Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gohir.A02G023900.1.v1.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1841
ACGTcount: A:0.28, C:0.08, G:0.35, T:0.29
Found at i:556 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 403--678 Score: 462
Period size: 90 Copynumber: 3.1 Consensus size: 90
393 TAGCAAGAGG
* *
403 TGGTGGTAAAGGTGTTGGAGTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
1 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
*
468 GTGGAAGTGGCAGCGGTAATATTGC
66 GTGGAAGTGGTAGCGGTAATATTGC
* *
493 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGATTTGGTCGAAAAGGTG
1 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
* **
558 ATGGAAGCAGTAGCGGTAATATTGC
66 GTGGAAGTGGTAGCGGTAATATTGC
*
583 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAACATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
1 TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
*
648 GTGGAAGTGGTAGCAGTAATATTGC
66 GTGGAAGTGGTAGCGGTAATATTGC
673 TGGTGG
1 TGGTGG
679 AGTAGGAGGG
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 15, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
90 171 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.05, G:0.42, T:0.25
Consensus pattern (90 bp):
TGGTGGTAAAAGTGTTGGATTTGGAGGTAATATAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTG
GTGGAAGTGGTAGCGGTAATATTGC
Found at i:718 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 615--1382 Score: 1011
Period size: 66 Copynumber: 11.4 Consensus size: 67
605 GGAGGTAACA
* *
615 TAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAG-TAATATTGCTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
679 AG
66 AG
* *
681 TAGGAGGGCAAGGAGGATTTGGAGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGC-GCTAATGTTGCTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
745 AG
66 AG
747 TAGGA---CAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCA-CTAATGTTGCTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
808 AG
66 AG
* * *
810 TAGGAGGGCAAGGGGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGC-GCTAATGTTGTTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
874 AG
66 AG
* * *
876 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCA-CTAATATTGCTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
940 AG
66 AG
* *
942 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGTAAAGGTGGTGGAAGTGGAGGTGGCAGTGCTAATGTTGCT
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGT---GGTAGCA--GCTAATGTTGCT
*
1007 GGTGGAT
61 GGTGGAG
* * ** * *
1014 TTGGAGGGAAAGGAGAATTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGC-GCTAATATTGCTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
*
1078 AT
66 AG
* * *
1080 TTGGTGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGAGGTGGAAGTGGTAGCGCAAGTGATAGAGCTAAT
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTA--GC---------AGCTAAT
1145 GTTGCTGGTGGAG
55 GTTGCTGGTGGAG
*
1158 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAG-TGCTAATGTTGCTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
1222 AG
66 AG
* * * *
1224 TAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAG-TGCTAATGTTGCTGATGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
1288 AG
66 AG
* * *
1290 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAAGTGGTGGAAGTGGCAAC-GCTAATGTTGCTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
*
1354 AA
66 AG
*
1356 TAGGAGGGAAAGGAGGGTTTGGTGGAA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAA
1383 GTGGTAGCAC
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 52, Indels: 52
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
63 60 0.10
65 1 0.00
66 439 0.70
68 2 0.00
69 11 0.02
72 51 0.08
76 1 0.00
78 59 0.09
ACGTcount: A:0.26, C:0.05, G:0.46, T:0.23
Consensus pattern (67 bp):
TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAGCTAATGTTGCTGGTGG
AG
Found at i:947 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 615--1521 Score: 1092
Period size: 132 Copynumber: 6.8 Consensus size: 132
605 GGAGGTAACA
* *
615 TAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCAG-TAATATTGCTGGTGG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGC-GCTAATGTTGCTGGTGG
* * *
679 AGTAGGAGGGCAAGGAGGATTTGGAGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTG
65 AGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGCGCTAATGTTGCTGGTG
744 GAG
130 GAG
*
747 TAGGA---CAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGCTGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
* *
809 GTAGGAGGGCAAGGGGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGCGCTAATGTTGTTGGTGG
66 GTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGG
874 AG
131 AG
* * * *
876 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCACTAATATTGCTGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
* *
941 GTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGTAAAGGTGGTGGAAGTGGAGGTGGCAGTGCTAATGTTGC
66 GTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGT--A-GT---AGCGCTAATGTTGC
*
1006 TGGTGGAT
125 TGGTGGAG
* * ** * *
1014 TTGGAGGGAAAGGAGAATTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCGCTAATATTGCTGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
* * * * *
1079 TTTGGTGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGAGGTGGAAGTGGTAGCGCAAGTGATAGAGCTAA
66 GTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAA---GT------A--G-TAGCGCTAA
1144 TGTTGCTGGTGGAG
119 TGTTGCTGGTGGAG
*
1158 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGTGCTAATGTTGCTGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
* * * * *
1223 GTAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGTGCTAATGTTGCTGATGG
66 GTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGG
1288 AG
131 AG
* * *
1290 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAAGTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTGGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
* * * *
1355 ATAGGAGGGAAAGGAGGGTTTGGTGG--AA----GT----G--GTAGCACTAATGTT-ATAGGTG
66 GTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGCGCTAATGTTGCT-GGTG
1407 GAG
130 GAG
* * *** *
1410 TAAGAGGACAAGGTCAGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTAGTGGA
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
* *
1475 GTAGGAGGCCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAG
66 GTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAG
1522 AGGTGACTTG
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 71, Indels: 64
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
119 1 0.00
120 97 0.14
122 3 0.00
126 4 0.01
129 121 0.18
130 3 0.00
132 209 0.31
133 1 0.00
134 1 0.00
135 2 0.00
138 111 0.17
141 4 0.01
144 112 0.17
145 1 0.00
146 1 0.00
147 1 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.06, G:0.45, T:0.23
Consensus pattern (132 bp):
TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGGA
GTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGCGCTAATGTTGCTGGTGG
AG
Found at i:1110 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1079--1113 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
1069 TGCTGGTGGA
**
1079 TTTGGTGGGCAAGGAGGG
1 TTTGGTGGAAAAGGAGGG
1097 TTTGGTGGAAAAGGAGG
1 TTTGGTGGAAAAGGAGG
1114 TGGAAGTGGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.03, G:0.51, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TTTGGTGGAAAAGGAGGG
Found at i:1178 original size:348 final size:329
Alignment explanation
Indices: 615--1521 Score: 1097
Period size: 348 Copynumber: 2.7 Consensus size: 329
605 GGAGGTAACA
* * *
615 TAGGAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGT-GGTAGCAG-TAATATTGCTGGTG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGGTGGCAGCTAATGTTGCTGGTG
* * * * *
678 GAGTAGGAGGGCAAGGAGGATTTGGAGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTGGT
66 GAATAGGAGGGAAAGGAGGATTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCGCTAATATTGCTGGT
*
743 GGAGTAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGCTGGTGG
131 GGAGTAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGAGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGCTGGTGG
* *
808 AGTAGGAGGGCAAGGGGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGCGCTAATGTTGTTGGTG
196 AGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGCGCTAATGTTGCTGGTG
* * *
873 GAGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCACTAATATTGCTGGT
261 GAGTAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCACTAATATTGCTGAT
938 GGAG
326 GGAG
*
942 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGTAAAGGTGGTGGAAGTGGAGGTGGCAGTGCTAATGTTGCT
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGT--AGGTGGCA--GCTAATGTTGCT
* * *
1007 GGTGGATTTGGAGGGAAAGGAGAATTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCGCTAATATTGC
62 GGTGGAATAGGAGGGAAAGGAGGATTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCGCTAATATTGC
*
1072 TGGTGGATTTGGT-GGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGAGGTGGAAGTGGTAGCGCAAGTGAT
127 TGGTGGA----GTAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGAGGTGGAAGTGGTA--GC-------
*
1136 AGAGCTAATGTTGCTGGTGGAGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGG
179 --A-CTAATGTTGCTGGTGGAGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAG
* * *
1201 TAGTGCTAATGTTGCTGGTGGAGTAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTG
241 TAGCGCTAATGTTGCTGGTGGAGTAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTG
** *
1266 GTAGTGCTAATGTTGCTGATGGAG
306 GTAGCACTAATATTGCTGATGGAG
* ***
1290 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAAGTGGTGGAAGT-GGCAAC-GCTAATGTTGCTGGTG
1 TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGGTGGCAGCTAATGTTGCTGGTG
* * * ** * * *
1353 GAATAGGAGGGAAAGGAGGGTTTGGTGG--AA-GTGGTAGCAC---TAATG-T--TATAGGTGGA
66 GAATAGGAGGGAAAGGAGGATTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCGCTAATATTGCTGGT
* *** * * *
1409 GTAAG-AGGACAAGGTCAGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTAGTG
131 G-GAGTAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGAGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGCTGGTG
* *
1473 GAGTAGGAGGCCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTGGTAG
195 GAGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAG
1522 AGGTGACTTG
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 50, Indels: 57
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
318 62 0.12
327 39 0.08
328 2 0.00
330 42 0.08
332 1 0.00
333 82 0.16
334 1 0.00
335 1 0.00
336 41 0.08
337 2 0.00
338 2 0.00
339 8 0.02
340 2 0.00
342 40 0.08
345 3 0.01
347 1 0.00
348 177 0.35
ACGTcount: A:0.26, C:0.06, G:0.45, T:0.23
Consensus pattern (329 bp):
TAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGGTGGCAGCTAATGTTGCTGGTG
GAATAGGAGGGAAAGGAGGATTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAACTGGTAGCGCTAATATTGCTGGT
GGAGTAGGACAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGAGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGCTGGTGG
AGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAGGTGGTGGAAGTAGTAGCGCTAATGTTGCTGGTG
GAGTAGGAGGGAAAGAAGGGTTTGATGGAAAAGGTAGTGGAAGTGGTAGCACTAATATTGCTGAT
GGAG
Found at i:1396 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 1255--1502 Score: 336
Period size: 120 Copynumber: 2.1 Consensus size: 120
1245 GTGGAAAAGG
** * * * **
1255 TGGTGGAAGTGGTAGTGCTAATGTTGCT-GATGGAGTAGGAGGGCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAA
1 TGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTT-ATAGATGGAGTAAGAGGACAAGGACAGTTTGGTGGAAAA
* *
1319 AGTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTGGTGGAATAGGAGGGAAAGGAGGGTT
65 AGTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTAGTGGAATAGGAGGCAAAGGAGGGTT
* * *
1375 TGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTATAGGTGGAGTAAGAGGACAAGGTCAGTTTGGTGGAAAAG
1 TGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTATAGATGGAGTAAGAGGACAAGGACAGTTTGGTGGAAAAA
* * * *
1440 GTGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTAGTGGAGTAGGAGGCCAAGGAGGGTT
66 GTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTAGTGGAATAGGAGGCAAAGGAGGGTT
1495 TGGTGGAA
1 TGGTGGAA
1503 AAGGTGGTGG
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 16, Indels: 2
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
119 1 0.01
120 110 0.99
ACGTcount: A:0.26, C:0.06, G:0.44, T:0.24
Consensus pattern (120 bp):
TGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTATAGATGGAGTAAGAGGACAAGGACAGTTTGGTGGAAAAA
GTGGTGGAAGTGGCAACGCTAATGTTGCTAGTGGAATAGGAGGCAAAGGAGGGTT
Found at i:1445 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 1375--1521 Score: 215
Period size: 66 Copynumber: 2.2 Consensus size: 66
1365 AAGGAGGGTT
*
1375 TGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTT-ATAGGTGGAGTAAGAGGACAAGGTCAGTTTGGTGGAAAA
1 TGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGATA-GTGGAGTAAGAGGACAAGGACAGTTTGGTGGAAAA
1439 GG
65 GG
* * * * **
1441 TGGTGGAAGTGGTAGCGCTAATGTTGCTAGTGGAGTAGGAGGCCAAGGAGGGTTTGGTGGAAAAG
1 TGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGATAGTGGAGTAAGAGGACAAGGACAGTTTGGTGGAAAAG
1506 G
66 G
1507 TGGTGGAAGTGGTAG
1 TGGTGGAAGTGGTAG
1522 AGGTGACTTG
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 7, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
66 71 0.97
67 2 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.06, G:0.44, T:0.24
Consensus pattern (66 bp):
TGGTGGAAGTGGTAGCACTAATGTTGATAGTGGAGTAAGAGGACAAGGACAGTTTGGTGGAAAAG
G
Done.