Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga14g00768.F1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3130
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.21, T:0.32
Found at i:1407 original size:213 final size:213
Alignment explanation
Indices: 1100--3130 Score: 2759
Period size: 213 Copynumber: 9.5 Consensus size: 213
1090 ATCTGTGTTG
* * * * *
1100 TTTT-CCAGAAATCATGGGCACCATGGAGGAACTATATGAACTTGATTTAAGCGAAACGGCTTTG
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTG
* * * * * ***
1164 AAAGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTACTGGTCTTTACTATTGGAGAATGGCCAACTGTAA
66 AAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAA
*
1229 AAACCTTGTTTGCCTTCCTGATAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAG
131 AAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAG
1294 GTTGCTCGAGATTGGAGA
196 GTTGCTCGAGATTGGAGA
* *
1312 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGTGGAACAGCTTTG
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTG
* * * * * * * *
1377 AAGGAATTATCATCCTCATTTGGAAATCTTATTGGTCTTAAGAAATTGAGACTTAAAAACTGTGA
66 AAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAA
* * *
1442 AAACCTTGTCTGCCTTCCTGACAACTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACACTCGATCTTGAAG
131 AAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAG
1507 GTTGCTCGAGATTGGAGA
196 GTTGCTCGAGATTGGAGA
* * * *
1525 TTTTCCCAGAAGTCATGGACAACATGGAGGAACTGGATGAACTTGATTTAAGAGGAACGGCTTTG
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTG
* *
1590 AAGGAATTACCATTCTCAATTGGCAATCTTATTGGTATTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAA
66 AAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAA
* *
1655 AAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGTTTTTATAAATTAAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAG
131 AAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAG
*
1720 GTTGCTCGAGATTAGAGA
196 GTTGCTCGAGATTGGAGA
* *
1738 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGGAGGAACTGTATGAACTT-AGTTTAAGTGGAACGGCTTT
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGTATGAACTTGA-TTTAAGCGGAACGGCTTT
*
1802 GAAGGAATTACCA-CTCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTGAGTATTTG-GTAATGAAAAACTG
65 GAAGGAATTACCATC-CTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAG-AATGAAAAACTG
* * *
1865 TAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGATAGTTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCAATCTTG
128 TAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTG
*
1930 AAGGTTGCTTGAGATTGGAGA
193 AAGGTTGCTCGAGATTGGAGA
** * ** * *
1951 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAA-GAGGT-TGACGGGTCTTGGTTTAAGC-TATACGGCT
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGT-A-TGAACTTGATTTAAGCGGA-ACGGCT
* *
2013 TTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGGT-TTTGAGAATGCAATACT
63 TTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAA-GTATTTGAGAATGAAAAACT
* * *
2077 GTAGAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAAGCTCTTAAGACATTCAATCTT
127 GTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTT
2142 GAAGGTTGCTCGAGATTGGAGA
192 GAAGGTTGCTCGAGATTGGAGA
* *
2164 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACTATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCAGAACGGCTTTG
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTG
* * * *
2229 AAGGAATTACCATCCTCAGTTGGCAATCTTATTGGTATTAAGTATTTGAGAATGGAAAATTGTAA
66 AAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAA
* *
2294 AAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAAGCTCTTAAGACATTTGATCTTGAAG
131 AAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAG
* *
2359 GTTGTTCGAGATTAGAGA
196 GTTGCTCGAGATTGGAGA
* *
2377 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACTATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCAGAACGGCTTTG
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTG
* * *
2442 AAGGAATTACCATCCTCAGTTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGGAAAATTGTAA
66 AAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAA
** ** *
2507 AAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGAGTTTATATCTTCAAG
131 AAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAG
2572 GTTGCTCGAGATTGGAGA
196 GTTGCTCGAGATTGGAGA
* * * *
2590 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGGAGGGACTGTATAAACTTGATTTAAGCGGAACAGCTTTG
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTG
** ** **
2655 AAGGAATTACCATCCTCAATTGATAATCTTATTGGTCTTCAA-TATTTGAGCTTGAAGGACTGTA
66 AAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTT-AAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTA
* ** * *
2719 ACAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTCTGATATTCAATCTTGAA
130 AAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAA
*
2784 GGTTGCTTGAGATTGGAGA
195 GGTTGCTCGAGATTGGAGA
* * * * *
2803 TTTTTCGAGAAGTCATGGACATCGTGGAGAGGTTGAA--GT-TG--CTTGATTTAAACGGAACGG
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCAT-GA-A-G--GAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGG
* *
2863 CTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGACAATCTTATTGGTCTTAAGCATTTG-GAAATGAAAAA
61 CTTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAG-AATGAAAAA
* * ** *
2927 CTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAGTTGAAATCTCTTGAGGGATTCTATC
125 CTGTAAAAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATC
*
2992 TTAAAGGTTGCTCGAGATTGGAGA
190 TTGAAGGTTGCTCGAGATTGGAGA
* * * * * *
3016 TTTTTCCAGAAGTCATGGACACCATGGAGAGGTTGACGGT-T---CTTGGTTTAAGTGGAACAGC
1 TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCAT-GA-AGG--AACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGC
* *
3077 TTTGAAAGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAATATTTGAG
62 TTTGAAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAG
Statistics
Matches: 1628, Mismatches: 163, Indels: 54
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
210 1 0.00
211 1 0.00
212 18 0.01
213 1584 0.97
214 16 0.01
215 3 0.00
216 3 0.00
218 2 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (213 bp):
TTTTCCCAGAAGTCATGGACACCATGAAGGAACTGTATGAACTTGATTTAAGCGGAACGGCTTTG
AAGGAATTACCATCCTCAATTGGCAATCTTATTGGTCTTAAGTATTTGAGAATGAAAAACTGTAA
AAACCTTGTTTGCCTTCCTGACAGCTTTTATAAATTGAAATCTCTTAAGACATTCGATCTTGAAG
GTTGCTCGAGATTGGAGA
Done.