Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Ga02g01081.F7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6005
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.22, T:0.35
Found at i:4645 original size:409 final size:408
Alignment explanation
Indices: 3886--4697 Score: 1459
Period size: 409 Copynumber: 2.0 Consensus size: 408
3876 TCAGTCATCA
*
3886 TTGCCTTTTGGATAATTACAAGAATGGTTTCTTTCATGGGATTGCAAATTTTAGTTAATTACAGT
1 TTGCCTTTTGGATAATTACAAGAATGATTTCTTTCATGGGATTGCAAATTTTAGTTAATTACAGT
3951 TTATAGTTGTAATATAAGTTTTGTTAATTGTTTATATTTTGGATATATATTTAAAAAATACAGAA
66 TTATAGTTGTAATATAAGTTTTGTTAATTGTTTATATTTTGGATATATATTTAAAAAATACAGAA
*
4016 AAATTCACTTATAATAAGACCAAAATGAACATGGATGATGTTCTGTGAGAAAGTGTTGGTAATTT
131 AAATTCACTTATAATAAGACCAAAATGAAAATGGATGATGTTCTGTGAGAAAGTGTTGGTAATTT
4081 AGTTATTTAATGGGTAATGTGTTCACGGAGTTAGGGGAGTAAAGTTTACTGCCAATATCCAAGCT
196 AGTTATTTAATGGGTAATGTGTTCACGGAGTTAGGGGAGTAAAGTTTACTGCCAATATCCAAGCT
4146 TAATTATAATGTTCTTCTAAAGCTTTATGCCAAAATCCTTTTCGTAAACGCATCTGTATTATTGG
261 TAATTATAATGTTCTTCTAAAGCTTTATGCCAAAATCCTTTTCGTAAACGCATCTGTATTATTGG
* * *
4211 TTTTATTCTCAATCCATATGGTGGTTTGATCTAATGAGCTTTTCCACTCAGCTTGGAATCAAGAG
326 TTTTATTCGCAATCCATACGGTGGTTTGATCTAATGAGCCTTTCCACTCAGCTTGGAATCAAGAG
*
4276 GTACAAACAAGTTTATAG
391 ATACAAACAAGTTTATAG
4294 TTGCCTTTTGGATAATTA-ACAGAATGATTTCTTTCATGGGATTGCAAATTTTAGTTAATTACAG
1 TTGCCTTTTGGATAATTACA-AGAATGATTTCTTTCATGGGATTGCAAATTTTAGTTAATTACAG
*
4358 TTTATGGTTGTAATAT-AGATTTTGTTAATTGTTTTATATTTTGGATATATATTTTAAAAAATAC
65 TTTATAGTTGTAATATAAG-TTTTGTTAATTG-TTTATATTTTGGATATATA-TTTAAAAAATAC
* * *
4422 AGAAAAATTTACTTGTAATAAGACCAAAATGAAAATGGATGATGTTCTGTGAG-AGGTGTTGGTA
127 AGAAAAATTCACTTATAATAAGACCAAAATGAAAATGGATGATGTTCTGTGAGAAAGTGTTGGTA
*
4486 ATTTAGTTATTTAATGGGTAATGTGTTCACGGAGTTAGTGGAGTAAAGTTTACTGCCAATATCCA
192 ATTTAGTTATTTAATGGGTAATGTGTTCACGGAGTTAGGGGAGTAAAGTTTACTGCCAATATCCA
*
4551 AGCTTAATTATAATGTTCTTCTAAAGCTTTATGCCAAAATCCTTTTTGTAAACGCATCTGTATTA
257 AGCTTAATTATAATGTTCTTCTAAAGCTTTATGCCAAAATCCTTTTCGTAAACGCATCTGTATTA
4616 TTGGTTTTATTCGCAATCCATACGGTGGTTTGATCTAATGAGCCTTTCCACTCAGCTTGGAATCA
322 TTGGTTTTATTCGCAATCCATACGGTGGTTTGATCTAATGAGCCTTTCCACTCAGCTTGGAATCA
4681 AGAGATACAAACAAGTT
387 AGAGATACAAACAAGTT
4698 ATGCTCCATC
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 12, Indels: 7
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
407 3 0.01
408 88 0.23
409 235 0.61
410 62 0.16
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.18, T:0.39
Consensus pattern (408 bp):
TTGCCTTTTGGATAATTACAAGAATGATTTCTTTCATGGGATTGCAAATTTTAGTTAATTACAGT
TTATAGTTGTAATATAAGTTTTGTTAATTGTTTATATTTTGGATATATATTTAAAAAATACAGAA
AAATTCACTTATAATAAGACCAAAATGAAAATGGATGATGTTCTGTGAGAAAGTGTTGGTAATTT
AGTTATTTAATGGGTAATGTGTTCACGGAGTTAGGGGAGTAAAGTTTACTGCCAATATCCAAGCT
TAATTATAATGTTCTTCTAAAGCTTTATGCCAAAATCCTTTTCGTAAACGCATCTGTATTATTGG
TTTTATTCGCAATCCATACGGTGGTTTGATCTAATGAGCCTTTCCACTCAGCTTGGAATCAAGAG
ATACAAACAAGTTTATAG
Done.