Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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4 AGAGAGAGAG
14 AGAAGTTCTTTGCT
1 AGAAGTTCTTTGCT
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1 AGAAGTTCTTTGCT
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1 AGAAGTTC
50 ATGCTCGACG
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AGAAGTTCTTTGCT
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235 TGGTGGTGGT
* * *
245 GGTGGAATAGGTGGAGGTGTCGGA
1 GGTGGAAAAGGTGGAGGGGTAGGA
*
269 GGTGGAAAAGGTGGTGGGGTAGGA
1 GGTGGAAAAGGTGGAGGGGTAGGA
*
293 GTTGGA
1 GGTGGA
299 GGTGGAGCTG
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GGTGGAAAAGGTGGAGGGGTAGGA
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268 AGGTGGAAAA
* *
278 GGTGGTGGGGTAGGAGTTGGAGGTGGAGCTGGCGGAGGGCTT
1 GGTGGTGGGGT-GGAGTTGGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTT
* *
320 GGTGGTGGAGGTGGAGCTGGGGGTGGTGCTGGAGGAGGGC-T
1 GGTGGTGG-GGTGGAGTTGGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTT
361 --TGGT--GGTGGAGTTGGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTT
1 GGTGGTGGGGTGGAGTTGGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTT
398 GGTGGTGGAGGTGG
1 GGTGGTGG-GGTGG
412 TGCAGGTGGT
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GGTGGTGGGGTGGAGTTGGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTT
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309 GCGGAGGGCT
*
319 TGGTGGTGGAGG
1 TGGTGCTGGAGG
* *
331 TGGAGCTGGGGG
1 TGGTGCTGGAGG
343 TGGTGCTGGAGG
1 TGGTGCTGGAGG
* *
355 AGG-GCTTGGTGG
1 TGGTGC-TGGAGG
* *
367 TGGAGTTGGAGG
1 TGGTGCTGGAGG
379 TGGTGCTGGAGG
1 TGGTGCTGGAGG
391 AGGGCTTGGT
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TGGTGCTGGAGG
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321 GTGGTGGAGG
331 TGGAGCTGGGGGTGGTGC
1 TGGAGCTGGGGGTGGTGC
** ** *
349 TGGAGGAGGGCTTGGTGG
1 TGGAGCTGGGGGTGGTGC
* *
367 TGGAGTTGGAGGTGGTGC
1 TGGAGCTGGGGGTGGTGC
385 TGGAG
1 TGGAG
390 GAGGGCTTGG
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TGGAGCTGGGGGTGGTGC
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333 GAGCTGGGGG
343 TGGTGCTGGAGGAGGGCT
1 TGGTGCTGGAGGAGGGCT
* ** *
361 TGGTGGTGGAGTTGGAG-G
1 TGGTGCTGGAGGAGG-GCT
379 TGGTGCTGGAGGAGGGCT
1 TGGTGCTGGAGGAGGGCT
*
397 TGGTGGTGGAGG
1 TGGTGCTGGAGG
409 TGGTGCAGGT
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TGGTGCTGGAGGAGGGCT
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Indices: 296--424 Score: 160
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286 GGTAGGAGTT
* * *
296 GGAGGTGGAGCTGGCGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGAGC
1 GGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGC
*
337 TGGGGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGA-GT--T--
1 -GGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGC
374 GGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGC
1 GGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGC
*
415 AGGTGGTGGT
1 -GGAGGTGGT
425 TTTGGAGGTG
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GGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGC
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296 GGAGGTGGAG
* * * *
306 CTGGCGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGAGCTGGGGGTGGT
1 CTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGTGGT
*
347 GCTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGA-GT--TGGAGGTGGT-G-
1 -CTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGTGGT
384 CTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGTGGT
1 CTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGTGGT
425 TTTGGAGGTG
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CTGGAGGAGGGCTTGGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGTGGT
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357 GGCTTGGTGG
* *
367 TGGAGTTGGAGGTGGTGCTGGAGGAGGGCT
1 TGGAGGTGGAGGTGGTGCAGGAGGAGGGCT
* * * **
397 TGGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGTGGTTT
1 TGGAGGTGGAGGTGGTGCAGGAGGAGGGCT
427 TGGAGGTGGA
1 TGGAGGTGGA
437 AAAGGTGGAG
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463 TGGAGCCGGT
*
473 GGTGGTGTTGGAGGAGGATTAGGTGGTGGA
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* * *
503 GGTGGTGC---AGGTGG--AGGTGCTGGT
1 GGTGGTGCTGGAGGAGGTTAGGTGGTGGA
*** * *
527 GGTGGCATTGGAGGTGGTAAAGGTGGTGGTA
1 GGTGGTGCTGGAGGAGGT-TAGGTGGTGG-A
558 --TAGGTGCTGGAGGAGGATTAGGTGGTGGA
1 GGT-GGTGCTGGAGGAGG-TTAGGTGGTGGA
* *
587 GGTGGTGCAGGTGGAGGTTTAGGTGGTGG
1 GGTGGTGCTGGAGGAGG-TTAGGTGGTGG
616 TGCCGGTGCA
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GGTGGTGCTGGAGGAGGTTAGGTGGTGGA
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388 AGGAGGGCTT
*
398 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGT
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** ***
422 GGTTTTGGAGGTGGAAAAGGTGGA
1 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGA
*
446 GGT-GTAGGA-GT--TGGAGGTGGA
1 GGTGGT-GGAGGTGGTGCAGGTGGA
** * * * *
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1 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGG---A
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1 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGA
* * *
518 GGTGCTGGTGGT-G-GCA-TTGGA
1 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGA
** **
539 GGTGGTAAAGGTGGT---GGTATA
1 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGA
* * *
560 GGTGCTGGAGG-AG-G-A--T-TA
1 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGA
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1 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGA
* * * *
602 GGT-TTAGGTGGTGGTGCCGGTGCA
1 GGTGGT-GGAGGTGGTGCAGGTGGA
* * *
626 GGTGGTGGA-GTCGGAGGAGGTGCA
1 GGTGGTGGAGGT-GGTGCAGGTGGA
* * * ***
650 GGTGGTGGTGCTGGTGGAGGTCTT
1 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGA
* *
674 GGTGGTGGAGGAGGCCT-C-GGAGGA
1 GGTGGTGGAGGTGG--TGCAGGTGGA
* * *
698 GGTGCTGGTGCG-GGTGCTGGTGGA
1 GGTGGTGGAG-GTGGTGCAGGTGGA
** *
722 GGTTTTGGAGGTGGTGCTGGTGG
1 GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGG
745 TGGACTAGGT
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Matches: 228, Mismatches: 66, Indels: 58
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Matches are distributed among these distances:
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19 2 0.01
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23 10 0.04
24 138 0.61
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GGTGGTGGAGGTGGTGCAGGTGGA
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550 TGGTGGTATA
* * **
560 GGTGCTGGAGGAGGATTAGGTGGTGGAGGT
1 GGTGCAGGTGGAGGATTAGGTGGTGGAGCC
* *
590 GGTGCAGGTGGAGGTTTAGGTGGTGGTGCC
1 GGTGCAGGTGGAGGATTAGGTGGTGGAGCC
620 GGTGCAGGTGG
1 GGTGCAGGTGG
631 TGGAGTCGGA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
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30 35 1.00
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GGTGCAGGTGGAGGATTAGGTGGTGGAGCC
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Indices: 698--780 Score: 64
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688 CCTCGGAGGA
698 GGTGCTGGTGCG-
1 GGTGCTGGTG-GT
*
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** *
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1 GGTGCTGGTGGT
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*
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*
758 GGT-TTCGGTGGT
1 GGTGCT-GGTGGT
770 GGTGCTGGTGG
1 GGTGCTGGTGG
781 AGGAATTGGA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 11, Indels: 8
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
11 3 0.05
12 52 0.93
13 1 0.02
ACGTcount: A:0.05, C:0.08, G:0.55, T:0.31
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GGTGCTGGTGGT
Done.