Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga11g03483.N4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 919
Length: 1532
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.45, T:0.24
Found at i:197 original size:27 final size:24
Alignment explanation
Indices: 128--197 Score: 59
Period size: 27 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
118 AGGCGGTTCA
**
128 GGAGGTGGTGGTGGTTCTGCGGTT
1 GGAGGTGGTGGTGGTAGTGCGGTT
* * * *
152 GTAGGAGGAGGTGCTAGTGCTGGATAT
1 GGAGGTGGTGGTGGTAGTGC-GG-T-T
179 GGAGGTGGTGGTGGTAGTG
1 GGAGGTGGTGGTGGTAGTG
198 GAGAAGGTGG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 10, Indels: 3
0.72 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 14 0.42
25 2 0.06
26 1 0.03
27 16 0.48
ACGTcount: A:0.13, C:0.06, G:0.53, T:0.29
Consensus pattern (24 bp):
GGAGGTGGTGGTGGTAGTGCGGTT
Found at i:199 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 172--234 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
162 GTGCTAGTGC
172 TGGATATGGAGGTGGTGGTGGT
1 TGGA-ATGGAGGTGGTGGTGGT
*
194 AGTGG-A-GAAGGTGGTGGT-GT
1 --TGGAATGGAGGTGGTGGTGGT
*
214 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGG
1 TGG-AATGGAGGTGGTGGTGG
235 ACATGGAGGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 10
0.71 0.07 0.22
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.09
20 3 0.09
21 21 0.66
22 2 0.06
24 3 0.09
ACGTcount: A:0.17, C:0.02, G:0.54, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
TGGAATGGAGGTGGTGGTGGT
Found at i:227 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 188--252 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 3.6 Consensus size: 18
178 TGGAGGTGGT
* *
188 GGTGGTAGTGGAGAA-GGT
1 GGTGGTGGTGGA-AATGGA
*
206 GGTGGTGTTGGAAATGGA
1 GGTGGTGGTGGAAATGGA
* *
224 GGTGCTGGTGGACATGGA
1 GGTGGTGGTGGAAATGGA
*
242 GGTGGTAGTGG
1 GGTGGTGGTGG
253 TAGTGGTGGA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 2
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.05
18 36 0.95
ACGTcount: A:0.18, C:0.03, G:0.54, T:0.25
Consensus pattern (18 bp):
GGTGGTGGTGGAAATGGA
Found at i:253 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 172--253 Score: 94
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
162 GTGCTAGTGC
* * * *
172 TGGATATGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGAGAAGGTGGTGGTGT
1 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGGTAATGGAGAAGGTAGTGGTGT
**
214 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGG-ACATGGAGGTGGTAGTGGT
1 TGGAAATGGAGGTGCTGGTGGTA-ATGGAGAAGGTAGTGGT
254 AGTGGTGGAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 2
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.03
42 32 0.97
ACGTcount: A:0.18, C:0.02, G:0.52, T:0.27
Consensus pattern (42 bp):
TGGAAATGGAGGTGCTGGTGGTAATGGAGAAGGTAGTGGTGT
Found at i:612 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 598--639 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
588 GTGGTGGACA
598 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
607 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
*
616 TGGTA-GCGG
1 TGG-AGGTGG
*
625 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
634 TGGAGG
1 TGGAGG
640 CGGAGCTGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 26 0.96
10 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.64, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:652 original size:294 final size:294
Alignment explanation
Indices: 352--957 Score: 1169
Period size: 294 Copynumber: 2.1 Consensus size: 294
342 CAGGTGGACA
*
352 TGGAGGAGGA-GGAGGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTAT
1 TGGAGGA-GATGGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTAT
416 GGAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGG
65 GGAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGG
481 TGGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAA
130 TGGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAA
546 GCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGA
195 GCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGA
611 GGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
260 GGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
*
646 TGGAGGATATGGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATG
1 TGGAGGAGATGGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATG
711 GAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGT
66 GAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGT
776 GGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
131 GGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
841 CGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAG
196 CGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAG
906 GTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
261 GTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
*
940 TGGAGGATATGGAAGTGG
1 TGGAGGAGATGGAAGTGG
958 AAGTGGAAGT
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 2, Indels: 2
0.99 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
293 1 0.00
294 308 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.06, G:0.55, T:0.20
Consensus pattern (294 bp):
TGGAGGAGATGGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATG
GAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGT
GGAGGTAAGGGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
CGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAG
GTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGCGGAGC
Found at i:838 original size:120 final size:121
Alignment explanation
Indices: 656--1080 Score: 356
Period size: 120 Copynumber: 3.5 Consensus size: 121
646 TGGAGGATAT
** * *** * *
656 GGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGG
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGC---GGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
* **
721 TGGTGAA-GGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG-TGGAGGTGGA
63 TGG-GAAGGGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGATGGAGGTGGA
* * *
779 GGTAAG-GGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG-C
1 GG-AAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTG
* * * * *
842 GGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGT
65 GGAAG-GGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG--ATGGAGGTGGA
* * * *
902 GGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGT-G-G-AGGCGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGT-G
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
* * * * *
963 GAAGTGGAAGTGGTGAAGGTGGTGGAGCTGGTAA--G-GGTGGTGGACATGGAGGTGGT
66 GAAG-GGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG--ATGGAGGTGGA
* * * * *
1019 GGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGT-G-G-AGGTGGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGG
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
1081 AGGAGGAAGT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 29, Indels: 23
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
117 78 0.30
118 5 0.02
119 1 0.00
120 128 0.48
121 1 0.00
122 3 0.01
123 45 0.17
124 3 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.05, G:0.55, T:0.21
Consensus pattern (121 bp):
GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
GAAGGGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGATGGAGGTGGA
Found at i:906 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 892--933 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
882 GTGGTGGACA
892 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
901 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
*
910 TGGTA-GCGG
1 TGG-AGGTGG
*
919 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
928 TGGAGG
1 TGGAGG
934 CGGAGCTGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 26 0.96
10 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.64, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:958 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 949--975 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 4.5 Consensus size: 6
939 CTGGAGGATA
949 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
1 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
976 TGAAGGTGGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 21 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.52, T:0.19
Consensus pattern (6 bp):
TGGAAG
Found at i:1019 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1013--1053 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 13.7 Consensus size: 3
1003 TGGACATGGA
* * *
1013 GGT GGT GGA GGT GGT GGT AGT GGT GGT GGT GGT GGA GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
1054 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 32 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.00, G:0.66, T:0.27
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Found at i:1021 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 1009--1053 Score: 65
Period size: 9 Copynumber: 5.0 Consensus size: 9
999 GTGGTGGACA
1009 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
1018 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
1027 TGGTA-GTGG
1 TGG-AGGTGG
*
1036 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
1045 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
1054 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 31 0.97
10 1 0.03
ACGTcount: A:0.09, C:0.00, G:0.64, T:0.27
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:1053 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 877--1053 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 9.2 Consensus size: 18
867 GAGCTGGTAA
877 TGGTGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
*
898 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
*
916 CGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
* * * * *
934 CGGAGCTGGAGGATATGGAAG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
** ** *
955 TGGAAGTGGAAGTGGAAG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
** *
973 TGGTGAAGGTGGTGGAGC
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
991 TGGTAAGGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGT---GGTGGTGG---TGGAGG
*
1015 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
1033 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
1051 TGG
1 TGG
1054 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 24, Indels: 29
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.02
18 69 0.58
19 2 0.02
21 37 0.31
24 9 0.08
ACGTcount: A:0.16, C:0.03, G:0.58, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TGGTGGTGGTGGTGGAGG
Found at i:1070 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1045--1084 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
1035 GTGGTGGTGG
1045 TGGAGGTGG-AGCTGGAGGATA
1 TGGAGGTGGAAG-TGGAGGATA
1066 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
1 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
1085 GGAAGTGGCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.89
22 2 0.11
ACGTcount: A:0.25, C:0.03, G:0.55, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
TGGAGGTGGAAGTGGAGGATA
Found at i:1119 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 815--1164 Score: 429
Period size: 117 Copynumber: 3.0 Consensus size: 117
805 TAGTGCCGGT
* * ** * *
815 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAA---
880 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
63 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * * * *
935 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGTGAAGGTGGTGGAGCTGGTAAGGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
* *
1000 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGT
66 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * ** **
1052 GGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGGAGGAGGAAGTGGCTCTGGGT-ATGGTTCTGGCAATG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGG-TCAAGGTGATGGAGCTGGCAATG
* * * *
1116 GTGGT--TC-TGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
65 GTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
1165 GGCACATGGA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 21, Indels: 8
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
114 38 0.18
115 1 0.00
117 105 0.50
118 4 0.02
120 60 0.29
ACGTcount: A:0.18, C:0.05, G:0.55, T:0.22
Consensus pattern (117 bp):
GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
Found at i:1133 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1127--1161 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
1117 TGGTTCTGGA
* *
1127 GGT GGT GGT GGT AGT GGT GGC GGT GGT GGT GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
1162 AGGGGCACAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.03, G:0.66, T:0.29
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Done.