Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: Ga14g00980.F1

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2190
ACGTcount: A:0.29, C:0.21, G:0.19, T:0.31


Found at i:33 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 25--72  Score: 71
    Period size: 3  Copynumber: 16.0  Consensus size: 3

         15 TTTGACCTTC

                              *                                         
         25 ATT ATT ATT ATT ATC A-T ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT GATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT -ATT ATT

               
         70 ATT
          1 ATT

         73 GAAGAAAAAC


Statistics
Matches: 41,  Mismatches: 2, Indels: 4
        0.87            0.04        0.09

Matches are distributed among these distances:
   2    1  0.02
   3   37  0.90
   4    3  0.07

ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.02, T:0.62


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.