Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga11g03483.N9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 809
Length: 1349
ACGTcount: A:0.23, C:0.07, G:0.46, T:0.23
Found at i:47 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 8--72 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 3.6 Consensus size: 18
1 AGGTGGT
* *
8 GGTGGTAGTGGAGAA-GGT
1 GGTGGTGGTGGA-AATGGA
*
26 GGTGGTGTTGGAAATGGA
1 GGTGGTGGTGGAAATGGA
* *
44 GGTGCTGGTGGACATGGA
1 GGTGGTGGTGGAAATGGA
*
62 GGTGGTAGTGG
1 GGTGGTGGTGG
73 TAGTGGTGGA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 2
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.05
18 36 0.95
ACGTcount: A:0.18, C:0.03, G:0.54, T:0.25
Consensus pattern (18 bp):
GGTGGTGGTGGAAATGGA
Found at i:432 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 418--459 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
408 GTGGTGGACA
418 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
427 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
*
436 TGGTA-GCGG
1 TGG-AGGTGG
*
445 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
454 TGGAGG
1 TGGAGG
460 CGGAGCTGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 26 0.96
10 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.64, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:525 original size:294 final size:294
Alignment explanation
Indices: 186--777 Score: 1184
Period size: 294 Copynumber: 2.0 Consensus size: 294
176 GGAGGAGGAG
186 GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
1 GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
251 GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
66 GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
316 TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
131 TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
381 GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
196 GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
446 GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
261 GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
480 GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
1 GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
545 GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
66 GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
610 TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
131 TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
675 GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
196 GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
740 GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
261 GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
774 GTGG
1 GTGG
778 AAGTGGAAGT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
294 298 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.06, G:0.55, T:0.20
Consensus pattern (294 bp):
GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
Found at i:658 original size:120 final size:121
Alignment explanation
Indices: 476--900 Score: 356
Period size: 120 Copynumber: 3.5 Consensus size: 121
466 TGGAGGATAT
** * *** * *
476 GGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGG
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGC---GGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
* **
541 TGGTGAA-GGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG-TGGAGGTGGA
63 TGG-GAAGGGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGATGGAGGTGGA
* * *
599 GGTAAG-GGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG-C
1 GG-AAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTG
* * * * *
662 GGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGT
65 GGAAG-GGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG--ATGGAGGTGGA
* * * *
722 GGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGT-G-G-AGGCGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGT-G
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
* * * * *
783 GAAGTGGAAGTGGTGAAGGTGGTGGAGCTGGTAA--G-GGTGGTGGACATGGAGGTGGT
66 GAAG-GGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG--ATGGAGGTGGA
* * * * *
839 GGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGT-G-G-AGGTGGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGG
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
901 AGGAGGAAGT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 29, Indels: 23
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
117 78 0.30
118 5 0.02
119 1 0.00
120 128 0.48
121 1 0.00
122 3 0.01
123 45 0.17
124 3 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.05, G:0.55, T:0.21
Consensus pattern (121 bp):
GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
GAAGGGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGATGGAGGTGGA
Found at i:726 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 712--753 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
702 GTGGTGGACA
712 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
721 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
*
730 TGGTA-GCGG
1 TGG-AGGTGG
*
739 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
748 TGGAGG
1 TGGAGG
754 CGGAGCTGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 26 0.96
10 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.64, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:778 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 769--795 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 4.5 Consensus size: 6
759 CTGGAGGATA
769 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
1 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
796 TGAAGGTGGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 21 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.52, T:0.19
Consensus pattern (6 bp):
TGGAAG
Found at i:839 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 833--873 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 13.7 Consensus size: 3
823 TGGACATGGA
* * *
833 GGT GGT GGA GGT GGT GGT AGT GGT GGT GGT GGT GGA GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
874 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 32 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.00, G:0.66, T:0.27
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Found at i:841 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 829--873 Score: 65
Period size: 9 Copynumber: 5.0 Consensus size: 9
819 GTGGTGGACA
829 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
838 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
847 TGGTA-GTGG
1 TGG-AGGTGG
*
856 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
865 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
874 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 31 0.97
10 1 0.03
ACGTcount: A:0.09, C:0.00, G:0.64, T:0.27
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:873 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 697--873 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 9.2 Consensus size: 18
687 GAGCTGGTAA
697 TGGTGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
*
718 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
*
736 CGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
* * * * *
754 CGGAGCTGGAGGATATGGAAG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
** ** *
775 TGGAAGTGGAAGTGGAAG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
** *
793 TGGTGAAGGTGGTGGAGC
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
811 TGGTAAGGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGT---GGTGGTGG---TGGAGG
*
835 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
853 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
871 TGG
1 TGG
874 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 24, Indels: 29
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.02
18 69 0.58
19 2 0.02
21 37 0.31
24 9 0.08
ACGTcount: A:0.16, C:0.03, G:0.58, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TGGTGGTGGTGGTGGAGG
Found at i:890 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 865--904 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
855 GTGGTGGTGG
865 TGGAGGTGG-AGCTGGAGGATA
1 TGGAGGTGGAAG-TGGAGGATA
886 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
1 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
905 GGAAGTGGCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.89
22 2 0.11
ACGTcount: A:0.25, C:0.03, G:0.55, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
TGGAGGTGGAAGTGGAGGATA
Found at i:939 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 635--984 Score: 429
Period size: 117 Copynumber: 3.0 Consensus size: 117
625 TAGTGCCGGT
* * ** * *
635 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAA---
700 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
63 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * * * *
755 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGTGAAGGTGGTGGAGCTGGTAAGGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
* *
820 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGT
66 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * ** **
872 GGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGGAGGAGGAAGTGGCTCTGGGT-ATGGTTCTGGCAATG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGG-TCAAGGTGATGGAGCTGGCAATG
* * * *
936 GTGGT--TC-TGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
65 GTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
985 GGCACATGGA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 21, Indels: 8
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
114 38 0.18
115 1 0.00
117 105 0.50
118 4 0.02
120 60 0.29
ACGTcount: A:0.18, C:0.05, G:0.55, T:0.22
Consensus pattern (117 bp):
GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
Found at i:953 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 947--981 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
937 TGGTTCTGGA
* *
947 GGT GGT GGT GGT AGT GGT GGC GGT GGT GGT GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
982 AGGGGCACAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.03, G:0.66, T:0.29
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Done.