Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: XM_021435013.1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:631 original size:18 final size:18
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Indices: 594--671 Score: 66
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584 GTGGTGGTCT
* * *
594 AGGTGGTGGTTTTGGGGG
1 AGGTGGAGGTTTAGGTGG
612 AGGTGGAGGTTTAGGTGG
1 AGGTGGAGGTTTAGGTGG
* * *
630 AGGAGGAGGGTTAGGAGG
1 AGGTGGAGGTTTAGGTGG
* **
648 TGGTGGAGGCCTAGGTGG
1 AGGTGGAGGTTTAGGTGG
*
666 TGGTGG
1 AGGTGG
672 TGGGCTTGGT
Statistics
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18 49 1.00
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Consensus pattern (18 bp):
AGGTGGAGGTTTAGGTGG
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Alignment explanation
Indices: 646--764 Score: 94
Period size: 18 Copynumber: 6.3 Consensus size: 18
636 AGGGTTAGGA
* *
646 GGTGGTGGAGGCCTAGGT
1 GGTGGTGGAGGACTTGGT
* *
664 GGTGGTGGTGGGCTTGGT
1 GGTGGTGGAGGACTTGGT
*
682 GGTGGTGCAGGAGGTGGCTTAGGT
1 GGTGGT---GGA-G-GACTT-GGT
*
706 GGTGGTGGAGGCCTTGGT
1 GGTGGTGGAGGACTTGGT
* * *
724 GGTGGAGGTGGACTAGGT
1 GGTGGTGGAGGACTTGGT
*
742 GGTGGAGGAGGACTTGGT
1 GGTGGTGGAGGACTTGGT
760 GGTGG
1 GGTGG
765 CCACAAGCTG
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 11, Indels: 12
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 59 0.70
19 4 0.05
20 1 0.01
21 5 0.06
22 1 0.01
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Consensus pattern (18 bp):
GGTGGTGGAGGACTTGGT
Found at i:686 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 646--764 Score: 112
Period size: 36 Copynumber: 3.1 Consensus size: 36
636 AGGGTTAGGA
* *
646 GGTGGTGGAGGCCTAGGTGGTGGTGGTGGGCTTGGT
1 GGTGGTGGAGGCCTAGGTGGTGGTGGAGGACTTGGT
* *
682 GGTGGTGCAGGAGGTGGCTTAGGTGGTGGTGGAGGCCTTGGT
1 GGTGGT---GGA---GGCCTAGGTGGTGGTGGAGGACTTGGT
* * * *
724 GGTGGAGGTGGACTAGGTGGTGGAGGAGGACTTGGT
1 GGTGGTGGAGGCCTAGGTGGTGGTGGAGGACTTGGT
760 GGTGG
1 GGTGG
765 CCACAAGCTG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 9, Indels: 12
0.76 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
36 34 0.50
39 5 0.07
42 29 0.43
ACGTcount: A:0.10, C:0.08, G:0.57, T:0.25
Consensus pattern (36 bp):
GGTGGTGGAGGCCTAGGTGGTGGTGGAGGACTTGGT
Found at i:710 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 625--746 Score: 172
Period size: 60 Copynumber: 2.0 Consensus size: 60
615 TGGAGGTTTA
* * * * *
625 GGTGGAGGAGGAGGGTTAGGAGGTGGTGGAGGCCTAGGTGGTGGTGGTGGGCTTGGTGGT
1 GGTGCAGGAGGAGGCTTAGGAGGTGGTGGAGGCCTAGGTGGTGGAGGTGGACTAGGTGGT
* * *
685 GGTGCAGGAGGTGGCTTAGGTGGTGGTGGAGGCCTTGGTGGTGGAGGTGGACTAGGTGGT
1 GGTGCAGGAGGAGGCTTAGGAGGTGGTGGAGGCCTAGGTGGTGGAGGTGGACTAGGTGGT
745 GG
1 GG
747 AGGAGGACTT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
60 54 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.07, G:0.58, T:0.24
Consensus pattern (60 bp):
GGTGCAGGAGGAGGCTTAGGAGGTGGTGGAGGCCTAGGTGGTGGAGGTGGACTAGGTGGT
Found at i:791 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 727--917 Score: 249
Period size: 60 Copynumber: 3.2 Consensus size: 60
717 CCTTGGTGGT
* * *
727 GGAGGTGGACTAGGTGGTGGAGGAGGACTTGGTGGTGGCCACAAGCTGGGTGGAGGTGCA
1 GGAGGTGGACTAGGTGGTGGAGGAGGACTTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGAGGTGCA
* * * * *
787 GGAGGAGGATTAGGTGGTGGTGGAGGGCTTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGAGGTGCT
1 GGAGGTGGACTAGGTGGTGGAGGAGGACTTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGAGGTGCA
* * * *
847 GGAGGTGGATTAGGGGGTGGAGGTGGCCTTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGA-GTGGCA
1 GGAGGTGGACTAGGTGGTGGAGGAGGACTTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGAGGT-GCA
*
907 GGTGGTGGACT
1 GGAGGTGGACT
918 TGGAGGAGGT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 16, Indels: 2
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
59 2 0.02
60 112 0.98
ACGTcount: A:0.15, C:0.10, G:0.53, T:0.23
Consensus pattern (60 bp):
GGAGGTGGACTAGGTGGTGGAGGAGGACTTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGAGGTGCA
Found at i:911 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 804--914 Score: 99
Period size: 30 Copynumber: 3.7 Consensus size: 30
794 GATTAGGTGG
804 TGGTGGAGGGCTTGGTGGTGGCCATAGGCT
1 TGGTGGAGGGCTTGGTGGTGGCCATAGGCT
*
834 TGGTGGAGGTGC-TGGAGGTGG--ATTAGG--
1 TGGTGGAGG-GCTTGGTGGTGGCCA-TAGGCT
*
861 GGGTGGAGGTGGCCTTGGTGGTGGCCATAGGCT
1 TGGTGGA-G-GG-CTTGGTGGTGGCCATAGGCT
*
894 TGGTGGAGTGGC-AGGTGGTGG
1 TGGTGGAG-GGCTTGGTGGTGG
915 ACTTGGAGGA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 5, Indels: 20
0.73 0.05 0.22
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.09
28 3 0.05
29 6 0.09
30 33 0.50
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Consensus pattern (30 bp):
TGGTGGAGGGCTTGGTGGTGGCCATAGGCT
Found at i:929 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 721--944 Score: 283
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
711 TGGAGGCCTT
* *
721 GGTGGTGGAGGTGGACTAGGTGGTGGAGGAGGACTTGGTGGTGGCCACAAGCTGGGTGGAGGTGC
1 GGTGCTGGAGGTGGACTAGGGGGTGGAGGAGGACTTGGTGGTGGCCACAAGCTGGGTGGAGGTGC
* * *
786 AGGAGGAGGATTAGGTGGTGGTGGAGGGC-TTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGA
66 AGGAGGAGGATTAGGAGGAGGTGG-CGGCATTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGA
* * * * * *
841 GGTGCTGGAGGTGGATTAGGGGGTGGAGGTGGCCTTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGA-GTGG
1 GGTGCTGGAGGTGGACTAGGGGGTGGAGGAGGACTTGGTGGTGGCCACAAGCTGGGTGGAGGT-G
* *
905 CAGGTGGTGGACTT-GGAGGAGGTGGCGGCATTGGTGGTGG
65 CAGGAGGAGGA-TTAGGAGGAGGTGGCGGCATTGGTGGTGG
945 AGGTGGTCTT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 6
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
119 5 0.06
120 81 0.92
121 2 0.02
ACGTcount: A:0.14, C:0.09, G:0.54, T:0.23
Consensus pattern (120 bp):
GGTGCTGGAGGTGGACTAGGGGGTGGAGGAGGACTTGGTGGTGGCCACAAGCTGGGTGGAGGTGC
AGGAGGAGGATTAGGAGGAGGTGGCGGCATTGGTGGTGGCCATAGGCTTGGTGGA
Done.