Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Tc03v2_t018870.9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 795
Length: 1326
ACGTcount: A:0.20, C:0.12, G:0.41, T:0.27
Found at i:333 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 279--333 Score: 56
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
269 AGCTATTGGA
** *
279 TATGGAGGTGGTAGTGGTGGTGG
1 TATGGAGAAGGTAGTGGTGCTGG
*
302 TAGCGGAGAAGGTAGTGGTGCTGG
1 TA-TGGAGAAGGTAGTGGTGCTGG
326 TTATGGAG
1 -TATGGAG
334 GAGTTGGTGG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 3
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
23 2 0.08
24 21 0.84
25 2 0.08
ACGTcount: A:0.18, C:0.04, G:0.51, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
TATGGAGAAGGTAGTGGTGCTGG
Found at i:499 original size:108 final size:107
Alignment explanation
Indices: 387--727 Score: 341
Period size: 108 Copynumber: 3.0 Consensus size: 107
377 AGGTAATGCG
*
387 GGTGGAGCTTCTGGCTATGGAAGCGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGTGCTGGGTT
1 GGTGGAGCTTCTGGCTATGGAAGCGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGTGCTGGGTA
* *
452 TGGCGGAGCCGGTGGACATGGGGGTGGTGGTGGCAATGGTGGC
66 TGGCGGAGCTGGTGGACATGGTGGTGGTGGTGG-AATGGTGGC
* * * *
495 GGTGGAGGTAGTGCGAGTGGAGCTTCTGGATATGGTAGTGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCTGG
1 GGTGGAGCT--T-C---T-G-GC-TATGGA-A-----GCGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGG
* * * * * *
560 TAATGGTGCTGGGTATGGCGGAGGTGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGGAGGTAAT-G-CG-
51 TAGTGGTGCTGGGTATGGCGGAGCTGGT-G-GAC-ATGGTGGTGGTGGTGG-AATGGTGGC
618 GGTGGAGCTTCTGGCTATGGAAGCGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGTGCTGGGTA
1 GGTGGAGCTTCTGGCTATGGAAGCGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGTGCTGGGTA
*
683 TGGAGGAGCTGGTGGACATGGTGGTGGTGGTGG--TGGTGGC
66 TGGCGGAGCTGGTGGACATGGTGGTGGTGGTGGAATGGTGGC
723 GGTGG
1 GGTGG
728 TGGTGGTAAT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 25, Indels: 45
0.73 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
102 1 0.01
103 1 0.01
104 1 0.01
105 19 0.10
106 2 0.01
107 1 0.01
108 59 0.32
110 1 0.01
111 1 0.01
113 1 0.01
114 6 0.03
115 3 0.02
116 3 0.02
117 6 0.03
118 1 0.01
120 1 0.01
121 1 0.01
123 58 0.31
124 2 0.01
125 3 0.02
126 16 0.09
ACGTcount: A:0.15, C:0.09, G:0.53, T:0.23
Consensus pattern (107 bp):
GGTGGAGCTTCTGGCTATGGAAGCGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGTGCTGGGTA
TGGCGGAGCTGGTGGACATGGTGGTGGTGGTGGAATGGTGGC
Found at i:589 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 312--727 Score: 433
Period size: 123 Copynumber: 3.5 Consensus size: 123
302 TAGCGGAGAA
* * *
312 GGTAGTGGTGCTGGTTATGGAGGAGTTGGTGGACATGGAGGTGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGG
1 GGTAGTGGTGCTGGGTATGGCGGAGCTGGTGGACATGGAGGTGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGG
* * *
377 AGGTAATGCGGGTGGAGCTTCTGGCTATGGAAGCGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCT
66 AGGTAATGCGAGTGGAGCTTCTGGATATGGAAGCGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCT
* * *
435 GGTAGTGGTGCTGGGTTTGGCGGAGCCGGTGGACATGGGGGTGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGG
1 GGTAGTGGTGCTGGGTATGGCGGAGCTGGTGGACATGGAGGTGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGG
* * *
500 AGGTAGTGCGAGTGGAGCTTCTGGATATGGTAGTGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCT
66 AGGTAATGCGAGTGGAGCTTCTGGATATGGAAGCGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCT
* * * * * * * *
558 GGTAATGGTGCTGGGTATGGCGGAGGTGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGGAGGTAAT-G-CG-GG
1 GGTAGTGGTGCTGGGTATGGCGGAGCTGGT-G-GAC-ATGGAGGTGGTGGTGGCAATGGTGGCGG
* * *
620 TGGAGCT--T-C---T-G-GC-TATGGA-A-----GCGGAGGTGGTGAAGGAGGTGGAGCT
63 TGGAGGTAATGCGAGTGGAGCTTCTGGATATGGAAGCGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCT
* *
666 GGTAGTGGTGCTGGGTATGGAGGAGCTGGTGGACATGGTGGTGGTGGTGG---TGGTGGCGGTGG
1 GGTAGTGGTGCTGGGTATGGCGGAGCTGGTGGACATGGAGGTGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGG
728 TGGTGGTAAT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 33, Indels: 30
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
102 1 0.00
103 1 0.00
104 1 0.00
105 19 0.07
106 2 0.01
107 1 0.00
108 51 0.20
113 1 0.00
114 5 0.02
115 2 0.01
116 1 0.00
117 1 0.00
120 1 0.00
121 1 0.00
123 145 0.57
124 2 0.01
125 3 0.01
126 16 0.06
ACGTcount: A:0.15, C:0.09, G:0.53, T:0.23
Consensus pattern (123 bp):
GGTAGTGGTGCTGGGTATGGCGGAGCTGGTGGACATGGAGGTGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGG
AGGTAATGCGAGTGGAGCTTCTGGATATGGAAGCGGAGGTGGCGAAGGAGGTGGAGCT
Found at i:707 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 701--748 Score: 69
Period size: 3 Copynumber: 16.0 Consensus size: 3
691 CTGGTGGACA
* **
701 TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG CGG TGG TGG TGG TAA TGG TGG TGG TGG
1 TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG TGG
749 AGGTAGTGCA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 39 1.00
ACGTcount: A:0.04, C:0.02, G:0.62, T:0.31
Consensus pattern (3 bp):
TGG
Found at i:730 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 476--712 Score: 345
Period size: 108 Copynumber: 2.2 Consensus size: 108
466 GACATGGGGG
* * * * *
476 TGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGGAGGTAGTGCGAGTGGAGCTTCTGGATATGGTAGTGGAGGTG
1 TGGTGGTGACAATGGTGGCGGTGGAGGTAATGCGGGTGGAGCTTCTGGATATGGAAGCGGAGGTG
* *
541 GCGAAGGAGGTGGAGCTGGTAATGGTGCTGGGTATGGCGGAGG
66 GCGAAGGAGGTGGAGCTGGTAATGGTGCTGGGTATGGAGGAGC
* *
584 TGGTGGTGGCAATGGTGGCGGTGGAGGTAATGCGGGTGGAGCTTCTGGCTATGGAAGCGGAGGTG
1 TGGTGGTGACAATGGTGGCGGTGGAGGTAATGCGGGTGGAGCTTCTGGATATGGAAGCGGAGGTG
* *
649 GTGAAGGAGGTGGAGCTGGTAGTGGTGCTGGGTATGGAGGAGC
66 GCGAAGGAGGTGGAGCTGGTAATGGTGCTGGGTATGGAGGAGC
*
692 TGGT-G-GAC-ATGGTGGTGGTGG
1 TGGTGGTGACAATGGTGGCGGTGG
713 TGGTGGTGGC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 11, Indels: 3
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
105 12 0.10
106 2 0.02
107 1 0.01
108 103 0.87
ACGTcount: A:0.16, C:0.08, G:0.52, T:0.23
Consensus pattern (108 bp):
TGGTGGTGACAATGGTGGCGGTGGAGGTAATGCGGGTGGAGCTTCTGGATATGGAAGCGGAGGTG
GCGAAGGAGGTGGAGCTGGTAATGGTGCTGGGTATGGAGGAGC
Found at i:843 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 837--880 Score: 63
Period size: 3 Copynumber: 14.7 Consensus size: 3
827 TGGTTCAGGA
*
837 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GG- GAGT GGA GGT GGT GG
1 GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT GGT G-GT GGT GGT GGT GG
881 AGAAGGATAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
2 1 0.03
3 35 0.95
4 1 0.03
ACGTcount: A:0.05, C:0.00, G:0.68, T:0.27
Consensus pattern (3 bp):
GGT
Found at i:881 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 834--882 Score: 55
Period size: 9 Copynumber: 5.4 Consensus size: 9
824 TGTTGGTTCA
834 GGAGGTGGT
1 GGAGGTGGT
*
843 GGTGGTGGT
1 GGAGGTGGT
*
852 GGTGGTGGT
1 GGAGGTGGT
*
861 GGTGG-GAGT
1 GGAGGTG-GT
870 GGAGGTGGT
1 GGAGGTGGT
879 GGAG
1 GGAG
883 AAGGATATGG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
8 1 0.03
9 34 0.94
10 1 0.03
ACGTcount: A:0.08, C:0.00, G:0.67, T:0.24
Consensus pattern (9 bp):
GGAGGTGGT
Done.