Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: XR_002445236.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4049
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.19, T:0.35
Found at i:514 original size:263 final size:267
Alignment explanation
Indices: 35--548 Score: 614
Period size: 263 Copynumber: 1.9 Consensus size: 267
25 GCTGTTTTTG
* ** * * * *
35 CCCCTTAGTCATCTGCTTTCTCAAGCCCCACGCTTCTCACATTCTCTCTCCTGCTCGTCGCCAAG
1 CCCCTTAGTAATCCCCTTGCTCAAGCCCCACGCTTCCCACATTCTCTCTCCTACGCGTCGCCAAG
* * * *
100 CCGAAGGTCGCTATCCTTCTCAACACATCACGACCATTGAGCCGCCGCTGCTTCAGTCGAGCAAC
66 CCGAAGGTAGCTATCCTTCTCAACACACCACCACCATTGAGCCGCCGCTGCTTCAGTCGAGAAAC
* * *
165 CGCCTCTGCGGTTAAAACTTCTTCAATACAACAACATTCATCGACAAACGCCGGCGACGAGCCCC
131 CGCCTCGGCGGTTAAAACTTCTTCAATACAACAACATTCATCAACAAACGCCAGCGACGAGCCCC
230 AACAAGCTTCTGATATCACATTTCAACAA-CCA-TTCAAAGACTCCAGGTTCCAAGAGCTACTAC
196 AACAAGCTTCTGATATCACATTTCAACAAGCCACTT-AAAGACTCCAGGTTCCAAGAGCTACTAC
293 CTCGCCTT
260 CTCGCCTT
* * * *
301 CCCCTTAGTAATCCCCTTGCTCAAGCCCCACGCTTCCCACCTTTTCTCTCGTACGCGTCTCCAAG
1 CCCCTTAGTAATCCCCTTGCTCAAGCCCCACGCTTCCCACATTCTCTCTCCTACGCGTCGCCAAG
** * *
366 CCG-A-G-AGCTATCCTTCTCAATGCACCACCACCGTTCG-GCCGCCGCTGCTTCAGTTGA-AAA
66 CCGAAGGTAGCTATCCTTCTCAACACACCACCACCATT-GAGCCGCCGCTGCTTCAGTCGAGAAA
* * * * * * * *
426 GTCGCCTCGGCGGTTAACACTTCTTTAATTCAACAATATTCCTCAACAAACGTCAGCGATGAGCC
130 -CCGCCTCGGCGGTTAAAACTTCTTCAATACAACAACATTCATCAACAAACGCCAGCGACGAGCC
* * * *
491 GCCGA-AAGCTTCT-ATTCTCACATTTCAACAAGCCACTTAAAGGCTTCAGGTTCCAAGA
194 -CCAACAAGCTTCTGA-TATCACATTTCAACAAGCCACTTAAAGACTCCAGGTTCCAAGA
549 ACTAGGCACC
Statistics
Matches: 208, Mismatches: 34, Indels: 14
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
262 3 0.01
263 119 0.57
264 26 0.12
265 3 0.01
266 57 0.27
ACGTcount: A:0.24, C:0.36, G:0.16, T:0.25
Consensus pattern (267 bp):
CCCCTTAGTAATCCCCTTGCTCAAGCCCCACGCTTCCCACATTCTCTCTCCTACGCGTCGCCAAG
CCGAAGGTAGCTATCCTTCTCAACACACCACCACCATTGAGCCGCCGCTGCTTCAGTCGAGAAAC
CGCCTCGGCGGTTAAAACTTCTTCAATACAACAACATTCATCAACAAACGCCAGCGACGAGCCCC
AACAAGCTTCTGATATCACATTTCAACAAGCCACTTAAAGACTCCAGGTTCCAAGAGCTACTACC
TCGCCTT
Found at i:2276 original size:294 final size:295
Alignment explanation
Indices: 1744--2314 Score: 683
Period size: 294 Copynumber: 1.9 Consensus size: 295
1734 CCACATGAAA
* * **
1744 TTGTTTCATACTTATGATGGATTTGGTTGGTTAGTTACCTTAAGGGTGAGAACTGCTTTGTGGTG
1 TTGTTTCATACTCATGATGGATTTGGTTGG-T-GTTACCTTAAGGATGAGAACCACTTTGTGGTG
* * * * **
1809 TTTAAGAAATAAAAAAATTGTAAAGTGTAAGCATGTGGCATTCCTGTTTGTATTAAGATATAATG
64 TTTAAGAAATAAAAAAACTATAAAGTGTAAGCATGTGACATTCCTATTTACATTAAGATATAATG
* * * * **
1874 GTGCTAATATGTGAATATAACATTTTGGTATATGGTGCATTCTTATTATTTAATTCAAGGTATTT
129 GTGCCAATATATAAATATAACATTTTGGTATATGGTGCATTCTTAGTATTTAATTCAAGGTATAA
* * *
1939 TGGTGCAAACTATATATTAATATATTTGAAGTGGCATTCCTATTGTGTAATAAAGGCACAATGGT
194 TGGTGCAAACTAGATATTAATATATTTGAAGTGGCATTCCTATTGTGCAATAAAGGCACAATGAT
2004 GCTTACATGAACATATAGTATCAATTGACAATTCCTT
259 GCTTACATGAACATATAGTATCAATTGACAATTCCTT
*
2041 TTGTTTCATACTCATGATGGATTTGGTT-G-GTTACCTTAA-GATGGGAACCACTTTGTGGTGTT
1 TTGTTTCATACTCATGATGGATTTGGTTGGTGTTACCTTAAGGATGAGAACCACTTTGTGGTGTT
* * * ** * * *
2103 TAAAGAAGTAAATAAACTATAAGGTGTGGGTATGTGATATTCCTATTATACATTAAGGTATAATG
66 T-AAGAAATAAAAAAACTATAAAGTGTAAGCATGTGACATTCCTATT-TACATTAAGATATAATG
* * * *
2168 GTGCCATTATATAAATCTAATATCTTT-GTATATGGTGCATTCTT-GT-TTTACCATT-GAGGTA
129 GTGCCAATATATAAATATAACAT-TTTGGTATATGGTGCATTCTTAGTATTTA--ATTCAAGGTA
2229 TAATGGTGCGAAA-TAGATATTAAATATATTTGACA-TGGCATTCCTATTGTGCAATAAAGGCAC
191 TAATGGTGC-AAACTAGATATT-AATATATTTGA-AGTGGCATTCCTATTGTGCAATAAAGGCAC
**
2292 AATGATGCTTATGTGAACATATA
253 AATGATGCTTACATGAACATATA
2315 TCTTTATGTT
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 34, Indels: 19
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
292 24 0.10
293 64 0.28
294 112 0.48
295 4 0.02
296 1 0.00
297 27 0.12
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.20, T:0.39
Consensus pattern (295 bp):
TTGTTTCATACTCATGATGGATTTGGTTGGTGTTACCTTAAGGATGAGAACCACTTTGTGGTGTT
TAAGAAATAAAAAAACTATAAAGTGTAAGCATGTGACATTCCTATTTACATTAAGATATAATGGT
GCCAATATATAAATATAACATTTTGGTATATGGTGCATTCTTAGTATTTAATTCAAGGTATAATG
GTGCAAACTAGATATTAATATATTTGAAGTGGCATTCCTATTGTGCAATAAAGGCACAATGATGC
TTACATGAACATATAGTATCAATTGACAATTCCTT
Found at i:2686 original size:658 final size:652
Alignment explanation
Indices: 1389--3496 Score: 2150
Period size: 658 Copynumber: 3.2 Consensus size: 652
1379 ATTTTTTGAA
* * *
1389 ACTCATGATGGATTTGAG-TGGTTA-CTTAAGGTGAAAACCACTTTGTGTTGTTTAGAGAAAAAA
1 ACTCATGATGGATTTG-GTTGGTTACCTTAAGATGAAAACCACTTTGTGGTGTTT---G--AAGA
* * * *
1452 AATAAATAAATTTTAAGGGTGTGG-CATGTGGCATTCCTATTATACATT-AGGTATAATGGTGCC
60 AGTAAATAAACTATAA-GATGTGGACATGTGGCATTCCTATTATACATTAAGGTATAATGGTGCC
* * * * * * * * *
1515 TATATGTGAATCTTATCTA-GTT-T-TATGGTGCATTCCTATAATTTGATCA---AAGGTATTAT
124 GATATATAAATC-TAAC-ACTTTGTATATGGTGCATT-CT-T-GTTTTACCATTGAAGGTATAAT
** * * * * * ** * * *
1574 GGTTCAAAATACATAAT-GATAGA-TTTGTTATGGCATTCTTAATGTGTAATAAAGGCACAATGG
184 GGCGCGAAATAGATATTAAATATATTTTGACATGGCATTCCTATTGTGAAATAAAGGCACAATGG
* * *
1637 TGCTTATGT-AACATATACTTTATGTGATAATTTGACACTCCAATTGTTCATTAAT-GTACAATG
249 TGCTTATGTGAACATATACTTTATGTGTTAATTTGACATTCCAATTGTACATT-ATGGTACAATG
* * * *
1700 ATGTCCATTGAGAATTTTGTTTTTTTAATCATGACCACATGAAATTGTTTCATACTTATGATGGA
313 GTGTCAATTGAGAA--TTATTTTTTTAATCATGACCACATGGAATTGTTTCATACTTATGATGGA
* * *
1765 TTTGGTTGGTTAGTTACCTTAAGGGTGAGAACTGCTTTGTGGTGTTTA--AGAAATA-AAAAAAT
376 TTTGGTTGGTTAGTTACCTTAAAGGT-AGAACTACTTTGTGGTG-TTAGGAGAAATAGAAAAACT
** * * *
1827 TGTAAAGTGTAAGCATGTGGCATTCCTGTT-TGTATTAA-GATATAATGGTG-CTAATATGTGAA
439 TG----GTGTAAGCAT-AAGCATTCCTATTAT-AATTAAGGA-ATAA-GATGTC-AATATGTGAA
* * * * *
1889 TATAACATTTTGGTATATGGTGCATTCTTATTATTTAATTCAAGGTATTTTGGTGCAAACTATAT
495 TCTAACATATTGGTATATGGTGCATTCTTATTATTTAATCCAAGGTATTTTGGT---AACAAAAT
* * *
1954 ATTAATATATTTGAAGTGGCATTCCTATTGTGTAATAAAGGCACAATGGTGCTTACATGAACATA
557 ATTAATATATTTAAAGTGGCATTCCTATTGTGTAATAAAGGCACAATGGTGCTTATATGAATATA
* *
2019 TAGTATCAATTGACAATTCCTTTTGTTTCAT
622 TAATATCAATTGAGAATTCCTTTTGTTTCAT
** *
2050 ACTCATGATGGATTTGGTTGGTTACCTTAAGATGGGAACCACTTTGTGGTGTTTAAAGAAGTAAA
1 ACTCATGATGGATTTGGTTGGTTACCTTAAGATGAAAACCACTTTGTGGTGTTTGAAGAAGTAAA
* ** **
2115 TAAACTATAAGGTGTGGGTATGTGATATTCCTATTATACATTAAGGTATAATGGTGCC-ATTATA
66 TAAACTATAAGATGTGGACATGTGGCATTCCTATTATACATTAAGGTATAATGGTGCCGA-TATA
* *
2179 TAAATCTAATATCTTTGTATATGGTGCATTCTTGTTTTACCATTG-AGGTATAATGGTGCGAAAT
130 TAAATCTAACA-CTTTGTATATGGTGCATTCTTGTTTTACCATTGAAGGTATAATGGCGCGAAAT
* *
2243 AGATATTAAATATA-TTTGACATGGCATTCCTATTGTGCAATAAAGGCACAATGATGCTTATGTG
194 AGATATTAAATATATTTTGACATGGCATTCCTATTGTGAAATAAAGGCACAATGGTGCTTATGTG
* * *
2307 AACATATATCTTTATGTTTTAATTAGACATTCCAATTGTACATTATGGTATAATGGTGTCTATAT
259 AACATATA-CTTTATGTGTTAATTTGACATTCCAATTGTACATTATGGTACAATGGTGTC-A-AT
* * *
2372 TGAGAATTCCATTTTTTTAATCATGACCACATGGAATTGTTCCATACACT-TGTTGGA-TTGGTT
321 TGAGAATT--ATTTTTTTAATCATGACCACATGGAATTGTTTCATAC-TTATGATGGATTTGGTT
* *
2435 GGTTAGTTACCTTAAAGGTCAGAACTACTTTGTGGTGTTAGGAGATATAGAAAAACTTGGTGTAG
383 GGTTAGTTACCTTAAAGGT-AGAACTACTTTGTGGTGTTAGGAGAAATAGAAAAACTTGGTGTAA
* * * *
2500 GCATAAGACATTCCTATTATAAGTTAAGGAATGACGATGTCAATTTGTGAATCTAGCATCTTGGT
447 GCATAAG-CATTCCTATTATAA-TTAAGGAAT-AAGATGTCAATATGTGAATCTAACATATTGGT
* * *
2565 ATATGGTTCATTCTTATTATTTAATCCAAGGTATGTTGGT-ACAAGATATTAATATATTTAAAGT
509 ATATGGTGCATTCTTATTATTTAATCCAAGGTATTTTGGTAACAAAATATTAATATATTTAAAGT
* *
2629 GGCATTCCTATTGTGTAATAAAGGCGCAATGGTGCTTATATGAATATATAATATCAATTAAGAAT
574 GGCATTCCTATTGTGTAATAAAGGCACAATGGTGCTTATATGAATATATAATATCAATTGAGAAT
*
2694 TCTTTTTGTTTCAT
639 TCCTTTTGTTTCAT
* * **
2708 ACTCATGATGGATATGGTT-GTTGACCTTAA-AGTGAAAACCACTTTGTGGTATTTGCTGAAGTA
1 ACTCATGATGGATTTGGTTGGTT-ACCTTAAGA-TGAAAACCACTTTGTGGTGTTTGAAGAAGTA
*
2771 AATAAACTATAAGATGTGGACATGTGGCATTTCTATTATACATTAAGGTATAATGGTGCCGATAT
64 AATAAACTATAAGATGTGGACATGTGGCATTCCTATTATACATTAAGGTATAATGGTGCCGATAT
2836 ATAAATCTAACACTTTGTATATGGTGCATTCTTGTTTTACCATTGAAGGTATAATGGCGCGAAAT
129 ATAAATCTAACACTTTGTATATGGTGCATTCTTGTTTTACCATTGAAGGTATAATGGCGCGAAAT
* * *
2901 AGATATTTAATATATTTTGACATGACATTCCAATTATGAAATTCCTATTGTGAAATAAAAGCACA
194 AGATATTAAATATATTTTGACATG-------------G-CATTCCTATTGTGAAATAAAGGCACA
* * * * * * *
2966 ATGGTGCTTATTTGAGCATATACCTTTATGTGTTAATTTGACATTCCGATTGCATATTAAGGTGC
245 ATGGTGCTTATGTGAACATATA-CTTTATGTGTTAATTTGACATTCCAATTGTACATTATGGTAC
* *
3031 AATGGTGTCAATTGAGAATTTTTATTTTTAATCATGACTACATGGAATTGTTTCATACTTATGAT
309 AATGGTGTCAATTGAGAATTATT-TTTTTAATCATGACCACATGGAATTGTTTCATACTTATGAT
* * * * *
3096 GGATTTGGTTGGTTAGTTACCTTAAAGGTGGAACTTCATTGTGGTGTTCGGAAAAATAGAAAAAC
373 GGATTTGGTTGGTTAGTTACCTTAAAGGTAGAACTACTTTGTGGTGTTAGGAGAAATAGAAAAAC
* * * * * **
3161 ATTAAGGTATAAGCATGTAGCATTCTTATTATATATTAAGGTATAATAGTGTCAATATACGAATC
438 -TT--GGTGTAAGCAT-AAGCATTCCTATTATA-ATTAAGGAATAAGA-TGTCAATATGTGAATC
* * ** * *
3226 TAATATATTAGTATATGGTGCATTCTT-TGTAAATAATCTAAGGTATTTTGGTGTAAAATAAATA
497 TAACATATTGGTATATGGTGCATTCTTAT-TATTTAATCCAAGGTATTTT-G-GTAACA-AAATA
** * * *
3290 TTTAATATATTTAAAGTGGCATTCCTATTACGTAATAAAAGCACAATAGTGCTTATGTGAATATA
558 -TTAATATATTTAAAGTGGCATTCCTATTGTGTAATAAAGGCACAATGGTGCTTATATGAATATA
* *
3355 CAAAATCAATTGAGAATTCCTTTTGTTTCAT
622 TAATATCAATTGAGAATTCCTTTTGTTTCAT
* * * * * * * * *
3386 ACTTATGATGGATTTGGTTGTTTAACTTGAGGTGACAACTACTTTGTGGTGTTTGGAGAAGGAAA
1 ACTCATGATGGATTTGGTTGGTTACCTTAAGATGAAAACCACTTTGTGGTGTTTGAAGAAGTAAA
* * *
3451 GAAACTATAAGATGTGGACATGTGGCATTCTTATCATACATTAAGG
66 TAAACTATAAGATGTGGACATGTGGCATTCCTATTATACATTAAGG
3497 AAGATGGAGC
Statistics
Matches: 1217, Mismatches: 164, Indels: 115
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
656 8 0.01
657 83 0.07
658 268 0.22
659 34 0.03
660 60 0.05
661 51 0.04
662 138 0.11
663 44 0.04
664 54 0.04
665 9 0.01
669 3 0.00
670 68 0.06
671 37 0.03
672 5 0.00
673 165 0.14
674 4 0.00
675 2 0.00
676 2 0.00
677 4 0.00
678 176 0.14
679 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (652 bp):
ACTCATGATGGATTTGGTTGGTTACCTTAAGATGAAAACCACTTTGTGGTGTTTGAAGAAGTAAA
TAAACTATAAGATGTGGACATGTGGCATTCCTATTATACATTAAGGTATAATGGTGCCGATATAT
AAATCTAACACTTTGTATATGGTGCATTCTTGTTTTACCATTGAAGGTATAATGGCGCGAAATAG
ATATTAAATATATTTTGACATGGCATTCCTATTGTGAAATAAAGGCACAATGGTGCTTATGTGAA
CATATACTTTATGTGTTAATTTGACATTCCAATTGTACATTATGGTACAATGGTGTCAATTGAGA
ATTATTTTTTTAATCATGACCACATGGAATTGTTTCATACTTATGATGGATTTGGTTGGTTAGTT
ACCTTAAAGGTAGAACTACTTTGTGGTGTTAGGAGAAATAGAAAAACTTGGTGTAAGCATAAGCA
TTCCTATTATAATTAAGGAATAAGATGTCAATATGTGAATCTAACATATTGGTATATGGTGCATT
CTTATTATTTAATCCAAGGTATTTTGGTAACAAAATATTAATATATTTAAAGTGGCATTCCTATT
GTGTAATAAAGGCACAATGGTGCTTATATGAATATATAATATCAATTGAGAATTCCTTTTGTTTC
AT
Done.