Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga02g00664.P1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 5471
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.20, T:0.35


Found at i:4238 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 4232--4302  Score: 126
    Period size: 3  Copynumber: 24.0  Consensus size: 3

       4222 TTTGAAAGAC

                                                                           
       4232 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                                *          
       4280 ATT ATT ATT ATT A-T GTT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

       4303 GTGTTTAAAG


Statistics
Matches: 65,  Mismatches: 2, Indels: 2
        0.94            0.03        0.03

Matches are distributed among these distances:
   2    1  0.02
   3   64  0.98

ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.01, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.