genome.fa.s102.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold102
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  331322

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3551--3657	52	2.1	52	92	0	178	32	16	15	34	1.91
3684--3708	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
3773--3797	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3752--3817	32	2.0	33	88	2	98	39	15	12	33	1.84
8885--8918	17	2.0	17	100	0	68	82	0	5	11	0.83
8928--8984	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
9040--9107	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
9061--9085	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
9042--9104	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
9147--9172	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
9127--9193	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
11535--11816	102	2.8	102	84	6	365	29	25	12	32	1.92
11535--11822	153	1.9	153	82	5	359	28	26	12	32	1.92
11536--11822	51	5.6	50	83	4	308	28	26	12	32	1.92
24403--24471	8	8.8	8	80	10	54	86	4	8	0	0.68
24403--24471	15	4.2	16	82	12	63	86	4	8	0	0.68
24403--24455	17	3.1	17	84	13	72	90	5	3	0	0.54
24403--24455	18	3.0	18	83	5	72	90	5	3	0	0.54
24403--24455	1	53.0	1	80	0	61	90	5	3	0	0.54
25437--26168	55	13.3	55	91	4	1083	28	29	20	21	1.98
26764--26796	1	33.0	1	93	0	57	96	0	0	3	0.20
26764--26797	17	2.0	17	100	0	68	94	0	0	5	0.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26801--26857	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
26913--26980	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
26934--26958	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
26915--26977	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
27020--27045	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27000--27066	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
29408--29689	102	2.8	102	84	6	365	29	25	12	32	1.92
29408--29695	153	1.9	153	82	5	359	28	26	12	32	1.92
29409--29695	51	5.6	50	83	4	308	28	26	12	32	1.92
30994--31304	164	1.9	165	86	5	452	29	10	7	52	1.64
31058--31392	162	2.0	164	82	9	409	30	12	7	48	1.69
33785--33822	3	12.7	3	100	0	76	34	0	34	31	1.58
33771--33819	12	4.1	12	91	0	62	42	0	30	26	1.55
40805--40855	19	2.6	19	81	3	57	27	13	15	43	1.85
40824--40875	19	2.7	19	78	3	50	34	19	9	36	1.84
43221--43283	28	2.2	28	77	5	74	25	25	14	34	1.94
43256--43511	79	3.2	79	82	7	340	26	23	14	35	1.93
43317--43667	186	1.9	186	84	3	474	26	22	14	36	1.92
43414--43618	107	1.9	107	86	4	288	26	20	14	39	1.90
43610--43721	51	2.2	51	86	0	161	28	23	11	36	1.90
43532--43775	130	1.9	130	81	5	296	29	22	10	37	1.88
45523--45582	19	3.0	20	79	9	70	40	13	16	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53211--53295	31	2.8	30	84	10	118	24	27	16	31	1.96
53212--53316	30	3.5	29	81	12	122	20	27	17	34	1.95
53348--53711	62	5.9	62	87	1	498	23	23	20	33	1.97
53349--53711	61	5.9	61	87	2	485	23	23	20	33	1.97
53322--53711	123	3.2	122	85	3	521	24	23	19	33	1.97
53719--53938	42	5.4	42	73	12	145	18	27	11	43	1.84
53787--53860	36	2.1	36	82	14	91	17	24	9	48	1.76
55013--55039	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
55072--55124	20	2.5	22	82	11	67	26	16	16	39	1.91
55112--55136	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
55769--55815	24	2.0	24	100	0	94	38	17	0	44	1.48
57443--57483	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
57615--57654	13	3.1	13	92	0	71	32	20	15	32	1.93
57808--57837	8	3.8	8	100	0	60	60	26	0	13	1.34
63775--63800	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
63753--63816	33	2.0	32	87	3	92	28	12	21	37	1.90
64644--64698	20	2.7	20	94	2	92	45	10	14	29	1.79
66389--66766	79	4.9	78	79	6	376	25	24	14	35	1.94
66652--66882	106	2.2	105	85	3	295	24	25	16	32	1.96
66389--66780	153	2.5	154	75	8	361	26	24	14	35	1.93
66735--66795	28	2.2	28	90	0	95	21	32	19	26	1.97
66759--66933	78	2.2	78	81	5	210	27	26	11	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66866--66979	51	2.2	51	85	0	156	31	26	7	35	1.83
67983--68134	32	4.7	33	89	2	220	19	20	31	28	1.97
68289--68529	65	3.7	64	69	21	187	33	13	29	24	1.93
68219--68492	130	2.1	130	90	0	431	30	13	29	26	1.94
68297--68529	97	2.4	94	75	12	229	33	13	28	24	1.93
68387--68475	31	2.8	32	79	6	92	33	12	31	22	1.91
68733--68834	52	2.0	52	84	3	134	36	16	23	23	1.94
89487--89542	20	2.7	21	83	10	71	28	21	12	37	1.90
90412--90465	20	2.7	21	85	8	76	35	18	12	33	1.89
154569--154640	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
154554--154906	108	3.3	108	72	15	336	29	14	28	27	1.95
154629--154964	52	6.4	52	69	16	201	31	12	25	30	1.93
154785--154854	27	2.6	27	86	4	88	22	21	31	24	1.98
154843--154961	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
157320--157345	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
157405--157429	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
157387--157447	31	2.0	31	93	6	106	34	16	13	36	1.87
157384--157449	18	3.9	18	77	22	81	36	15	12	36	1.84
158080--158871	54	14.4	55	87	7	1044	22	19	28	28	1.98
158080--158866	112	7.2	111	88	7	1098	21	20	28	29	1.98
158568--158710	28	5.1	27	62	12	65	22	18	30	27	1.97
159844--159897	1	54.0	1	79	0	54	0	3	7	88	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159844--159898	12	4.9	11	86	10	76	0	3	9	87	0.66
159844--159897	21	2.5	21	87	3	72	0	3	7	88	0.61
165560--165593	17	2.0	17	88	0	50	5	26	17	50	1.69
172314--172505	79	2.5	78	83	3	226	30	17	28	24	1.97
172457--172528	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
172517--172853	52	6.4	52	68	16	203	31	11	25	30	1.92
172403--172795	107	3.7	106	73	11	343	30	13	27	27	1.95
172461--172855	212	1.9	212	89	3	616	31	12	26	29	1.93
175206--175231	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
175185--175251	33	2.0	33	88	0	98	43	14	14	26	1.85
175271--175338	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
175293--175317	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
175274--175336	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
175826--176508	34	19.9	35	70	9	313	40	15	13	30	1.86
175882--176445	138	4.1	137	77	7	525	41	15	13	29	1.86
176321--176517	33	5.8	33	77	7	157	42	16	11	29	1.83
175935--176517	69	8.5	66	69	10	262	41	15	13	29	1.85
178495--178534	15	2.6	16	84	8	55	15	10	0	75	1.05
189370--189423	20	2.7	19	83	13	65	42	16	12	27	1.85
189510--189577	33	2.1	32	88	2	100	32	19	14	33	1.92
195714--195777	13	4.9	13	94	0	110	31	15	18	34	1.93
195714--195777	26	2.5	26	100	0	128	31	15	18	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198186--198241	20	2.8	21	81	10	64	42	14	12	30	1.82
198231--198255	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
198243--198295	20	2.5	22	82	11	67	39	16	16	26	1.91
198329--198377	20	2.5	20	83	3	64	40	20	10	28	1.85
198329--198373	19	2.3	19	84	3	54	40	22	8	28	1.84
205451--205503	26	2.1	26	96	3	99	32	7	33	26	1.84
205456--205514	25	2.5	23	86	13	77	37	5	37	20	1.75
206225--206255	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
206209--206277	33	2.1	33	89	5	104	31	13	20	34	1.91
208216--208262	17	2.6	17	84	15	60	53	8	0	38	1.32

Tables:   1   2