Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gohir.D03G172100.1.v1.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:364 original size:24 final size:24
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Indices: 337--383 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
327 TAGTGTAGGT
*
337 GGTGCTTCTGGATA-TGGTAGTGGA
1 GGTGCTGCTGG-TAGTGGTAGTGGA
*
361 GGTGGTGCTGGTAGTGGTAGTGG
1 GGTGCTGCTGGTAGTGGTAGTGG
384 GTATGGAGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.10
24 18 0.90
ACGTcount: A:0.13, C:0.06, G:0.49, T:0.32
Consensus pattern (24 bp):
GGTGCTGCTGGTAGTGGTAGTGGA
Found at i:445 original size:18 final size:18
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Indices: 410--448 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
400 GGACATGGAG
* *
410 GTGGTGGTGGTAGTGGTA
1 GTGGTGGTGGGAGAGGTA
*
428 GTGGTGGTGGGGGAGGTA
1 GTGGTGGTGGGAGAGGTA
446 GTG
1 GTG
449 CAGGTGGACA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.00, G:0.62, T:0.28
Consensus pattern (18 bp):
GTGGTGGTGGGAGAGGTA
Found at i:566 original size:135 final size:129
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Indices: 325--947 Score: 445
Period size: 123 Copynumber: 4.9 Consensus size: 129
315 TGGTGGTGGA
* * ** *
325 GCTAGTGTAGGTGGT--GCTTCTGGATATGGTAGTGGAGGTGGT---GCTGGT--AG-TGGTAGT
1 GCTAGTGCAGGTGGTGGGCTTCTGGATATGGCAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGT
* * * * * *
382 GGGTATGGAGAAGCCGGTGGACATGGAGGTGGTGGTGGTAGTGGTAGTGGTGGTGGGGGAGGTAG
66 GGTTATGGAGGAGCCGGTGGACATGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGCA--GGTGGTGGAGGAGGTAG
447 T
129 T
**
448 GC-AGGTGGACATGGTGGTGGAGCTTCTGGATATGGTGGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTG
1 GCTA-GT-G-CA-GGTGGTGG-GCTTCTGGATATGGCAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTG
*
512 GTGGTGGTTATGGAGGAGCCGGTGGACAAGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGCA-GTGGTGGAGGAGG
61 GTGGTGGTTATGGAGGAGCCGGTGGACATGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGCAGGTGGTGGAGGAGG
576 -A--
126 TAGT
* * *
577 GCTAGTGCAGGTGGT--GCTTCTGGGTATGGCAATGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGT
1 GCTAGTGCAGGTGGTGGGCTTCTGGATATGGCAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGT
* * * *
640 GGTTATGGAGGAGCTGGTGGACATGGAGGTGGTGCTGGTGGCGGTA-ATGGTGGAGGCA-G-A--
66 GGTTATGGAGGAGCCGGTGGACATGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGCAGGTGGTGGAGG-AGGTAGT
* *
700 GCTAGTGCAGGTGGT--GCTTCTGGGTATGGCAGTGGAGGTGG-CAACGGAGGTGGAGCTGGTAG
1 GCTAGTGCAGGTGGTGGGCTTCTGGATATGGCAGTGGAGGTGGTGAA-GGAGGTGGAGCT-G--G
* * *** *
762 TGGTGGCGGCTATGAAGGAGCTAATGGACACGGA----G-G-TGGTGGTGGCAATGGTGGTGGAG
62 TGGT---GGTTATGGAGGAGCCGGTGGACATGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGC-A-GGTGGTGGAG
*
821 GAGCTAGT
122 GAGGTAGT
* * * *
829 GCTGGTGGATATGGTGGAGGAGCTTCTGGATATGGAAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGC---
1 GCTAGT-G-CA-GGTGGTGG-GCTTCTGGATATGGCAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGG
* ** * * *
891 ---TGGATATGGAGGAGCTAGTGGACATGGAGGTGGTGGTGGTGGCGGGA-GTGGTGGAGG
62 TGGTGGTTATGGAGGAGCCGGTGGACATGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGCAGGTGGTGGAGG
948 CGGTGCAGGA
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 45, Indels: 81
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
122 3 0.01
123 183 0.44
124 5 0.01
125 3 0.01
126 37 0.09
127 4 0.01
128 3 0.01
129 65 0.16
130 2 0.00
131 2 0.00
132 21 0.05
134 2 0.00
135 81 0.20
136 2 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.08, G:0.51, T:0.23
Consensus pattern (129 bp):
GCTAGTGCAGGTGGTGGGCTTCTGGATATGGCAGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGT
GGTTATGGAGGAGCCGGTGGACATGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGCAGGTGGTGGAGGAGGTAGT
Found at i:613 original size:123 final size:122
Alignment explanation
Indices: 463--765 Score: 455
Period size: 123 Copynumber: 2.5 Consensus size: 122
453 TGGACATGGT
* * **
463 GGTGGAGCTTCTGGATATGGTGGTGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGAGG
1 GGTGGTGCTTCTGGGTATGGCAGTGGAGGTGG-GAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGAGG
* *
528 AGCCGGTGGACAAGGAGGTGGTGCTGGTGGTGGCAGTGGTGGAGG-AGGAGCTAGTGCA
65 AGCCGGTGGACAAGGAGGTGGTGCTGGTGGCGGCAATGGTGGAGGCA-GAGCTAGTGCA
*
586 GGTGGTGCTTCTGGGTATGGCAATGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGAGG
1 GGTGGTGCTTCTGGGTATGGCAGTGGAGGTGG-GAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGAGG
* * *
651 AGCTGGTGGACATGGAGGTGGTGCTGGTGGCGGTAATGGTGGAGGCAGAGCTAGTGCA
65 AGCCGGTGGACAAGGAGGTGGTGCTGGTGGCGGCAATGGTGGAGGCAGAGCTAGTGCA
* *
709 GGTGGTGCTTCTGGGTATGGCAGTGGAGGTGGCAACGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGT
1 GGTGGTGCTTCTGGGTATGGCAGTGGAGGTGGGAA-GGAGGTGGAGCTGGTGGTGGT
766 GGCGGCTATG
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 14, Indels: 4
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
122 2 0.01
123 161 0.98
124 1 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.09, G:0.51, T:0.23
Consensus pattern (122 bp):
GGTGGTGCTTCTGGGTATGGCAGTGGAGGTGGGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGAGGA
GCCGGTGGACAAGGAGGTGGTGCTGGTGGCGGCAATGGTGGAGGCAGAGCTAGTGCA
Found at i:647 original size:42 final size:40
Alignment explanation
Indices: 486--695 Score: 114
Period size: 42 Copynumber: 5.2 Consensus size: 40
476 GATATGGTGG
*
486 TGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGA
1 TGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGA
* *
526 -GGAGCCGGTGGAC-AAGGAGGTGGTGCTGGTGGTGG-CAGTGG-
1 TGGA---GGTGG-CGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTA-TGGA
* * * * * *
567 TGGAGGAGGAGCTAGTGCAGGTGGTGCT--T-CTGGGTATGGCAA
1 TGGAGGTGGCG-AAG-G-AGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGG--A
609 TGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGA
1 TGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGA
* * * * *
649 -GGAGCTGGTGGACATGGAGGTGGTGCTGGTGGCGGTAATGG-
1 TGGAGGTGG-CGA-A-GGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGA
690 TGGAGG
1 TGGAGG
696 CAGAGCTAGT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 20, Indels: 40
0.68 0.11 0.21
Matches are distributed among these distances:
39 29 0.22
40 8 0.06
41 6 0.05
42 86 0.67
ACGTcount: A:0.17, C:0.08, G:0.53, T:0.22
Consensus pattern (40 bp):
TGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCTGGTGGTGGTTATGGA
Found at i:901 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 854--902 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
844 GGAGGAGCTT
*
854 CTGGATATGGAAGTGGAG
1 CTGGATATGGAGGTGGAG
* *
872 GTGG-TGAAGGAGGTGGAG
1 CTGGAT-ATGGAGGTGGAG
890 CTGGATATGGAGG
1 CTGGATATGGAGG
903 AGCTAGTGGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 4
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.04
18 22 0.92
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.04, G:0.51, T:0.20
Consensus pattern (18 bp):
CTGGATATGGAGGTGGAG
Found at i:1070 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1025--1055 Score: 62
Period size: 3 Copynumber: 10.3 Consensus size: 3
1015 GGAGGTGTTA
1025 GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG G
1 GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG GTG G
1056 CGGCTCTGGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 28 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.68, T:0.32
Consensus pattern (3 bp):
GTG
Found at i:1089 original size:24 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1041--1099 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
1031 GTGGTGGTGG
* *
1041 TGGTGGTGGTGGTGGCGGCTC
1 TGGTGGTGGAGGTGGCGGCTA
1062 TGGTGGTGGAGGTGGCGGTGCATA
1 TGGTGGTGGAGGTGGC-G-GC-TA
*
1086 TGGTGCTGGAGGTG
1 TGGTGGTGGAGGTG
1100 CAAATGAGGG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 3
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 15 0.47
22 1 0.03
23 2 0.06
24 14 0.44
ACGTcount: A:0.07, C:0.10, G:0.56, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
TGGTGGTGGAGGTGGCGGCTA
Done.