Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

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                      *                *                         *           
          1 GGAGGAACTGGATGAACTTGATTTAAGAGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATTCTCAATTGGCA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                       *                                                    *
         66 ATCTTATTGGTATTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGT
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                       *                                         *           
        131 TTTTATAAATTAAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTAGAGATTTTCCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC

                              
        196 AGAAGTCATGGACACCAT
        196 AGAAGTCATGGACACCAT

                                        *                                    
        214 GGAGGAACTGTATGAACTT-AGTTTAAGTGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCA-CTCTCAATTGG
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGA-TTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATC-CTCAATTGG

                            *                                               *
        277 CAATCTTATTGGTCTTGAGTATTTG-GTAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGAT
         64 CAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAG-AATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGAC

              *                              *               *               
        341 AGTTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCAATCTTGAAGGTTGCTTGAGATTGGAGATTTT
        128 AGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTT

                                 
        406 CCCAGAAGTCATGGACACCAT
        193 CCCAGAAGTCATGGACACCAT

                     *     * **    *        *                                
        427 GAAGAGG--TTG-ACGGGTCTTGGTTTAAGC-TATACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATT
          1 G--GAGGAACTGTA-TGAACTTGATTTAAGCGGA-ACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATT

                                              *  *      *                    
        488 GGCAATCTTATTGGTCTTAAGGT-TTTGAGAATGCAATACTGTAGAAACCTTGTTTGCCTTCCTG
         62 GGCAATCTTATTGGTCTTAA-GTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTG

                                *              *                             
        552 ACAGCTTTTATAAATTGAAAGCTCTTAAGACATTCAATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATT
        126 ACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATT

                                *  
        617 TTCCCAGAAGTCATGGACACTAT
        191 TTCCCAGAAGTCATGGACACCAT

             *                          *                             *      
        640 GAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCAGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAGTTGGCA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                       *                 *    *                              
        705 ATCTTATTGGTATTAAGTATTTGAGAATGGAAAATTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                           *             *              *        *           
        770 TTTTATAAATTGAAAGCTCTTAAGACATTTGATCTTGAAGGTTGTTCGAGATTAGAGATTTTCCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC

                           *  
        835 AGAAGTCATGGACACTAT
        196 AGAAGTCATGGACACCAT

             *                          *                             *      
        853 GAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCAGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAGTTGGCA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                                         *    *                              
        918 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGGAAAATTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                                     **  **     *                            
        983 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGAGTTTATATCTTCAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC

                              
       1048 AGAAGTCATGGACACCAT
        196 AGAAGTCATGGACACCAT

                 *       *                   *                            ** 
       1066 GGAGGGACTGTATAAACTTGATTTAAGCGGAACAGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGATA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                                      **    **       *                       
       1131 ATCTTATTGGTCTTCAA-TATTTGAGCTTGAAGGACTGTAACAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAG
         66 ATCTTATTGGTCTT-AAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAG

                                  **  *    *               *               * 
       1195 CTTTTATAAATTGAAATCTCTTCTGATATTCAATCTTGAAGGTTGCTTGAGATTGGAGATTTTTC
        130 CTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCC

            *              * * 
       1260 GAGAAGTCATGGACATCGT
        195 CAGAAGTCATGGACACCAT

                    *                     *                                  
       1279 GGA-G-A-GGT-TGAAGTTGCTTGATTTAAACGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATT
          1 GGAGGAACTGTATGAA----CTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATT

             *                   *                                           
       1340 GACAATCTTATTGGTCTTAAGCATTTG-GAAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTG
         62 GGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAG-AATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTG

                         *            *  **    *     *                       
       1404 ACAGCTTTTATAAGTTGAAATCTCTTGAGGGATTCTATCTTAAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATT
        126 ACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATT

              *                    
       1469 TTTCCAGAAGTCATGGACACCAT
        191 TTCCCAGAAGTCATGGACACCAT

                  **      * **    *      *     *        *                    
       1492 GGA-GAGGT-TGACGGTTCTTGGTTTAAGTGGAACAGCTTTGAAAGAATTACCATCCTCAATTGG
          1 GGAGGAACTGT-A-TGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGG

                              *                 *                            
       1555 CAATCTTATTGGTCTTAAATATTTGAGAATGAAAAATTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACA
         64 CAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACA

                                           *                     *          *
       1620 GCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTTGATCTTGAAGGTTGCTCGAGACTGGAGATTTTT
        129 GCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTC

                                
       1685 CCAGAAGTCATGGACACCAT
        194 CCAGAAGTCATGGACACCAT

                                       **               *                    
       1705 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGTAGAACGGCTTTGAAGGGATTACCATCCTCAATTGGCA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                             **       *               *    *     *           
       1770 ATCTTATTGGTCTTAAGGGTTTGAGATTGAAAAACTGTAAAAGCCTTATTTGCATTCCTGACAGC
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                                          *        *                         
       1835 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCCATCTTTG-TGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATC-TTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCC

                               
       1899 CAGAAGTCATGGACACCAT
        195 CAGAAGTCATGGACACCAT

                         *                                                   
       1918 GGAGGAACTGTATAAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                          *                           *                      
       1983 ATCTTATTGGTCTTGAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAGCCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                    *            *   *                                       
       2048 TTTTATAATTTGAAATCTCTTGAGATATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC

                              
       2113 AGAAGTCATGGACACCAT
        196 AGAAGTCATGGACACCAT

            *                                                             *  
       2131 AGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGACA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                          *                         *                        
       2196 ATCTTATTGGTCTTCAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAACAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                                                                             
       2261 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC

                              
       2326 AGAAGTCATGGACACCAT
        196 AGAAGTCATGGACACCAT

                         *                   **                           *  
       2344 GGAGGAACTGTATAAACTTGATTTAAGCGGAACACCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGACA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                             * *      * *     *               *              
       2409 ATCTTATTGGTCTTAAGAAATTGAGACTTAAAAATTGTGAAAAA-CTTGTCTGCCTTCCTGACAG
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGT-AAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAG

                                       *                 *                  *
       2473 CTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACGTTCGATCTTGAAGGTTGTTCGAGATTGGAGATTTTCT
        130 CTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCC

            *    *             
       2538 TAGAAATCATGGACACCAT
        195 CAGAAGTCATGGACACCAT

                  **      * **            *                                  
       2557 GGA-GAGGT-TGACGGTTCTTGATTTAAG-TGAAGCGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTG
          1 GGAGGAACTGT-A-TGAACTTGATTTAAGCGGAA-CGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTG

            *   *         *                               *                  
       2619 ACAACCTTATTGGTATTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAATCTTGTTTGCCTTCCTGAC
         63 GCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGAC

                                        **               *   *               
       2684 AGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGAGGTTCGATCTTGAAGGTAGCTTGAGATTGGAGATTTT
        128 AGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTT

                              *  
       2749 CCCAGAAGTCATGGACACTAT
        193 CCCAGAAGTCATGGACACCAT

                                             *                            *  
       2770 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACAGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGACA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                          *                   *     *                        
       2835 ATCTTATTGGTCTTCAGTATTTGAGAATGAAAAATTGTAACAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                                                                             
       2900 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC

                           *  
       2965 AGAAGTCATGGACACTAT
        196 AGAAGTCATGGACACCAT

                              *        *     *                            *  
       2983 GGAGGAACTGTATGAACTCGATTTAAGAGGAACCGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGACA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                          *          **    **     *                         *
       3048 ATCTTATTGGTCTTCAGTATTTGAGCTTGAAGGACTGTGAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGT
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                                 *                                           
       3113 TTTTATAAATTGAAATCTCTTGAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC

                              
       3178 AGAAGTCATGGACACCAT
        196 AGAAGTCATGGACACCAT

               *                       **                         *   *      
       3196 GGAAGAACTGTATGAACTTGATTTAAGTAGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCATCAGTTGGCA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                          *                                              *   
       3261 ATCTTATTGGTCTTGAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGATAGC
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                                                                             
       3326 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC

                *             
       3391 AGAAATCATGGACACCAT
        196 AGAAGTCATGGACACCAT

                                        *                                    
       3409 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCAGAACGAG-TTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGC
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACG-GCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGC

                              **       *     *     *     *  *               *
       3473 AATCTTATTGGTCTTAAGGGTTTGAGATTGAAATACTGTGAAAACTTTATTTGCCTTCCTGACAA
         65 AATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAG

             *                     *       *        *                        
       3538 CCTTTATAAATTGAAATCTCTTATGACATTCCATCTTTG-TGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTC
        130 CTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATC-TTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTC

                    *           
       3602 CCAGAAGTTATGGACACCAT
        194 CCAGAAGTCATGGACACCAT

              *            *                    *                            
       3622 GGGGGAACTGTATGACCTTGATTTAAGCGGAACGGCATTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                                                                     *    * *
       3687 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCGTGACGGT
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                                          *                                  
       3752 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCAATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC

                      *       
       3817 AGAAGTCATGAACACCAT
        196 AGAAGTCATGGACACCAT

                                                               *          *  
       3835 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCGTCCTCAATTGACA
          1 GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA

                             * *      * *         *     *    *               
       3900 ATCTTATTGGTCTTAAGGAATTGAGATTTAAAAACTGTGAAAACATTGTCTGCCTTCCTGACAGC
         66 ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC

                       *         
       3965 TTTTATAAATTTAAATCTCTT
        131 TTTTATAAATTGAAATCTCTT

       3986 TTATGTCTTA


Statistics
Matches: 3409,  Mismatches: 318, Indels: 90
        0.89            0.08        0.02

Matches are distributed among these distances:
 209    3  0.00
 210    2  0.00
 211    5  0.00
 212   29  0.01
 213  3331  0.98
 214   32  0.01
 215    6  0.00
 217    1  0.00

ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.21, T:0.33


Consensus pattern (213 bp):   
GGAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCA
ATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGC
TTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGATTTTCCC
AGAAGTCATGGACACCAT

Found at i:7570 original size:13 final size:13

Alignment explanation


    Indices: 7552--7578  Score: 54
    Period size: 13  Copynumber: 2.1  Consensus size: 13

       7542 TTGGATCATC

                         
       7552 ACTATTAGAATTG
          1 ACTATTAGAATTG

                         
       7565 ACTATTAGAATTG
          1 ACTATTAGAATTG

             
       7578 A
          1 A

       7579 GCGACCTGAA


Statistics
Matches: 14,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
  13   14  1.00

ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.15, T:0.37


Consensus pattern (13 bp):   
ACTATTAGAATTG
Done.