genome.fa.s1006.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1006
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  154985

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
969--1013	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
4926--4951	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7484--7509	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18053--18110	19	3.0	20	80	14	61	72	12	5	10	1.26
19730--19889	66	2.4	66	75	6	171	16	23	15	45	1.85
19926--20098	66	2.6	66	79	1	177	17	28	14	39	1.89
20790--21130	168	2.0	168	88	1	497	25	12	9	53	1.67
20994--21276	142	2.0	143	79	6	306	28	11	9	50	1.69
21497--21531	16	2.1	17	89	5	54	20	0	2	77	0.90
21825--21874	9	5.8	9	83	4	50	82	0	18	0	0.68
21823--21874	13	4.5	11	80	19	61	80	0	19	0	0.71
21825--21873	25	2.0	25	88	8	73	81	0	18	0	0.69
21829--21874	21	2.2	21	84	7	58	80	0	19	0	0.71
22991--23347	138	2.6	138	87	1	493	31	11	16	41	1.84
23629--24032	153	2.6	152	80	4	427	24	15	21	39	1.91
25185--25361	65	2.7	66	78	8	200	15	22	17	45	1.85
25185--25370	66	2.8	66	78	8	200	14	23	16	45	1.84
27552--27612	28	2.1	29	87	3	88	36	3	13	47	1.59
28323--28399	20	3.8	20	81	6	84	32	16	10	40	1.83
38631--38694	15	3.9	16	75	15	51	81	12	3	3	0.93
39914--40418	32	16.8	31	82	7	410	29	28	19	22	1.98
39941--40420	64	8.0	63	83	8	452	30	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40485--40615	49	2.7	49	92	0	217	21	30	18	29	1.97
41153--41218	20	3.3	20	75	8	80	28	15	13	42	1.85
41236--41398	20	7.6	20	70	16	112	30	16	11	41	1.84
41158--41442	91	3.1	91	90	1	464	28	16	11	43	1.82
46749--46836	18	4.6	19	72	18	67	45	1	43	10	1.45
53838--53900	19	3.3	18	85	12	90	34	14	17	33	1.90
53839--53894	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
53939--53991	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
53923--53991	33	2.1	33	86	5	95	33	13	17	36	1.88
59629--59866	133	1.8	132	84	9	333	35	10	26	27	1.89
62371--62500	52	2.5	51	82	5	143	46	10	13	30	1.76
62405--62508	52	2.0	52	88	3	156	45	12	13	28	1.80
65384--65437	23	2.5	21	80	13	65	24	20	14	40	1.90
66600--66647	25	1.9	25	100	0	96	35	16	29	18	1.93
67705--67897	86	2.2	85	87	4	262	30	23	14	31	1.94
67912--68056	65	2.2	65	80	4	168	34	20	7	37	1.81
68111--68174	28	2.4	28	79	7	71	29	39	10	20	1.87
68120--68173	28	2.0	27	85	3	72	27	38	12	20	1.89
70674--70699	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
77360--77434	1	75.0	1	72	0	60	86	12	1	0	0.63
77362--77434	31	2.3	31	90	4	110	86	12	1	0	0.64
77360--77434	12	6.6	12	77	11	70	86	12	1	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77674--77705	17	1.9	17	93	6	57	84	9	6	0	0.78
78666--78838	62	2.8	63	86	6	237	23	31	17	26	1.97
78666--78844	31	5.8	30	85	7	207	22	31	17	27	1.96
78818--79354	33	15.9	34	75	13	457	20	34	12	33	1.90
78815--79354	70	7.5	70	81	12	635	20	34	12	33	1.90
79024--79312	158	1.8	157	92	0	488	20	33	12	32	1.91
78937--79370	228	1.9	226	84	6	590	20	34	12	32	1.90
79184--79357	34	5.1	33	85	10	233	19	33	12	34	1.89
79354--79451	32	3.1	31	91	5	160	27	37	18	16	1.92
79186--79402	105	2.1	102	84	8	271	22	35	12	29	1.91
79359--79451	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
79456--79738	49	5.7	49	87	3	395	24	25	17	32	1.97
79456--79738	101	2.8	101	95	1	491	24	25	17	32	1.97
79603--79806	98	2.1	93	80	10	212	24	24	16	34	1.95
80620--80686	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
80640--80664	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80729--80753	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
80762--80886	52	2.4	52	94	2	216	34	18	17	29	1.94
85747--85800	28	1.9	28	88	0	81	24	16	35	24	1.95
87972--88040	20	3.7	20	75	18	67	43	8	13	34	1.74
89693--89731	21	1.9	20	89	5	60	35	15	10	38	1.81
89852--89917	33	2.0	33	84	0	87	28	16	12	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91056--91389	172	1.9	172	98	0	650	29	18	16	35	1.92
97086--97125	17	2.3	18	84	16	57	75	22	2	0	0.93
97448--97492	12	3.6	12	85	14	56	88	8	0	2	0.58
97448--97491	11	3.9	11	87	3	61	88	9	0	2	0.59
98447--99360	34	28.9	33	77	14	687	21	31	12	34	1.91
98478--99044	61	8.9	61	83	9	620	20	31	13	34	1.91
98479--99299	95	8.6	93	80	12	698	20	31	12	34	1.91
98723--99319	33	19.0	27	74	18	165	20	30	12	35	1.91
99233--99321	27	3.1	27	83	9	106	21	28	13	37	1.91
99333--99457	29	4.3	30	82	9	143	32	32	16	17	1.93
99333--99457	57	2.2	58	85	5	164	32	32	16	17	1.93
99484--100808	87	15.1	87	86	5	1331	28	26	18	27	1.98
99653--100609	309	3.1	309	90	2	1437	28	25	18	27	1.98
99474--100693	396	3.1	396	95	0	2127	28	25	18	27	1.98
104054--104078	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
104121--104236	19	6.7	19	76	22	130	36	18	12	33	1.87
104140--104164	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
104119--104183	32	2.0	32	96	0	121	36	16	12	33	1.87
104121--104237	51	2.3	52	95	1	218	36	17	11	33	1.87
104172--104235	32	2.0	33	96	3	121	34	18	12	34	1.89
104191--104215	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
105059--105199	52	2.7	54	87	4	191	34	19	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105162--105569	43	8.9	43	78	12	413	30	18	25	25	1.98
105110--105560	92	4.9	92	93	0	722	31	18	25	25	1.98
105567--105695	32	4.0	33	89	4	208	17	17	35	29	1.93
105742--106087	31	10.7	31	73	14	263	30	13	35	21	1.91
105710--106051	61	5.2	62	78	11	284	31	13	34	20	1.91
105710--106092	131	3.0	130	80	11	373	31	13	34	20	1.91
105742--106094	100	3.6	100	84	6	431	30	12	35	20	1.91
107039--107095	13	4.4	13	78	8	53	0	3	10	85	0.70
107039--107095	15	3.4	16	81	11	62	0	3	10	85	0.70
107040--107096	11	5.0	11	81	12	62	0	3	12	84	0.75
107042--107096	16	3.4	16	82	7	67	0	3	12	83	0.77
114333--114357	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
114400--114497	19	5.8	18	69	28	81	37	16	12	33	1.86
114419--114475	13	3.9	13	72	24	51	35	15	14	35	1.88
114398--114495	32	3.0	32	93	1	169	36	16	12	34	1.86
117106--117130	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
119207--119232	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
119293--119365	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
119271--119365	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
119903--120136	116	2.0	116	100	0	468	31	26	5	35	1.81
120127--120165	17	2.3	17	95	0	69	38	17	0	43	1.50
121941--121979	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124058--124088	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
127418--127443	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127504--127576	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
127482--127576	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
129935--130001	33	2.0	33	88	11	102	34	17	11	35	1.87
129963--130000	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
129955--129980	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
130031--130057	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
130606--130719	40	2.8	40	94	0	201	34	29	0	35	1.64
130632--130702	21	3.5	21	68	14	67	30	30	0	38	1.58

Tables:   1   2