Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga02g00664.P2

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4257
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.19, T:0.34


Found at i:849 original size:33 final size:33

Alignment explanation


    Indices: 802--868  Score: 116
    Period size: 33  Copynumber: 2.0  Consensus size: 33

        792 GAAGGGAGCA

                                         *   
        802 AGGACAATGCGTCATTTGGCAAGTAACAGGTGG
          1 AGGACAATGCGTCATTTGGCAAGTAACAGCTGG

                     *                       
        835 AGGACAATGTGTCATTTGGCAAGTAACAGCTGG
          1 AGGACAATGCGTCATTTGGCAAGTAACAGCTGG

             
        868 A
          1 A

        869 CTAACTAATT


Statistics
Matches: 32,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.94            0.06        0.00

Matches are distributed among these distances:
  33   32  1.00

ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.31, T:0.22


Consensus pattern (33 bp):   
AGGACAATGCGTCATTTGGCAAGTAACAGCTGG

Found at i:3024 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 3018--3088  Score: 126
    Period size: 3  Copynumber: 24.0  Consensus size: 3

       3008 TTTGAAAGAC

                                                                           
       3018 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                                *          
       3066 ATT ATT ATT ATT A-T GTT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

       3089 GTGTTTAAAG


Statistics
Matches: 65,  Mismatches: 2, Indels: 2
        0.94            0.03        0.03

Matches are distributed among these distances:
   2    1  0.02
   3   64  0.98

ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.01, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.