genome.fa.s1037.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1037
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  263376

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49--90	1	42.0	1	90	0	66	0	2	95	2	0.32
36--90	12	4.6	12	86	6	67	1	3	90	3	0.58
697--829	51	2.5	53	87	4	180	30	14	18	36	1.90
697--846	51	2.8	52	83	7	153	32	14	18	36	1.90
835--862	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1779--2027	67	3.9	67	77	12	297	39	12	24	23	1.89
1788--2081	122	2.4	122	95	0	518	38	13	24	23	1.91
1858--2130	55	4.8	55	76	11	237	36	14	24	24	1.93
2040--2555	49	10.7	49	85	5	671	29	17	26	26	1.97
1982--2555	98	5.9	98	85	6	697	30	16	26	26	1.97
2040--2555	147	3.6	144	89	4	749	29	17	26	26	1.97
2548--2666	33	3.7	33	88	8	176	18	18	36	26	1.94
2642--3321	95	7.1	95	78	15	667	31	13	34	20	1.91
2816--3321	61	8.0	59	80	13	430	31	13	34	20	1.91
2749--3321	27	17.8	33	79	14	487	31	13	34	20	1.91
2642--3353	122	5.6	126	76	16	580	31	13	34	20	1.91
3097--3292	96	2.0	96	84	7	256	32	12	34	20	1.90
2642--3452	95	8.5	96	78	13	591	31	13	33	21	1.92
3293--3452	32	5.1	29	79	12	149	31	15	30	22	1.95
3302--3447	62	2.3	63	87	3	206	28	17	30	24	1.97
3296--3457	31	5.2	30	81	9	173	30	15	30	22	1.95
4381--4453	1	73.0	1	75	0	56	0	8	5	86	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4374--4453	12	6.4	12	75	21	67	0	8	6	85	0.76
4374--4453	27	3.1	26	82	12	94	0	8	6	85	0.76
4393--4453	30	2.1	29	88	8	90	0	6	6	86	0.69
4373--4451	39	2.0	40	87	7	117	0	8	7	83	0.81
11595--11719	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
11595--11739	52	2.8	52	89	4	204	30	17	17	34	1.93
11725--11786	13	5.2	13	75	25	73	37	14	16	32	1.89
11726--11807	34	2.4	34	100	0	164	36	12	17	34	1.87
17778--17958	63	2.8	64	85	4	249	19	45	20	13	1.84
17781--17958	64	2.8	63	85	4	232	19	46	20	14	1.84
19142--20711	402	3.9	405	85	2	2000	14	27	34	23	1.94
27777--27955	63	2.8	63	89	0	259	19	44	21	15	1.87
29203--30215	404	2.5	403	84	2	1282	14	27	34	23	1.93
34739--34793	13	3.8	13	75	25	56	36	14	16	32	1.89
34715--34813	19	5.8	18	69	27	83	33	13	16	37	1.87
34717--34812	32	3.0	32	95	1	165	34	13	16	35	1.88
43119--43350	33	7.3	33	70	8	203	22	28	15	32	1.95
43095--43382	63	4.6	63	96	0	506	22	30	15	31	1.95
43138--43365	30	7.3	30	70	8	177	24	29	15	31	1.95
43350--43579	34	6.9	34	78	11	217	20	35	12	32	1.89
43095--43549	63	7.1	64	86	8	414	21	31	14	32	1.93
43120--43549	126	3.4	126	86	7	462	21	31	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43383--43448	29	2.3	29	94	0	114	21	31	12	34	1.90
43095--43446	189	1.9	190	86	4	505	22	30	15	32	1.94
43357--43579	69	3.3	67	83	9	253	20	34	12	31	1.90
43373--43579	103	2.1	97	85	9	283	19	34	12	33	1.89
43582--43884	33	9.4	33	86	8	403	28	33	17	20	1.95
43580--43884	65	4.8	65	84	9	403	28	34	17	20	1.95
43580--43877	32	9.2	33	87	5	414	28	33	17	20	1.95
43925--44288	43	8.0	43	82	10	449	25	24	18	31	1.97
43872--44341	92	5.1	92	94	2	764	24	25	17	32	1.97
44242--44392	52	2.8	53	85	3	205	25	23	15	35	1.95
44345--44471	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
45277--45333	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
45257--45354	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
45255--45352	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
45395--45419	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
53560--53720	63	2.6	63	88	0	232	19	46	18	14	1.84
54323--54461	64	2.2	62	83	8	176	23	38	21	15	1.92
54431--54624	106	1.8	108	86	6	288	18	36	25	20	1.95
55903--58499	404	6.4	404	86	2	3414	14	27	34	23	1.94
55903--58499	801	3.2	803	88	2	3681	14	27	34	23	1.94
59677--59737	25	2.4	25	97	0	113	11	34	32	21	1.89
67351--67542	63	3.0	61	71	21	162	8	44	38	8	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67964--68084	63	1.9	63	89	3	190	21	46	19	13	1.83
68779--68960	62	2.9	62	84	4	240	19	43	21	14	1.87
72003--72027	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
78424--78788	153	2.4	151	77	6	375	37	20	16	25	1.93
78876--79051	29	6.1	28	73	9	113	34	24	7	33	1.83
81900--82015	34	3.5	35	71	16	102	37	16	26	19	1.93
81897--82064	66	2.5	66	84	0	210	41	16	23	18	1.89
82007--82170	78	2.1	78	85	1	222	41	15	25	17	1.89
82141--82380	66	3.6	66	80	3	275	42	17	23	16	1.88
82141--82380	133	1.8	133	84	1	329	42	17	23	16	1.88
82274--82600	111	2.9	110	83	2	404	42	18	21	17	1.89
89409--89560	69	2.2	69	88	4	218	42	13	17	27	1.86
95292--95402	53	2.1	54	86	6	165	42	10	17	29	1.83
95375--95432	20	2.7	22	81	5	75	37	6	22	32	1.81
101332--101512	29	6.3	29	75	11	156	36	24	4	34	1.76
101330--101498	86	2.0	85	82	10	209	36	24	4	34	1.75
106820--106853	16	2.1	16	89	10	52	73	2	5	17	1.16
107673--107738	29	2.3	29	91	0	96	31	30	3	34	1.73
109607--109648	22	2.0	21	86	13	61	47	0	9	42	1.36
110957--111268	111	2.8	111	78	2	288	41	16	23	18	1.90
112285--112315	6	5.3	6	92	7	55	0	0	12	87	0.55
125014--125138	42	2.9	42	86	3	169	8	44	2	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125534--125584	21	2.4	21	96	0	93	49	31	7	11	1.68
127252--127489	119	2.0	119	100	0	476	29	27	21	21	1.98
129559--129633	20	3.8	20	76	0	69	44	12	10	33	1.76
130422--130485	32	2.0	33	93	3	112	26	18	26	28	1.98
130475--131257	28	27.8	27	84	5	828	23	17	28	29	1.97
130475--131285	56	14.4	56	84	4	911	24	17	28	29	1.97
131044--131381	27	12.1	27	82	5	159	26	15	30	27	1.96
131861--131915	20	2.8	20	82	0	74	32	10	14	41	1.81
148265--148340	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
148264--148349	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
148255--148373	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
155241--155348	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
155244--155362	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
155277--155352	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
163495--163602	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
163498--163616	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
163531--163606	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
165839--165921	1	83.0	1	73	0	58	85	10	2	1	0.75
165838--165921	19	4.3	19	79	13	91	84	11	2	1	0.78
165842--165920	23	3.5	23	77	18	94	84	11	2	1	0.77
165839--165921	31	2.7	31	85	7	107	85	10	2	1	0.75
165839--165919	43	1.9	42	87	7	119	85	11	2	1	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167131--167589	28	16.0	28	83	8	523	28	30	17	23	1.97
167130--167593	57	8.1	57	85	6	532	28	29	17	24	1.97
167131--167589	85	5.3	85	86	6	604	28	30	17	23	1.97
167689--167823	49	2.8	49	91	0	225	20	29	18	31	1.96
168490--168601	20	5.6	19	81	9	125	30	16	12	41	1.85
168490--168601	41	2.8	40	86	6	145	30	16	12	41	1.85
178390--178888	27	18.3	27	82	2	552	29	14	30	25	1.95
178390--178888	82	6.1	81	82	3	599	29	14	30	25	1.95
178856--178926	34	2.1	35	89	2	108	39	9	28	22	1.86
179959--180003	10	4.7	10	81	10	58	0	11	2	86	0.65

Tables:   1   2