Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga13g00335.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2065
ACGTcount: A:0.27, C:0.30, G:0.17, T:0.26


Found at i:1294 original size:21 final size:21

Alignment explanation


    Indices: 1276--1734  Score: 420
    Period size: 21  Copynumber: 21.4  Consensus size: 21

       1266 ACCACCACTA

                 *               
       1276 CCACCGGTCCACTCCCCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                    *     *      
       1297 CCACCAGTGCACTCACCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                    *     *      
       1318 CCACCAGTGCACTCACCA-CC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                        * *        *
       1338 CCACCAGTCTTCTCACCACCACCA
          1 CCACCAGTC--CACTCC-CCACCC

                          *      
       1362 CCACCAGTCCACTCTCCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                 *  *            
       1383 CCACCCGTTCACTCCCCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                 *  *            
       1404 CCACCCGTTCACTCCCCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                    *     *      
       1425 CCACCAGTGCACTCACCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                 *                  
       1446 CCACCCGTCCACTCACCACCACCC
          1 CCACCAGTCCACT--CC-CCACCC

                 *        *      
       1470 CCACCCGTCCACTCACCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                        * *        *
       1491 CCACCAGTCTTCTCACCACCACCA
          1 CCACCAGTC--CACTCC-CCACCC

                                 
       1515 CCACCAGTCCACTCCCCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                 *              *
       1536 CCACCCGTCCACTCCCCACCA
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                          *      
       1557 CCACCAGTCCACTCGCCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                           *     *
       1578 CCACCCA-TCCACTCACCACCA
          1 CCA-CCAGTCCACTCCCCACCC

                 *   *             *
       1599 CCACCCGTCTACTCACCACCACCA
          1 CCACCAGTCCACT--CC-CCACCC

                      *         *
       1623 CCACCAGTCCGCTCCCCACCT
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                 *               
       1644 CCACCCGTCCACT-CCCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                 *        *     *
       1664 CCACCCGTCCACTCACCACCA
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                 *   *    *     *
       1685 CCACCCGTCTACTCACCACCA
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                     *           
       1706 CCACCAGTCTACTCCCCACCC
          1 CCACCAGTCCACTCCCCACCC

                    
       1727 CCACCAGT
          1 CCACCAGT

       1735 ACAATCTCTA


Statistics
Matches: 369,  Mismatches: 53, Indels: 32
        0.81            0.12        0.07

Matches are distributed among these distances:
  20   31  0.08
  21  255  0.69
  22   16  0.04
  23    8  0.02
  24   59  0.16

ACGTcount: A:0.21, C:0.62, G:0.06, T:0.12


Consensus pattern (21 bp):   
CCACCAGTCCACTCCCCACCC

Found at i:1524 original size:153 final size:153

Alignment explanation


    Indices: 1276--1734  Score: 580
    Period size: 153  Copynumber: 3.1  Consensus size: 153

       1266 ACCACCACTA

                 *        *           *  *                       *           
       1276 CCACCGGTCCACTCCCCACCCCCACCAGTGCACT---CACCACCCCCACCAGTGCACTCACCA-C
          1 CCACCAGTCCACTCACCACCCCCACCCGTCCACTCACCACCACCCCCACCAGTCCACTCACCACC

                                                   *                         
       1337 CCCACCAGTCTTCTCACCACCACCACCACCAGTCCACTCTCCACCCCCACCCGTTCACTCCCCAC
         66 CCCACCAGTCTTCTCACCACCACCACCACCAGTCCACTCACCACCCCCACCCGTTCACTCCCCAC

             *     *               
       1402 CCCCACCCGTTCACTCCCCACCC
        131 CACCACCAGTTCACTCCCCACCC

                    *                                         *              
       1425 CCACCAGTGCACTCACCACCCCCACCCGTCCACTCACCACCACCCCCACCCGTCCACTCACCACC
          1 CCACCAGTCCACTCACCACCCCCACCCGTCCACTCACCACCACCCCCACCAGTCCACTCACCACC

                                                   *              *          
       1490 CCCACCAGTCTTCTCACCACCACCACCACCAGTCCACTCCCCACCCCCACCCGTCCACTCCCCAC
         66 CCCACCAGTCTTCTCACCACCACCACCACCAGTCCACTCACCACCCCCACCCGTTCACTCCCCAC

                      *     *      
       1555 CACCACCAGTCCACTCGCCACCC
        131 CACCACCAGTTCACTCCCCACCC

                                 *         *             *          *   *    
       1578 CCACCCA-TCCACTCACCACCACCACCCGTCTACTCACCACCACCACCACCAGTCCGCTCCCCAC
          1 CCA-CCAGTCCACTCACCACCCCCACCCGTCCACTCACCACCACCCCCACCAGTCCACTCACCAC

             *     *   **                  *              *               *  
       1642 CTCCACCCGTCCACTC-CCA-C-CC-CCACCCGTCCACTCACCACCACCACCCG-TCTACTCACC
         65 CCCCACCAGTCTTCTCACCACCACCACCACCAGTCCACTCACCACCCCCACCCGTTC-ACTCCCC

                                      
       1702 ACCACCACCAG-TCTACTCCCCACCC
        129 ACCACCACCAGTTC-ACTCCCCACCC

                    
       1727 CCACCAGT
          1 CCACCAGT

       1735 ACAATCTCTA


Statistics
Matches: 271,  Mismatches: 31, Indels: 16
        0.85            0.10        0.05

Matches are distributed among these distances:
 148    5  0.02
 149   85  0.31
 150    2  0.01
 151    1  0.00
 152   27  0.10
 153  148  0.55
 154    3  0.01

ACGTcount: A:0.21, C:0.62, G:0.06, T:0.12


Consensus pattern (153 bp):   
CCACCAGTCCACTCACCACCCCCACCCGTCCACTCACCACCACCCCCACCAGTCCACTCACCACC
CCCACCAGTCTTCTCACCACCACCACCACCAGTCCACTCACCACCCCCACCCGTTCACTCCCCAC
CACCACCAGTTCACTCCCCACCC

Done.