Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga11g03690.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 943
Length: 1573
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.19, T:0.40
Found at i:791 original size:180 final size:173
Alignment explanation
Indices: 263--851 Score: 665
Period size: 174 Copynumber: 3.4 Consensus size: 173
253 GTTTGGAATA
*
263 TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAGTGCAGCGATGATTAAAATGAGGTTTAGGG-T-TAACGAG-GCAA
1 TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAGCGCAGCGATGATTAAAATGAGGTTTAGGGTTGTAACGAGCG-AA
* * * * * *
325 GGCTTTGCCTTAGCTTTGATTACAATATAATCCCTAATGAGCTGCCTTTATCTTTCTTACGACGT
65 GGATTTGCCTAAGCTATGATTACAATATAATCACTAATGAGCTGCCGTTATCTTTTTTACGACGT
*
390 TTTTCCGATTGAATGTTCAAGATTTATAAACAAATGTTTGGTTTT
130 TTTTCCGATTGAATGTTCAAGATTT-TAAACAATTGTTTGGTTTT
* * * *
435 CGAGTGTTGTTTTGTAGT-GGTTGCAGCGATGATTAAAATGAGGTTTAGGGTTGTAACGAGCCAA
1 TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAG-CGCAGCGATGATTAAAATGAGGTTTAGGGTTGTAACGAGCGAA
** * * * *
499 GTTTTTGCCTAAGCCATGAATACAATATAATCTCTAATGAGCTGCCGTTATCTTTTTTACAACGT
65 GGATTTGCCTAAGCTATGATTACAATATAATCACTAATGAGCTGCCGTTATCTTTTTTACGACGT
** *
564 TTTTCCGACCGAATGTTCAAAATTTTAAACAATTGTTTGGTTTTT
130 TTTTCCGATTGAATGTTCAAGATTTTAAACAATTGTTTGG-TTTT
* *
609 TGAGTGTTGTTTTGTGGTAAGCGCAGCGATGATTTAAAATAAATTGAGGTGTAGGGTTGTAACGA
1 TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAGCGCAGCGATGA-TT---A-AAA-TGAGGTTTAGGGTTGTAACGA
* * * *
674 GCGAAGGATGTGCCTAAGCTATG-TTCCCAATATAATCACTAATTAGGTGCCGTTAGTCTTTTTT
60 GCGAAGGATTTGCCTAAGCTATGATT-ACAATATAATCACTAATGAGCTGCCGTTA-TCTTTTTT
** * *
738 ACGGTGTTTTTTCAATTTGAA-GTTCAAGATTTTCAAACAATTGTTT-GTTTT
123 ACGACGTTTTTCCGA-TTGAATGTTCAAGATTTT-AAACAATTGTTTGGTTTT
* * * **
789 TGAATGTTGTTTTGTAGTAATCGCAGCCATGATTAAAACAAGGTTTAGGG-T-TAACGAGCGAAG
1 TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAGCGCAGCGATGATTAAAATGAGGTTTAGGGTTGTAACGAGCGAAG
852 TCTTGTCTTT
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 47, Indels: 32
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 58 0.16
173 16 0.05
174 125 0.35
175 6 0.02
176 1 0.00
178 1 0.00
179 6 0.02
180 95 0.27
181 30 0.08
182 15 0.04
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAGCGCAGCGATGATTAAAATGAGGTTTAGGGTTGTAACGAGCGAAG
GATTTGCCTAAGCTATGATTACAATATAATCACTAATGAGCTGCCGTTATCTTTTTTACGACGTT
TTTCCGATTGAATGTTCAAGATTTTAAACAATTGTTTGGTTTT
Found at i:923 original size:354 final size:346
Alignment explanation
Indices: 263--908 Score: 750
Period size: 354 Copynumber: 1.9 Consensus size: 346
253 GTTTGGAATA
* * *
263 TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAGTGCAGCGATGATTAAAATGAGGTTTAGGGTTAACGAGGCAAGGC
1 TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAGCGCAGCGATGATTAAAATGAGGTGTAGGGTTAACGAGGCAAGGA
* * * * *
328 TTTGCCTTAGCTTTGATTACAATATAATCCCTAATGAGCTGCCTTTATCTTTCTTACGACGTTTT
66 TGTGCCTAAGCTATGATTACAATATAATCACTAATGAGCTGCCGTTATCTTTCTTACGACGTTTT
* * ** *
393 TCCGATTGAATGTTCAAGATTTATAAACAAATGTTTGGTTTTCGAGTGTTGTTTTGTAGTGGTTG
131 TCCAATTGAATGTTCAAGATTTATAAACAAATGTTTGGTTTTCGAATGTTGTTTTGTAGTAATCG
* ** *
458 CAGCGATGATTAAAATGAGGTTTAGGGTTGTAACGAGCCAAGTTTTTGCCTAAGCCATGAATACA
196 CAGCCATGATTAAAACAAGGTTTAGGGTTGTAACGAGCCAAGTTCTTGCCTAAGCCATGAATACA
* *
523 ATATAATCTCTAATGAGCTGCCGTTATCTTTTTTACAACGTTTTTCCGACCGAATGTTCAAAATT
261 ATATAATCTCTAATGAGCTGCCGTTATCTCTTCTACAACGTTTTTCCGACCGAATGTTCAAAATT
588 TTAAACAATTGTTTGGTTTTT
326 TTAAACAATTGTTTGGTTTTT
*
609 TGAGTGTTGTTTTGTGGTAAGCGCAGCGATGATTTAAAATAAATTGAGGTGTAGGGTTGTAACGA
1 TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAGCGCAGCGATGA-TT---A-AAA-TGAGGTGTAGGG-T-TAACGA
* * * *
674 -GCGAAGGATGTGCCTAAGCTATG-TTCCCAATATAATCACTAATTAGGTGCCGTTAGTCTTTTT
58 GGC-AAGGATGTGCCTAAGCTATGATT-ACAATATAATCACTAATGAGCTGCCGTTA-TCTTTCT
** * * *
737 TACGGTGTTTTTTCAATTTGAA-GTTCAAGATTT-TCAAACAATTGTTT-GTTTTTGAATGTTGT
120 TACGACGTTTTTCCAA-TTGAATGTTCAAGATTTAT-AAACAAATGTTTGGTTTTCGAATGTTGT
* * *
799 TTTGTAGTAATCGCAGCCATGATTAAAACAAGGTTTAGGG-T-TAACGAGCGAAG-TCTTGTCTT
183 TTTGTAGTAATCGCAGCCATGATTAAAACAAGGTTTAGGGTTGTAACGAGCCAAGTTCTTGCCTA
* ** * * * * * *
861 TGCTTTGATTTCATTTTAATCTCTTATGAGCTGCTGTTATCTCTTCTA
248 AGCCATGAATACAATATAATCTCTAATGAGCTGCCGTTATCTCTTCTA
909 TGGTGTTTTT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 41, Indels: 21
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
346 30 0.12
347 2 0.01
350 1 0.00
351 46 0.19
352 22 0.09
353 6 0.02
354 94 0.38
355 40 0.16
356 5 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.22, T:0.39
Consensus pattern (346 bp):
TGAGTGTTGTTTTGTAGTAAGCGCAGCGATGATTAAAATGAGGTGTAGGGTTAACGAGGCAAGGA
TGTGCCTAAGCTATGATTACAATATAATCACTAATGAGCTGCCGTTATCTTTCTTACGACGTTTT
TCCAATTGAATGTTCAAGATTTATAAACAAATGTTTGGTTTTCGAATGTTGTTTTGTAGTAATCG
CAGCCATGATTAAAACAAGGTTTAGGGTTGTAACGAGCCAAGTTCTTGCCTAAGCCATGAATACA
ATATAATCTCTAATGAGCTGCCGTTATCTCTTCTACAACGTTTTTCCGACCGAATGTTCAAAATT
TTAAACAATTGTTTGGTTTTT
Found at i:1518 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1489--1541 Score: 106
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
1479 CTTAAATATG
1489 TTAGCTATTGTAGGTTTGTGCTTTAC
1 TTAGCTATTGTAGGTTTGTGCTTTAC
1515 TTAGCTATTGTAGGTTTGTGCTTTAC
1 TTAGCTATTGTAGGTTTGTGCTTTAC
1541 T
1 T
1542 AATCAAAGTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 27 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.11, G:0.23, T:0.51
Consensus pattern (26 bp):
TTAGCTATTGTAGGTTTGTGCTTTAC
Done.