Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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305 TTTACCACCG
* * * * * * *
315 CCTTCACCTCCACCACCGTATGCCTATAAGTCTCCACCGCCACCTTCT
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* * * * * * *
363 CCTTCCCCTCCACCTCCTTATGTGTACAAGTCCCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * * * * * * * *
411 CCATCTCCACCACCTCCATATGTTTATAAGTCCCCACCACCACCATCA
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * *
459 CCTTCACCACCGT-CGCCTTATGCCTACAAGTCACCACCTCCACCATCT
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* * *
507 CTTTCACCTCCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCA
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * *** * * *
555 CCCTCACCACCTCCTCCTTATATTTATAGGTCTCCACCACCACCACCACCACCACCATCA
1 CCTTCACCACCTCCACC------CTAT--GTCT--A-CA-AGTCTCCACCTCCACCATCT
*
615 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAATCTCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
*
663 CCCTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * ** * * * * *
711 CCCTCACCACCTCCTCCTTACATTTATAAGTCACCACCACCACCATCA
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
*
759 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCACCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * *
807 CCCTCACCTCCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACATCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * * * * * * * *
855 CCCTCACCACCTTCTCCTTATATTTATAGGTCTCCACCACCACCACCACCATCA
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCT------CCACCTCCACCATCT
* * * *
909 CCTTCACCACCGCCACCCCATGTCTACAAATCTCCACCTCTACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* *
957 CCCTCACCACTTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * ** * * * *
1005 CCCTCACCACCTCCTCCTTACATTTATAAGTCTCCACCACCACCATCA
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
*
1053 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCCCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
*
1101 CCTTCACCTCCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * ** * * * * *
1149 CCCTCACCACCTCCTCCTTACATTTATAAGTCACCACCACCACCATCA
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
*
1197 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCACCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * *
1245 CCCTCACCTCCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCT-TATCCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCA-CCATCT
* * * *
1293 CCCTCACCTCCTCTACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCGCCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * *
1341 CCCTCACCACCTCCACCTTATGTGTACAAGTCCCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * * *
1389 CATTCACCTCCTCCTCCTTATGTTTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* *
1437 CCCTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCCCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* *
1485 CCTTCACCTCCTCC-CCCTTATGTTTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCC-TATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * *
1533 CCATCACCTCCTCCACCTTATGTTTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * * ** * * * * *
1581 CCCTCACTACCTCCTCCTTACATTTATAAGTCACCACCACCACCATCA
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* *
1629 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTTTACAAGTCCCCACCTCCACCATCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * * * *
1677 CCTTCACCTCCTCCACCATATGTGTACAGGTCCCCACCTCCACCTTCT
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
* * * * *
1725 CCTTCTCCTCCTCCACCTTATGTCTACAAGCCTCCACATCCA
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCA
1767 TATTACTAAA
Statistics
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CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCT
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390 AAGTCCCCAC
*
400 CTCCACCATCTCCAT
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Statistics
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CTCCACCACCTCCAT
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Indices: 315--1745 Score: 1799
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305 TTTACCACCG
* * * * * * * * * *
315 CCTTCACCTCCACCACCGTATGCCTATAAGTCTCCACCGCCACCTTCTCCTTCCCCTCCACCTCC
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCACC
* * * * * * * *
380 TTATGTGTACAAGTCCCCACCTCCACCATCTCCATCTCCACCACCTCCATATGTTTATAAGTCCC
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445 CACCACCACCATCA
131 CACCACCACCATCA
* * * * *
459 CCTTCACCACCGT-CGCCTTATGCCTACAAGTCACCACCTCCACCATCTCTTTCACCTCCTCCAC
1 CCTTCACCACC-TCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCAC
* *
523 CCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCACCCTCACCACCTCCTCCTTATATTTATAGGTCT
65 CCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCTCCTTATATTTATAAG--T
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128 ---------CC-CCACCACCACCATCA
* * *
615 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAATCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCACC
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCACC
* *
680 CTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCTCCTTACATTTATAAGTCAC
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745 CACCACCACCATCA
131 CACCACCACCATCA
* *
759 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCACCACCTCCACCATCTCCCTCACCTCCTCCACC
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* * *
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889 CACCACCACCACCACCATCA
128 --CC-CCACCACCACCATCA
* * * * * * *
909 CCTTCACCACCGCCACCCCATGTCTACAAATCTCCACCTCTACCATCTCCCTCACCACTTCCACC
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* *
974 CTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCTCCTTACATTTATAAGTCTC
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131 CACCACCACCATCA
*
1053 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCCCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCACC
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* *
1118 CTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCTCCTTACATTTATAAGTCAC
66 CTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCTCCTTATATTTATAAGTCCC
1183 CACCACCACCATCA
131 CACCACCACCATCA
* *
1197 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCACCACCTCCACCATCTCCCTCACCTCCTCCACC
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCACC
* * * * * *
1262 CTATGTCTACAAGTCTCCACCT-TATCCATCTCCCTCACCTCCT-CTACCCTATGTCTACAAGTC
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* * * *
1325 TCCACCTCCGCCATCT
129 CCCACCACCACCATCA
* * * * * *
1341 CCCTCACCACCTCCACCTTATGTGTACAAGTCCCCACCTCCACCATCTCATTCACCTCCTCCTCC
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCACC
* * * * * * *
1406 TTATGTTTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCCC
66 CTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCTCCTTATATTTATAAGTCCC
* *
1471 CACCTCCACCATCT
131 CACCACCACCATCA
* * *
1485 CCTTCACCTCCTCC-CCCTTATGTTTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCATCACCTCCTCCAC
1 CCTTCACCACCTCCACCC-TATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCAC
* * * * *
1549 CTTATGTTTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACTACCTCCTCCTTACATTTATAAGTCA
65 CCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCTCCTTATATTTATAAGTCC
1614 CCACCACCACCATCA
130 CCACCACCACCATCA
* *
1629 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTTTACAAGTCCCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCACC
1 CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCACC
* * * * * * * * *
1694 ATATGTGTACAGGTCCCCACCTCCACCTTCTCCTTCTCCTCCTCCACCTTAT
66 CTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCTCCTTAT
1746 GTCTACAAGC
Statistics
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0.87 0.09 0.04
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143 5 0.00
144 861 0.76
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CCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCTTCACCTCCTCCACC
CTATGTCTACAAGTCTCCACCTCCACCATCTCCCTCACCACCTCCTCCTTATATTTATAAGTCCC
CACCACCACCATCA
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578 TTATAGGTCT
* * * *
588 CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA TCA CCT TCA CCA CCT CCA CC
1 CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CCA CC
632 CTATGTCTAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 8, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 33 1.00
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CCA
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530 CTACAAGTCT
* * * * * **
540 CCACCTCCACCATCACCCTCACCACCTCCTCCTTATATTTATAGGTCTCCACCACCACCA
1 CCACCACCACCATCACCCTCACCACCTCCACCCTATATCTACAAATCTCCACCACCACCA
* * *
600 CCACCACCACCATCACCTTCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAATCTCCACCTCCACCA
1 CCACCACCACCATCACCCTCACCACCTCCACCCTATATCTACAAATCTCCACCACCACCA
660 TCTCCCTCAC
Statistics
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60 50 1.00
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CCACCACCACCATCACCCTCACCACCTCCACCCTATATCTACAAATCTCCACCACCACCA
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611 ATCACCTTCA
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1 CCACCTCCACCCTATGTCTACAAATCT
** *
648 CCACCTCCA-CC-A--TCT-C-CCTCA
1 CCACCTCCACCCTATGTCTACAAATCT
*
669 CCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCT
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707 ATCTCCCTCA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 12
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CCACCTCCACCCTATGTCTACAAATCT
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638 CTACAAATCT
648 CCACCTCCACCATCTCCCTCA
1 CCACCTCCACCATCTCCCTCA
** *
669 CCACCTCCACCCTATGTCTACAAGTCT
1 CCACCTCCA-CC-A--TCT-C-CCTCA
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717 CCACCTCC
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725 TCCTTACATT
Statistics
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CCACCTCCACCATCTCCCTCA
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752 ACCATCACCT
762 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
**
789 TCACCACCTCCA-CC-A--TCT-C-CC
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
*
810 TCACCTCCTCCACCCTATGTCTACAAG
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
* *
837 TCTCCACATCCACC
1 TCACCACCTCCACC
851 ATCTCCCTCA
Statistics
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0.71 0.12 0.18
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TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
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Indices: 1056--1576 Score: 138
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1046 ACCATCACCT
1056 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
* **
1083 TCCCCACCTCCA-CC-A--TCT-C-CT
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*
1104 TCACCTCCTCCACCCTATGTCTACAAG
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
* **
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1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
* * ** * *
1152 TCACCACCTCCTCCTTACATTTATAAG
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* **
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1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
1200 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
**
1227 TCACCACCTCCA-CC-A--TCT-C-CC
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
*
1248 TCACCTCCTCCACCCTATGTCTACAAG
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
* * * **
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1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
* *
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* *
1344 TCACCACCTCCACCTTATGTGTACAAG
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* *
1371 TCCCCACCTCCA-CC-A--TCT-C-AT
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
* * * *
1392 TCACCTCCTCCTCCTTATGTTTACAAG
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
* **
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* **
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* *
1488 TCACCTCCTCC-CCCTTATGTTTACAAG
1 TCACCACCTCCACCC-TATGTCTACAAG
* *
1515 TCTCCACCTCCA-CC-A--TCT-CCA-
1 TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
* * *
1536 TCACCTCCTCCACCTTATGTTTACAAG
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*
1563 TCTCCACCTCCACC
1 TCACCACCTCCACC
1577 ATCTCCCTCA
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 95, Indels: 124
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Matches are distributed among these distances:
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TCACCACCTCCACCCTATGTCTACAAG
Done.