genome.fa.s1003.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1003
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123701

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
542--578	11	3.3	11	88	3	56	86	2	10	0	0.67
632--667	1	36.0	1	88	0	54	94	5	0	0	0.31
1604--2787	35	34.8	34	83	11	1263	19	34	12	33	1.89
1596--2782	69	17.5	67	82	12	1249	19	34	12	33	1.89
2249--2341	27	3.2	27	79	16	105	17	35	15	32	1.91
2784--2882	33	3.1	31	89	7	153	27	38	18	16	1.91
2911--4119	49	24.8	49	87	1	1743	23	26	17	32	1.97
2911--4185	98	13.0	98	95	2	2260	23	26	17	32	1.96
3941--4119	92	1.9	94	91	3	299	25	24	17	32	1.97
5075--5099	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5166--5190	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5199--5319	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
8553--8630	27	2.8	28	90	7	115	21	20	34	23	1.97
8617--8736	52	2.3	52	81	11	138	30	13	22	33	1.92
12247--12456	63	3.5	60	72	14	175	26	24	25	23	2.00
12228--12452	116	2.0	110	82	11	274	24	22	28	24	2.00
12603--12834	52	4.3	53	77	17	214	21	20	28	30	1.98
12426--12834	58	7.3	54	70	21	194	21	21	27	29	1.99
12603--12820	53	4.0	56	75	18	196	22	20	27	29	1.98
13839--13912	15	4.7	15	73	8	58	2	9	8	79	1.02
21818--21958	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
21947--21971	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22038--22062	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
22120--22161	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
25519--25615	20	4.8	20	88	5	142	41	12	16	29	1.85
27415--27544	58	2.3	58	86	5	176	46	18	8	26	1.78
27568--27673	50	2.1	50	82	5	126	46	17	9	26	1.79
27652--27788	58	2.4	58	82	4	161	45	16	11	26	1.82
29300--29367	19	3.9	19	74	21	76	36	11	13	38	1.81
29304--29364	32	1.9	32	96	0	113	37	13	13	36	1.83
29407--29432	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
29387--29453	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
31896--31971	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
31954--32124	52	3.3	52	76	10	163	29	26	12	31	1.92
32107--32183	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
37222--37275	20	2.7	20	88	5	74	33	18	14	33	1.92
37304--37357	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
37304--37374	20	3.6	19	86	7	72	38	16	15	29	1.90
49081--49133	20	2.7	20	91	5	81	33	18	13	33	1.90
49163--49235	20	3.7	19	85	7	76	38	16	15	30	1.89
50407--50460	20	2.6	21	80	11	67	29	12	9	48	1.73
54702--54773	2	37.5	2	72	22	57	43	4	1	51	1.29
54702--54765	19	3.3	19	81	14	76	42	4	1	51	1.32
54704--54774	7	10.1	7	75	14	58	42	4	1	52	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56426--56478	19	2.8	19	91	0	88	13	39	0	47	1.43
59577--59953	109	3.5	107	78	6	261	31	16	18	34	1.92
59643--59960	109	2.9	108	83	2	372	30	15	18	35	1.92
60677--60706	14	2.2	13	94	5	51	0	13	3	83	0.77
61667--61882	28	7.9	28	81	4	93	19	17	27	35	1.95
61723--61792	25	2.7	26	88	4	106	12	15	32	38	1.86
61809--62365	56	10.2	56	71	9	339	23	18	28	30	1.97
61809--62365	28	20.4	28	74	9	298	23	18	28	30	1.97
61939--61981	22	2.0	22	90	0	68	23	18	27	30	1.98
62057--62346	136	2.1	138	81	5	329	22	18	28	30	1.97
73277--73656	107	3.5	108	78	5	356	31	16	17	34	1.93
80777--80803	10	2.7	10	100	0	54	7	11	18	62	1.50
82977--83116	54	2.6	54	94	0	253	46	10	20	22	1.81
84083--84158	21	3.7	21	75	7	66	44	14	13	27	1.82
84798--84842	23	2.0	22	83	16	56	33	37	4	24	1.76
86683--87104	157	2.7	156	84	5	530	27	19	12	40	1.87
86686--87109	78	5.4	79	80	6	475	27	19	12	40	1.87
87039--87137	51	1.9	51	87	0	144	31	14	10	44	1.78
87361--87408	22	2.2	22	81	7	53	20	4	12	62	1.46
93288--94229	62	15.3	62	84	4	1154	24	22	19	34	1.97
93289--94229	123	7.6	123	84	3	1110	24	22	19	34	1.97
93289--94229	185	5.1	185	85	4	1152	24	22	19	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94194--94267	38	1.9	38	94	0	130	27	21	16	35	1.94
96297--96321	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
96330--96449	52	2.3	52	95	0	213	35	17	18	29	1.94
102814--102868	13	3.8	13	75	25	56	36	18	10	34	1.86
102827--102887	19	3.5	19	75	25	80	34	19	13	32	1.90
102808--102889	32	2.6	32	98	1	157	32	18	12	36	1.88
104663--105077	79	5.3	78	78	5	390	27	19	11	41	1.86
104663--105085	156	2.7	155	78	6	440	27	19	12	41	1.86
107649--108146	165	3.0	164	84	5	639	28	10	6	54	1.59
111378--111434	20	2.8	20	89	0	78	36	12	15	35	1.85
112287--113066	28	27.1	28	82	4	824	24	16	29	29	1.97
112288--113066	114	6.8	113	84	5	917	24	16	29	29	1.97
112287--113066	86	9.0	86	81	7	829	24	16	29	29	1.97
114270--114341	15	4.9	14	76	17	58	6	1	9	81	0.92
114267--114342	10	7.7	10	76	7	66	6	1	10	81	0.92
114300--114340	9	4.3	9	87	6	55	4	0	9	85	0.73
114265--114339	19	4.1	18	79	5	69	6	1	10	81	0.93
121773--121827	23	2.4	23	100	0	110	45	9	21	23	1.80

Tables:   1

The End!