Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Gorai.008G138200.1-JGI_221_v2.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:346 original size:12 final size:12
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Indices: 291--376 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 7.2 Consensus size: 12
281 GAGTAGGAGC
*
291 AGGTGGGGGTGG
1 AGGTGGTGGTGG
* * *
303 AAGTGGAGGTGC
1 AGGTGGTGGTGG
* *
315 AAGTGGTGGTGCT
1 AGGTGGTGGTG-G
328 AGG-GGTGGTGG
1 AGGTGGTGGTGG
*
339 AGGTGGTGTTGG
1 AGGTGGTGGTGG
*
351 TGGTGGT-GTAGG
1 AGGTGGTGGT-GG
* *
363 AGGAGGTGCTGG
1 AGGTGGTGGTGG
375 AG
1 AG
377 TGGGAGTAGG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 13, Indels: 8
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11 4 0.07
12 50 0.88
13 3 0.05
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Consensus pattern (12 bp):
AGGTGGTGGTGG
Found at i:449 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 409--491 Score: 114
Period size: 39 Copynumber: 2.2 Consensus size: 37
399 TGTCGGGGTT
409 GGTGGAGGAGTAGGA-GCTGGTGGAGGTGCTGGAGGC
1 GGTGGAGGAGTAGGATGCTGGTGGAGGTGCTGGAGGC
* * *
445 GGTGGAGGAGTAGGAGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGT
1 GGTGGAGGAGTAGGA--TGCTGGTGGAGGTGCTGGAGGC
484 GGTGGAGG
1 GGTGGAGG
492 TAGTGTTGGC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 3
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
36 15 0.37
39 26 0.63
ACGTcount: A:0.16, C:0.04, G:0.61, T:0.19
Consensus pattern (37 bp):
GGTGGAGGAGTAGGATGCTGGTGGAGGTGCTGGAGGC
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Alignment explanation
Indices: 331--643 Score: 79
Period size: 18 Copynumber: 16.9 Consensus size: 18
321 TGGTGCTAGG
**
331 GGTGGTGGAGGTGGTGTT
1 GGTGGTGGAGGTGGTGGA
* *
349 GGTGGTGG-TGTAGGAGGA
1 GGTGGTGGAGGT-GGTGGA
*
367 GGTGCTGGA-GTGG-GAGTA
1 GGTGGTGGAGGTGGTG-G-A
* * *
385 GGTGGTAGTGGTGGTGTCGG
1 GGTGGTGGAGGTGGTG--GA
*
405 GGTTGGTGGAGG-AGTAGGA
1 GG-TGGTGGAGGTGGT-GGA
* *
424 GCTGGTGGAGGTGCTGGA
1 GGTGGTGGAGGTGGTGGA
* *
442 GGCGGTGGAGG-AGTAGGA
1 GGTGGTGGAGGTGGT-GGA
460 GTTGGTGGTGGAGGTGGTGGA
1 ---GGTGGTGGAGGTGGTGGA
* **
481 GGTGGTGGAGGTAGTGTT
1 GGTGGTGGAGGTGGTGGA
* * * ** *
499 GGCGGAGGTGCAGGAGGA
1 GGTGGTGGAGGTGGTGGA
* *
517 GGTGCTGGA-GTGGGTGCA
1 GGTGGTGGAGGT-GGTGGA
* *
535 GGTATTGGTGGTGGTGTTGG-
1 GG---TGGTGGAGGTGGTGGA
*
555 GGCTGGTGGAGG-AGTAGGA
1 GG-TGGTGGAGGTGGT-GGA
* * *
574 GCTGGTGGTGGTGGAGG-
1 GGTGGTGGAGGTGGTGGA
* * *
591 CGTAGGAGGAGGTGGTGGT
1 GGT-GGTGGAGGTGGTGGA
*
610 GGTGGTGGTGGTGGTGGA
1 GGTGGTGGAGGTGGTGGA
628 GGT-GTAGGAGGTGGTG
1 GGTGGT-GGAGGTGGTG
644 TTGGCGGAGG
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 65, Indels: 52
0.64 0.20 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.00
17 10 0.05
18 141 0.69
19 11 0.05
20 7 0.03
21 30 0.15
22 4 0.02
ACGTcount: A:0.13, C:0.04, G:0.59, T:0.24
Consensus pattern (18 bp):
GGTGGTGGAGGTGGTGGA
Found at i:587 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 558--611 Score: 81
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
548 GTGTTGGGGC
*
558 TGGTGGAGGAGTAGGAGCTGGTGG
1 TGGTGGAGGAGTAGGAGCAGGTGG
* *
582 TGGTGGAGGCGTAGGAGGAGGTGG
1 TGGTGGAGGAGTAGGAGCAGGTGG
606 TGGTGG
1 TGGTGG
612 TGGTGGTGGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 27 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.04, G:0.61, T:0.20
Consensus pattern (24 bp):
TGGTGGAGGAGTAGGAGCAGGTGG
Found at i:631 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 604--751 Score: 140
Period size: 24 Copynumber: 6.2 Consensus size: 24
594 AGGAGGAGGT
* * *
604 GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGA
1 GGTGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGA
* *
628 GGTG-TAGGAGGTGGTGTTGGCGGA
1 GGTGCT-GGAGGTGGTGCTGGTGGA
652 GGTGCTGGA-GTGGGTGCTGGTGGA
1 GGTGCTGGAGGT-GGTGCTGGTGGA
* * * **
676 GGAG-TAGGAGTTAGTGGAGGTGGA
1 GGTGCT-GGAGGTGGTGCTGGTGGA
* *
700 GGTGCTGGAGGTGGTGTTGGCGGA
1 GGTGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGA
724 GGTGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGA
1 GGTGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGA
748 GGTG
1 GGTG
752 TTGCAACAGG
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 18, Indels: 12
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.04
24 93 0.93
25 3 0.03
ACGTcount: A:0.11, C:0.05, G:0.59, T:0.25
Consensus pattern (24 bp):
GGTGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGA
Found at i:643 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 601--631 Score: 53
Period size: 3 Copynumber: 10.3 Consensus size: 3
591 CGTAGGAGGA
*
601 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGA GGT G
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT G
632 TAGGAGGTGG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 26 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.00, G:0.68, T:0.29
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Found at i:673 original size:48 final size:48
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Indices: 604--751 Score: 156
Period size: 48 Copynumber: 3.1 Consensus size: 48
594 AGGAGGAGGT
* * * * *
604 GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGTAGGAGGTGGTGTTGGCGGA
1 GGTGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGAGGTGTAGGAGGTGGTGCTGGTGGA
* * * **
652 GGTGCTGGA-GTGGGTGCTGGTGGAGGAGTAGGAGTTAGTGGAGGTGGA
1 GGTGCTGGAGGT-GGTGCTGGTGGAGGTGTAGGAGGTGGTGCTGGTGGA
* *
700 GGTGCTGGAGGTGGTGTTGGCGGAGGTGCT-GGAGGTGGTGCTGGTGGA
1 GGTGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGAGGTG-TAGGAGGTGGTGCTGGTGGA
748 GGTG
1 GGTG
752 TTGCAACAGG
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 16, Indels: 6
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
47 2 0.02
48 76 0.94
49 3 0.04
ACGTcount: A:0.11, C:0.05, G:0.59, T:0.25
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GGTGCTGGAGGTGGTGCTGGTGGAGGTGTAGGAGGTGGTGCTGGTGGA
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Indices: 697--751 Score: 65
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687 TAGTGGAGGT
697 GGAGGTGCTGGA
1 GGAGGTGCTGGA
* * *
709 GGTGGTGTTGGC
1 GGAGGTGCTGGA
721 GGAGGTGCTGGA
1 GGAGGTGCTGGA
* *
733 GGTGGTGCTGGT
1 GGAGGTGCTGGA
745 GGAGGTG
1 GGAGGTG
752 TTGCAACAGG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 9, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 34 1.00
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GGAGGTGCTGGA
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Indices: 634--778 Score: 186
Period size: 72 Copynumber: 2.0 Consensus size: 72
624 TGGAGGTGTA
* ** * *
634 GGAGGTGGTGTTGGCGGAGGTGCTGGAGTGGGTGCTGGTGGAGGAGTAGGAGTTAGTGGAGGTGG
1 GGAGGTGGTGTTGGCGGAGGTGCTGGAGTGGGTGCTGGTGGAGGAGTAGCAGACAGTGCAGGAGG
*
699 AGGTGCT
66 AAGTGCT
* *
706 GGAGGTGGTGTTGGCGGAGGTGCTGGAG-GTGGTGCTGGTGGAGGTGTTGCA-ACAGGTGCAGGA
1 GGAGGTGGTGTTGGCGGAGGTGCTGGAGTG-GGTGCTGGTGGAGGAGTAGCAGACA-GTGCAGGA
769 GGAAGTGCT
64 GGAAGTGCT
778 G
1 G
779 CAGCAAGTGG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 8, Indels: 4
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
71 2 0.03
72 61 0.97
ACGTcount: A:0.14, C:0.08, G:0.55, T:0.23
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GGAGGTGGTGTTGGCGGAGGTGCTGGAGTGGGTGCTGGTGGAGGAGTAGCAGACAGTGCAGGAGG
AAGTGCT
Found at i:830 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 785--835 Score: 57
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
775 GCTGCAGCAA
* * *
785 GTGGAGGTGTTGGGGCTAGTGGAG
1 GTGGAGGGGTAGGAGCTAGTGGAG
* *
809 GTGGAGGGGTAGGAGCTGGTGGTG
1 GTGGAGGGGTAGGAGCTAGTGGAG
833 GTG
1 GTG
836 TTGGTGGAGG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 5, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 22 1.00
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GTGGAGGGGTAGGAGCTAGTGGAG
Done.