Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga14g00481.F3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3582
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.19, T:0.37
Found at i:2041 original size:287 final size:287
Alignment explanation
Indices: 1525--2337 Score: 1184
Period size: 287 Copynumber: 2.8 Consensus size: 287
1515 AATCTGACAG
* * * * * *
1525 ATAACGTGCTTCGGAAGTGATATTAGTAAAATTTTGAACTTAAAAGTCTGAAGTCATTGATTATG
1 ATAACGTGCTTCGGAAGTGATATTACTACATTTTTTAACTTAAAAATGTGAAGTCATTGATTATG
* *
1590 CTTTCAAGTGGTTTAAGAACACGACTTTCCTGTTCTTTTGGTATCGTATCAGCATTTGTAATTTC
66 CTTTCAAGTGGTTTAAGAACACGACTTTCCTGTTCTTTTGGTTTCGTATAAGCATTTGTAATTTC
* * * *
1655 CTATCTTCAACATAGTTTGATGATGATTTGGAAGGCATCTTTTTGATTATGGAATATGGTAAGTA
131 CTATTTTCAACATAGTTTGATGATGATTTGGATGGCATCTTTTTGATTATGGTATATGATAAGTA
* *
1720 TAGCTTGTAGTTTGATGCTATGTTGCCCTATTCTTTTGCTTTTAACTTTGAAGTTGTTTGGAAGT
196 TAGCTTGTAGTTTGATGCTATGTTGTCCTATTCTTTTGCTTTTAACTTTGAAGTTATTTGGAAGT
1785 AGTGATTGGTAGTGAAAAGCCAATATA
261 AGTGATTGGTAGTGAAAAGCCAATATA
*
1812 ATAACGTGCTTTGGAAGTGATATTACTACATTTTTTAACTTAAAAATGTGAAGTCATTGATTATG
1 ATAACGTGCTTCGGAAGTGATATTACTACATTTTTTAACTTAAAAATGTGAAGTCATTGATTATG
*
1877 CTTTCAAGTGGTTTAAGAACACAACTTTCCTGTTCTTTTGGTTTCGTATAAGCATTTGTAATTTC
66 CTTTCAAGTGGTTTAAGAACACGACTTTCCTGTTCTTTTGGTTTCGTATAAGCATTTGTAATTTC
* * **
1942 CTATTTTCAACATAGTTTGATGATGATTTGGGTGACATCTTTCCGATTATGGTATATGATAAGTA
131 CTATTTTCAACATAGTTTGATGATGATTTGGATGGCATCTTTTTGATTATGGTATATGATAAGTA
2007 TAGCTTGTAGTTTGATGCTATGTTGTCCTATTCTTTTGCTTTTAACTTTGAAGTTATTTGGAAGT
196 TAGCTTGTAGTTTGATGCTATGTTGTCCTATTCTTTTGCTTTTAACTTTGAAGTTATTTGGAAGT
*
2072 AGTGATTGGTAGTGAAAAGCCGATATA
261 AGTGATTGGTAGTGAAAAGCCAATATA
* *
2099 ATAACGTGCTTCGGAAGTGATATTACTACATTTTTTGACTTAAAAATGTGAAGTCATTTAATTAT
1 ATAACGTGCTTCGGAAGTGATATTACTACATTTTTTAACTTAAAAATGTGAAGTCA-TTGATTAT
* * ** **
2164 GCTTTCAAGTGGTTTAAGAACAGTCGACTTTCCTGTTCTTTT-GTTATCATTTAAGCATTCATGG
65 GCTTTCAAGTGGTTTAAGAACA--CGACTTTCCTGTTCTTTTGGTT-TCGTATAAGCATTTGTAA
* * * * * *
2228 GTT-CTGGTTTTCAGCTTAGTTTGATGATGATCTGGATGGCATCTTTTTTATTATGGTATATGAT
127 TTTCCT-ATTTTCAACATAGTTTGATGATGATTTGGATGGCATCTTTTTGATTATGGTATATGAT
* * * * * *
2292 AAGCATA-ATTGTAGTTCGATGCTATGTTTTCGTATTCATTTG-TTTT
191 AAGTATAGCTTGTAGTTTGATGCTATGTTGTCCTATTCTTTTGCTTTT
2338 GAAAGTAGGG
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 47, Indels: 9
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
287 320 0.68
288 33 0.07
289 35 0.07
290 86 0.18
ACGTcount: A:0.26, C:0.12, G:0.20, T:0.42
Consensus pattern (287 bp):
ATAACGTGCTTCGGAAGTGATATTACTACATTTTTTAACTTAAAAATGTGAAGTCATTGATTATG
CTTTCAAGTGGTTTAAGAACACGACTTTCCTGTTCTTTTGGTTTCGTATAAGCATTTGTAATTTC
CTATTTTCAACATAGTTTGATGATGATTTGGATGGCATCTTTTTGATTATGGTATATGATAAGTA
TAGCTTGTAGTTTGATGCTATGTTGTCCTATTCTTTTGCTTTTAACTTTGAAGTTATTTGGAAGT
AGTGATTGGTAGTGAAAAGCCAATATA
Done.