Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga11g03483.N11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 705
Length: 1175
ACGTcount: A:0.24, C:0.08, G:0.45, T:0.23
Found at i:258 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 244--285 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
234 GTGGTGGACA
244 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
253 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
*
262 TGGTA-GCGG
1 TGG-AGGTGG
*
271 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
280 TGGAGG
1 TGGAGG
286 CGGAGCTGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 26 0.96
10 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.64, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:484 original size:120 final size:121
Alignment explanation
Indices: 302--726 Score: 356
Period size: 120 Copynumber: 3.5 Consensus size: 121
292 TGGAGGATAT
** * *** * *
302 GGAAGTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGG
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGC---GGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG
* **
367 TGGTGAA-GGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG-TGGAGGTGGA
63 TGG-GAAGGGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGATGGAGGTGGA
* * *
425 GGTAAG-GGTGGTGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAG-C
1 GG-AAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTG
* * * * *
488 GGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGT
65 GGAAG-GGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG--ATGGAGGTGGA
* * * *
548 GGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGT-G-G-AGGCGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGT-G
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
* * * * *
609 GAAGTGGAAGTGGTGAAGGTGGTGGAGCTGGTAA--G-GGTGGTGGACATGGAGGTGGT
66 GAAG-GGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGG--ATGGAGGTGGA
* * * * *
665 GGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGT-G-G-AGGTGGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGG
1 GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
727 AGGAGGAAGT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 29, Indels: 23
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
117 78 0.30
118 5 0.02
119 1 0.00
120 128 0.48
121 1 0.00
122 3 0.01
123 45 0.17
124 3 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.05, G:0.55, T:0.21
Consensus pattern (121 bp):
GGAAGTGGTGGTAGCGGAGGTGGCGGTAGTGCAGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGG
GAAGGGAAGTGGAGAAGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGATGGAGGTGGA
Found at i:541 original size:294 final size:294
Alignment explanation
Indices: 12--603 Score: 1184
Period size: 294 Copynumber: 2.0 Consensus size: 294
2 GGAGGAGGAG
12 GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
1 GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
77 GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
66 GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
142 TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
131 TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
207 GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
196 GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
272 GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
261 GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
306 GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
1 GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
371 GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
66 GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
436 TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
131 TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
501 GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
196 GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
566 GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
261 GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
600 GTGG
1 GTGG
604 AAGTGGAAGT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
294 298 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.06, G:0.55, T:0.20
Consensus pattern (294 bp):
GTGGTGGTAATGGTGGTGGCGGAGGTAGTGCAGGTGGAGCTTCTGGGTATGGAAGTGGAGGTGGT
GAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGAGCTGGAAATGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTAAGGGTGG
TGGCGGAGGTGGCGGTAGTGCCGGTGGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTG
GAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGGTGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGT
GGTGGTGGTGGAGGCGGAGCTGGAGGATATGGAA
Found at i:552 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 538--579 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 4.7 Consensus size: 9
528 GTGGTGGACA
538 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
547 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
*
556 TGGTA-GCGG
1 TGG-AGGTGG
*
565 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
574 TGGAGG
1 TGGAGG
580 CGGAGCTGGA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 4
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 26 0.96
10 1 0.04
ACGTcount: A:0.10, C:0.02, G:0.64, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:604 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 595--621 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 4.5 Consensus size: 6
585 CTGGAGGATA
595 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
1 TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGGAAG TGG
622 TGAAGGTGGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 21 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.52, T:0.19
Consensus pattern (6 bp):
TGGAAG
Found at i:665 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 659--699 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 13.7 Consensus size: 3
649 TGGACATGGA
* * *
659 GGT GGT GGA GGT GGT GGT AGT GGT GGT GGT GGT GGA GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
700 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 6, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 32 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.00, G:0.66, T:0.27
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Found at i:667 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 655--699 Score: 65
Period size: 9 Copynumber: 5.0 Consensus size: 9
645 GTGGTGGACA
655 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
664 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
673 TGGTA-GTGG
1 TGG-AGGTGG
*
682 TGGTGGTGG
1 TGGAGGTGG
691 TGGAGGTGG
1 TGGAGGTGG
700 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
9 31 0.97
10 1 0.03
ACGTcount: A:0.09, C:0.00, G:0.64, T:0.27
Consensus pattern (9 bp):
TGGAGGTGG
Found at i:699 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 523--699 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 9.2 Consensus size: 18
513 GAGCTGGTAA
523 TGGTGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
*
544 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
*
562 CGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
* * * * *
580 CGGAGCTGGAGGATATGGAAG
1 TGGTGGTGGTGG---TGGAGG
** ** *
601 TGGAAGTGGAAGTGGAAG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
** *
619 TGGTGAAGGTGGTGGAGC
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
637 TGGTAAGGGTGGTGGACATGGAGG
1 TGGT---GGTGGTGG---TGGAGG
*
661 TGGTGGAGGTGGTGGTA-G
1 TGGTGGTGGTGGTGG-AGG
679 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
1 TGGTGGTGGTGGTGGAGG
697 TGG
1 TGG
700 AGCTGGAGGA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 24, Indels: 29
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.02
18 69 0.58
19 2 0.02
21 37 0.31
24 9 0.08
ACGTcount: A:0.16, C:0.03, G:0.58, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TGGTGGTGGTGGTGGAGG
Found at i:716 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 691--730 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
681 GTGGTGGTGG
691 TGGAGGTGG-AGCTGGAGGATA
1 TGGAGGTGGAAG-TGGAGGATA
712 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
1 TGGAGGTGGAAGTGGAGGA
731 GGAAGTGGCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.89
22 2 0.11
ACGTcount: A:0.25, C:0.03, G:0.55, T:0.17
Consensus pattern (21 bp):
TGGAGGTGGAAGTGGAGGATA
Found at i:765 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 461--810 Score: 429
Period size: 117 Copynumber: 3.0 Consensus size: 117
451 TAGTGCCGGT
* * ** * *
461 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTGGAGAAGGTGGTGGAGCTGGTAATGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAA---
526 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
63 TGGTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * * * *
581 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGAAGTGGTGAAGGTGGTGGAGCTGGTAAGGG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
* *
646 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGT
66 TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
* * ** **
698 GGAGCTGGAGGATATGGAGGTGGAAGTGGAGGAGGAAGTGGCTCTGGGT-ATGGTTCTGGCAATG
1 GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGG-TCAAGGTGATGGAGCTGGCAATG
* * * *
762 GTGGT--TC-TGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
65 GTGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGG
811 GGCACATGGA
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 21, Indels: 8
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
114 38 0.18
115 1 0.00
117 105 0.50
118 4 0.02
120 60 0.29
ACGTcount: A:0.18, C:0.05, G:0.55, T:0.22
Consensus pattern (117 bp):
GGAGCTGGAGGATATGGAAGTGGAAGTGGAAGAGGAAGTGGTCAAGGTGATGGAGCTGGCAATGG
TGGTGGACATGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGCGGTGGTGGTGGTGGAGGC
Found at i:779 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 773--807 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 11.7 Consensus size: 3
763 TGGTTCTGGA
* *
773 GGT GGT GGT GGT AGT GGT GGC GGT GGT GGT GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG
808 AGGGGCACAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.03, G:0.66, T:0.29
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Done.