genome.fa.s1001.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1001
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  200027

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10737--10767	12	2.6	12	100	0	62	87	0	12	0	0.55
11765--12328	59	9.8	58	87	5	651	25	27	20	25	1.99
12294--12363	35	2.0	35	100	0	140	22	31	20	25	1.98
12236--12422	94	2.0	93	96	1	347	23	28	21	26	1.99
12329--12731	59	6.9	59	94	2	681	23	28	22	25	1.99
13462--13538	21	3.7	21	85	3	102	35	15	16	32	1.91
13574--13641	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
13595--13619	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
13576--13638	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
13663--13727	33	2.0	33	87	0	94	27	15	13	43	1.85
16173--16242	28	2.5	28	88	4	97	22	32	18	25	1.97
20233--20270	6	6.2	6	87	6	58	71	13	0	15	1.16
20228--20273	19	2.3	20	88	7	76	71	10	0	17	1.13
20237--20280	12	3.6	12	79	14	54	72	11	0	15	1.11
20236--20297	24	2.6	23	85	12	72	69	12	3	14	1.31
20883--20955	19	3.8	19	88	1	110	31	15	13	39	1.86
22563--22597	15	2.3	15	90	0	52	45	0	25	28	1.54
27301--27357	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
27287--27378	32	2.8	32	96	1	166	35	11	17	34	1.87
27287--27376	19	5.3	18	69	30	74	35	12	17	34	1.87
32192--32303	53	2.1	53	88	3	163	32	9	18	39	1.84
32861--32931	19	3.7	19	88	1	88	30	14	11	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32982--33006	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33602--33810	92	2.3	92	78	5	210	29	24	15	31	1.95
37115--37563	28	15.7	28	84	7	421	28	31	17	22	1.97
37121--37563	56	7.7	56	83	6	523	28	31	18	21	1.97
37121--37563	84	5.2	84	84	7	518	28	31	18	21	1.97
38508--38601	31	3.5	28	72	27	96	29	17	11	41	1.84
38477--38601	49	2.5	51	90	5	200	28	16	11	43	1.83
38488--38571	20	3.8	20	73	24	78	30	14	10	44	1.79
39457--39497	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
52424--52571	72	2.1	72	94	0	260	32	18	22	27	1.97
54615--54664	24	2.2	24	82	7	59	82	12	4	2	0.90
55683--55712	15	1.9	15	93	6	51	40	26	0	33	1.57
55904--56193	28	10.4	28	70	5	167	27	29	17	24	1.98
55906--56231	56	5.8	56	80	5	300	27	29	18	24	1.98
55908--56225	84	3.8	84	69	8	207	27	28	18	25	1.98
55906--56217	111	2.8	110	80	7	315	27	28	18	25	1.98
56113--56207	28	3.4	28	72	5	84	23	27	22	27	1.99
55902--56225	167	1.9	168	80	6	372	27	29	17	25	1.98
56202--56293	30	2.9	32	79	14	109	30	28	15	26	1.96
56199--56302	30	3.3	31	75	17	97	31	25	17	25	1.97
56199--56309	33	3.5	32	74	22	92	29	26	16	27	1.97
57187--57257	20	3.5	20	86	0	106	32	14	14	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60672--60731	21	2.8	22	87	9	81	40	13	18	28	1.88
60756--60832	20	3.7	20	83	10	84	37	16	16	28	1.91
60777--60835	21	2.9	21	82	12	77	37	16	15	30	1.90
61263--61395	34	3.9	34	88	3	196	36	14	21	27	1.92
63860--63911	26	2.0	26	100	0	104	26	15	7	50	1.71
64842--64903	26	2.4	25	84	7	79	41	1	0	56	1.09
66845--66879	17	2.0	18	88	5	54	54	2	2	40	1.30
69777--69823	16	2.8	16	87	6	58	80	2	6	10	0.96
75597--75621	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75608--75662	20	2.8	20	82	0	65	38	10	20	30	1.87
77226--77255	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
83744--83785	21	2.0	21	95	0	75	45	0	26	28	1.54
83712--83911	101	2.0	101	96	2	366	41	4	18	36	1.69
88813--88868	20	2.8	20	94	0	94	25	16	12	46	1.81
91596--91954	62	5.8	62	82	5	429	22	22	22	33	1.98
91596--91955	126	2.9	124	85	5	467	22	22	21	33	1.98
92094--92458	45	8.4	45	71	12	192	19	26	11	42	1.85
91961--92458	41	11.7	44	72	12	265	19	26	11	42	1.85
92102--92457	130	2.7	130	82	8	370	19	26	11	41	1.86
92225--92458	86	2.7	87	76	13	245	19	28	10	41	1.84
93084--93207	30	4.5	30	70	19	88	28	14	16	40	1.88
93064--93177	50	2.3	50	92	0	183	28	16	14	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93134--93208	30	2.5	29	84	4	96	26	13	20	40	1.89
95514--95726	79	2.7	79	77	6	193	29	26	10	33	1.90
103693--103744	15	3.5	15	82	10	70	76	0	0	23	0.78
103693--103734	7	5.7	7	83	10	57	80	0	0	19	0.70
103839--103898	17	3.5	17	81	0	84	23	23	6	46	1.75
106481--106521	10	4.1	10	93	0	73	19	31	7	41	1.79
111336--111452	50	2.3	50	88	2	173	26	18	15	39	1.91
115802--115827	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116526--116569	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
118339--118364	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120434--120464	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
122268--122312	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
124539--124564	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
124603--124655	20	2.6	21	87	3	72	30	16	13	39	1.87
129842--129970	52	2.5	52	93	0	222	27	17	17	36	1.93
130042--130130	19	5.0	19	77	18	93	35	16	11	35	1.85
130091--130129	20	2.0	20	85	9	55	38	15	7	38	1.76
130788--130929	52	2.7	52	75	3	140	37	14	23	25	1.92
130836--131234	49	8.4	49	78	11	222	31	18	25	25	1.97
130884--131249	49	7.8	48	80	10	409	29	18	25	25	1.98
130884--131254	92	4.0	93	93	1	602	29	18	26	25	1.98
131249--131517	33	8.2	33	89	2	400	20	17	34	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131524--131847	34	9.6	34	84	6	419	32	12	34	20	1.90
131524--131847	135	2.4	133	89	2	486	32	12	34	20	1.90
131519--131846	168	2.0	168	87	6	486	33	12	34	20	1.90
131524--131847	67	4.8	67	85	7	424	32	12	34	20	1.90
131834--132221	62	6.2	63	89	4	565	29	16	28	25	1.97
131834--132221	125	3.1	125	90	2	595	29	16	28	25	1.97
133173--133229	16	3.6	15	78	21	71	0	12	5	82	0.82
133491--133530	8	4.9	8	85	14	55	2	0	10	87	0.63
133490--133531	9	4.9	9	85	14	54	2	0	9	88	0.61
133492--133533	16	2.7	16	85	14	61	2	0	9	88	0.61
140438--140566	52	2.5	52	94	0	231	28	17	17	35	1.93
140438--140586	52	2.9	51	81	9	185	30	17	17	34	1.93
140572--140599	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
140638--140759	19	7.1	18	71	26	95	35	15	12	36	1.85
140680--140704	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
140661--140757	33	3.0	33	93	1	160	32	15	13	38	1.86
143285--144481	595	2.0	594	92	0	1980	31	17	21	29	1.97
146213--146256	14	3.2	13	81	15	52	86	9	4	0	0.70
146222--146266	13	3.4	13	87	3	54	82	6	11	0	0.84
146222--146266	14	3.3	13	87	6	54	82	6	11	0	0.84
147245--147695	61	7.4	61	85	4	572	27	27	18	27	1.98
147677--147904	42	5.7	42	73	11	176	21	23	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147825--147949	35	3.5	35	70	19	103	15	25	17	41	1.88
147789--147957	73	2.3	75	87	5	229	18	24	17	39	1.92
148568--148662	30	3.5	29	64	27	82	24	14	17	43	1.87
148548--148683	50	2.7	49	89	2	209	25	16	15	43	1.86
151038--151300	79	3.3	79	80	2	323	27	25	14	31	1.95
151028--151315	157	1.8	158	83	3	384	27	25	14	31	1.95
151009--151351	79	4.3	78	78	5	298	28	24	13	33	1.93
151007--151329	157	2.1	158	79	5	368	27	25	14	33	1.94
153545--153725	82	2.2	84	84	3	249	25	30	13	30	1.94
153519--153701	55	3.3	54	80	6	188	25	28	13	32	1.93

Tables:   1   2