10 1 0.03
ACGTcount: A:0.09, C:0.00, G:0.64, T:0.27
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:1138 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 962--1138 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 9.2 Consensus size: 18
952 GAGCTGGTAA
962 TGGTGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
*
983 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
*
1001 CGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
* * * * *
1019 CGGAGCTGGAGGATATGGAAG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
** ** *
1040 TGGAAGTGGAAGTGGAAG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
** *
1058 TGGTGAAGGTGGTGGAGC
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
1076 TGGTAAGGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGT---GGTGGTGG---TGGAGG
*
1100 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
1118 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
1136 TGG
1 TGG
1139 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 24, Indels: 29
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.02
18 69 0.58
19 2 0.02
21 37 0.31
24 9 0.08
ACGTcount: A:0.16, C:0.03, G:0.58, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TGGTGGTGGTGGTGGAGG
Found at i:1155 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1130--1169 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
1120 GTGGTGGTGG
1130 TGGAGGTGG-AGCTGGAGGATA
1 TGGAGGTGGAAG-TGGAGGATA
1151 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
1 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
1170 GGAAGTGGCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.89
22 2 0.11
ACGTcount: A:0.25, C:0.03, G:0.55, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
TGGAGGTGGAAGTGGAGGATA
Found at i:1204 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 900--1249 Score: 429
Period size: 117 Copynumber: 3.0 Consensus size: 117
890 TAGTGCCGGT
* * ** * *
900 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAA---
965 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
63 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * * * *
1020 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGTGAAGGTGGTGGAGCTGGTAAGGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
* *
1085 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGT
66 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * ** **
1137 GGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGGAGGAGGAAGTGGCTCTGGGT-ATGGTTCTGGCAATG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGG-TCAAGGTGATGGAGCTGGCAATG
* * * *
1201 GTGGT--TC-TGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
65 GTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
1250 GGCACATGGA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 21, Indels: 8
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
114 38 0.18
115 1 0.00
117 105 0.50
118 4 0.02
120 60 0.29
ACGTcount: A:0.18, C:0.05, G:0.55, T:0.22
Consensus pattern (117 bp):
GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
Found at i:1218 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1212--1246 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
1202 TGGTTCTGGA
* *
1212 GGT GGT GGT GGT AGT GGT GGC GGT GGT GGT GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
1247 AGGGGCACAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.03, G:0.66, T:0.29
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Done.