Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga13g02553.N2

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3834
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36


Found at i:1343 original size:237 final size:236

Alignment explanation


    Indices: 897--1377  Score: 689
    Period size: 237  Copynumber: 2.0  Consensus size: 236

        887 TATTGAAGTT

                *                                         *       *          
        897 TTAACTTTTATATTCTTAGCTTAGTTGTTATATAGTTTATAGCATTTTATCTTTGGGTTGCTCAG
          1 TTAAGTTTTATATTCTTAGCTTAGTTGTTATATAGTTTATAGCATTGTATCTTTAGGTTGCTCAG

                                             *                     **        
        962 GTTATTGTTTGCATTAATGGTTTGTTTCAATTCTTTTATGAACTTGGTTTGGGTTTGTACGGCTA
         66 GTTATTGTTTGCATTAATGGTTTGTTTCAATTCCTTTATGAACTTGGTTTGGGTTAATACGGCTA

                   *                                               *         
       1027 ACTATTAGCACCCTCTTCGAATATGTCATTAGAGGCGGTTAATCGGAACTTATTTTAAGTAATTT
        131 ACTATTACCACCCTCTTCGAATATGTCATTAGAGGCGGTTAATCGGAACTTATTTGAAGTAATTT

                                               *      
       1092 CCGTAGGCAATGGTGTTTCCAATGGTATTGGAGTCGCATGGC
        196 CCGTAGGCAATGGTGTTTCC-ATGGTATTGGAGTCACATGGC

                     *                            *   *                      
       1134 TTAAGTTTTGTATTCTTAGCTTAGTTGTTATATAGTTTGTAGTATTGTATCTTTAGGTTGCT-AT
          1 TTAAGTTTTATATTCTTAGCTTAGTTGTTATATAGTTTATAGCATTGTATCTTTAGGTTGCTCA-

                            **                         *                     
       1198 GGTTATTGTTTGCATTCGTGGTTTG-TTCAATTCCTTTATGAATTTGGTTTGGGTATAATACGTG
         65 GGTTATTGTTTGCATTAATGGTTTGTTTCAATTCCTTTATGAACTTGGTTTGGGT-TAATACG-G

                                *                 *       *                * 
       1262 -TAACTATTACCACCCTCTTGGAATATGTCATTAGAGGTGGTTAATTGGAACTTATTTGAAGTGA
        128 CTAACTATTACCACCCTCTTCGAATATGTCATTAGAGGCGGTTAATCGGAACTTATTTGAAGTAA

                *     *          *   *       *          
       1326 TTTCTGTAGGGAATGGTGTTTGCATTGTATTGGGGTCACATGGC
        193 TTTCCGTAGGCAATGGTGTTTCCATGGTATTGGAGTCACATGGC

                    
       1370 TTAAGTTT
          1 TTAAGTTT

       1378 CTAACCTGAT


Statistics
Matches: 217,  Mismatches: 24, Indels: 7
        0.88            0.10        0.03

Matches are distributed among these distances:
 236   54  0.25
 237  162  0.75
 238    1  0.00

ACGTcount: A:0.22, C:0.12, G:0.22, T:0.44


Consensus pattern (236 bp):   
TTAAGTTTTATATTCTTAGCTTAGTTGTTATATAGTTTATAGCATTGTATCTTTAGGTTGCTCAG
GTTATTGTTTGCATTAATGGTTTGTTTCAATTCCTTTATGAACTTGGTTTGGGTTAATACGGCTA
ACTATTACCACCCTCTTCGAATATGTCATTAGAGGCGGTTAATCGGAACTTATTTGAAGTAATTT
CCGTAGGCAATGGTGTTTCCATGGTATTGGAGTCACATGGC
Done.