Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga13g02418.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

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tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 1819
ACGTcount: A:0.29, C:0.35, G:0.11, T:0.26


Found at i:284 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 257--1361  Score: 1022
    Period size: 30  Copynumber: 36.7  Consensus size: 30

        247 TATAAGTCGT

                            * *           
        257 CACCTCCACCTCCATATACGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                            * *           
        287 CACCTCCACCTCCATATATGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *        *     *     * 
        317 CACCACCTCCTCCATATAAGTATAAGTCTC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

             *        *       *         * 
        347 CGCCTCCACCCCCATACATGTACAAGTCGC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *                 **    * 
        377 CACCACCACCTCCATACAAGTATGAGTCGC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *              **      
        407 CACCACCTCCTCCATACAAGTATGAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                   *        ***      *    
        437 CACCTCCGCCTCCATATGTGTACAAATCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                   *        ***      *    
        467 CACCTCCGCCTCCATATGTGTACAAATCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *        ***           
        497 CACCACCTCCTCCATATGTGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                   *              **      
        527 CACCTCCTCCTCCATACAAGTATGAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *                      
        557 CACCACCTCCTCCATACAAGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                      *     ***           
        587 CACCTCCACCCCCATATGTGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *                    **      
        617 CACCACCACCTCCTCCATACAAGTATGAGTCAC
          1 CACCTCCA---CCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                   *     *  ***      *    
        650 CACCTCCGCCTCCTTATGTGTACAAATCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *              **      
        680 CACCACCTCCTCCATACAAGTATGAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                                  **    * 
        710 CACCTCCACCTCCATACAAGTATGAGTCTC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                      *      **           
        740 CACCTCCACCCCCATACGTGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *                      
        770 CACCACCTCCTCCATACAAGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

              * *  *              *     * 
        800 CATCACCTCCTCCATACAAGTATAAGTCTC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                      *      **           
        830 CACCTCCACCCCCATACGTGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *                      
        860 CACCACCTCCTCCATACAAGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *                      
        890 CACCACCTCCTCCATACAAGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *              **      
        920 CACCACCTCCTCCATACAAGTATGAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                                  *     * 
        950 CACCTCCACCTCCATACAAGTATAAGTCTC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

             *        *     ***           
        980 CGCCTCCACCCCCATATGTGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *                      
       1010 CACCACCTCCTCCATACAAGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *              **      
       1040 CACCACCTCCTCCATACAAGTATGAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                                  *     * 
       1070 CACCTCCACCTCCATACAAGTATAAGTCTC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

             *               **           
       1100 CGCCTCCACCTCCATACGTGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *                 **      
       1130 CACCACCACCTCCATACAAGTATGAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                   *     *  ***      *    
       1160 CACCTCCGCCTCCTTATGCGTACAAATCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *              **    * 
       1190 CACCACCTCCTCCATACAAGTATGAGTCTC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

             *        *      **           
       1220 CGCCTCCACCCCCATACGTGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *                      
       1250 CACCACCTCCTCCATACAAGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                      *     ***           
       1280 CACCTCCACCCCCATATGTGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                            * *           
       1310 CACCTCCACCTCCATATATGTACAAGTCAC
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

                *  *    *         
       1340 CACCACCTCCTCTATACAAGTA
          1 CACCTCCACCTCCATACAAGTA

       1362 TGAATCTCCA


Statistics
Matches: 885,  Mismatches: 187, Indels: 6
        0.82            0.17        0.01

Matches are distributed among these distances:
  30  863  0.98
  33   22  0.02

ACGTcount: A:0.29, C:0.42, G:0.09, T:0.20


Consensus pattern (30 bp):   
CACCTCCACCTCCATACAAGTACAAGTCAC

Found at i:1425 original size:54 final size:53

Alignment explanation


    Indices: 1313--1426  Score: 151
    Period size: 54  Copynumber: 2.1  Consensus size: 53

       1303 AAGTCACCAC

                   *                                              
       1313 CTCCACCTCCATATATGTACAAGTCACCACCACCTCCTCTATACAAGTATGAAT
          1 CTCCACCCCCATATATGTACAAGTCACCACCACCTCCTCTATACAAGTA-GAAT

                          *    *                                    
       1367 CTCCACCCCCATATGTGTATAAGTCACCACCACCTCCATCATATTACAAGTA-AA-
          1 CTCCACCCCCATATATGTACAAGTCACCACCACCTCC-TC-TA-TACAAGTAGAAT

                  
       1421 CTCCAC
          1 CTCCAC

       1427 AGATCTTTAT


Statistics
Matches: 54,  Mismatches: 3, Indels: 6
        0.86            0.05        0.10

Matches are distributed among these distances:
  54   40  0.74
  55    4  0.07
  56    2  0.04
  57    8  0.15

ACGTcount: A:0.32, C:0.37, G:0.07, T:0.25


Consensus pattern (53 bp):   
CTCCACCCCCATATATGTACAAGTCACCACCACCTCCTCTATACAAGTAGAAT
Done.