genome.fa.s1041.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1041
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1020100

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--5455	7	787.3	7	79	14	4119	44	45	1	8	1.43
89--123	18	2.0	17	88	5	52	54	34	0	11	1.37
204--4400	22	177.6	23	69	23	447	44	43	1	10	1.48
458--522	10	6.0	10	78	16	60	53	36	0	9	1.33
1744--1772	10	2.9	10	100	0	58	58	31	0	10	1.31
3077--3125	11	4.1	11	82	12	53	46	42	0	10	1.37
5404--5463	21	2.9	21	90	2	86	45	31	0	23	1.53
5577--5642	35	1.9	34	84	3	87	16	4	40	37	1.69
5645--5694	7	7.0	7	79	4	55	2	2	62	34	1.18
5632--5692	22	2.7	23	82	7	81	4	1	59	34	1.29
5702--5751	21	2.4	21	86	3	66	18	2	40	40	1.62
5646--5887	14	17.3	14	67	11	59	10	2	49	38	1.50
5712--5752	21	2.0	21	95	0	73	14	2	43	39	1.59
5756--5933	7	25.1	7	71	7	92	8	2	49	39	1.46
5832--5931	22	4.6	22	83	2	123	6	3	54	37	1.41
5860--5948	22	4.1	21	78	9	72	4	7	49	38	1.52
5990--6054	13	4.9	13	81	9	62	3	10	55	30	1.50
5999--6074	32	2.3	33	80	11	84	6	10	51	31	1.62
6044--6091	21	2.3	21	92	3	80	16	8	41	33	1.78
5991--6091	7	15.0	7	79	12	68	8	10	48	31	1.69
9660--9701	21	2.0	21	95	0	75	50	9	21	19	1.75
13578--13622	2	22.5	2	100	0	90	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17968--18004	2	19.0	2	88	5	58	0	48	0	51	1.00
19307--19331	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
24001--24096	31	3.1	31	66	16	90	21	16	13	47	1.81
24000--24119	62	1.9	62	93	0	204	21	16	14	47	1.82
24015--24117	31	3.3	31	67	5	82	22	16	13	47	1.81
27987--28079	30	3.1	30	88	0	132	30	11	23	34	1.91
30167--30210	21	2.0	22	91	4	72	34	13	11	40	1.81
30174--30225	21	2.6	21	84	6	72	30	11	15	42	1.82
30267--30292	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
32662--32765	52	2.0	53	86	7	149	31	21	8	38	1.84
32828--32999	51	3.4	50	83	4	209	27	27	12	31	1.93
32930--33104	79	2.2	79	85	7	230	26	28	16	29	1.96
33062--33137	28	2.7	28	100	0	152	25	32	18	23	1.97
35679--35713	2	17.5	2	93	0	61	0	2	48	48	1.16
35813--35840	6	4.7	6	100	0	56	50	35	0	14	1.43
36242--36276	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
36344--36369	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
47907--47933	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
53598--53672	20	3.8	20	80	3	80	41	12	12	34	1.79
53595--53672	40	2.0	39	87	2	111	41	12	11	34	1.80
54399--54448	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
54473--54514	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54501--54526	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
55620--55653	14	2.4	14	100	0	68	20	5	8	64	1.43
57014--57185	51	3.4	51	83	5	195	29	25	12	32	1.92
57052--57184	52	2.6	51	84	3	169	30	27	9	32	1.89
64564--64589	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
66484--66526	18	2.4	18	100	0	86	51	13	0	34	1.42
66470--66514	2	22.5	2	90	0	54	53	6	0	40	1.27
67335--67378	2	21.5	2	90	4	70	47	2	2	47	1.27
81055--81133	22	3.5	22	71	11	61	50	0	0	49	1.00
81575--81626	15	3.4	15	78	2	50	28	1	1	67	1.12
83230--83269	21	1.9	21	94	0	71	27	20	12	40	1.88
83449--83514	22	3.0	22	75	18	66	53	4	1	40	1.31
83587--83660	13	4.9	14	75	21	62	43	1	0	55	1.08
83566--83614	17	2.6	19	75	15	57	40	0	2	57	1.10
83628--83662	17	1.9	19	88	11	56	51	2	0	45	1.16
83884--83924	3	14.0	3	94	5	75	65	0	0	34	0.93
84058--84096	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
85921--85947	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
85947--85979	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
85979--86012	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
87832--87866	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
91014--91044	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95128--95155	6	4.7	6	100	0	56	17	32	17	32	1.94
98664--98689	13	2.0	13	100	0	52	69	7	7	15	1.35
103483--103512	13	2.4	13	94	5	53	66	10	6	16	1.41
104955--105010	14	4.1	14	84	15	82	58	0	0	41	0.98
104938--105005	20	3.1	21	80	19	93	60	0	0	39	0.97
104933--105012	25	3.4	25	86	13	125	58	0	0	41	0.98
104933--105022	45	2.0	45	84	0	117	60	1	0	38	1.04
113356--113403	22	2.1	23	84	3	62	31	8	18	41	1.80
118678--118714	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
133317--133351	2	18.0	2	88	5	54	48	0	0	51	1.00
134749--134783	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
136278--136320	18	2.4	18	76	3	52	55	2	9	32	1.44
136317--136390	28	2.6	29	83	14	91	58	0	0	41	0.98
136596--136636	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
139635--139780	48	3.0	48	100	0	292	45	14	15	24	1.83
147937--147961	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
148024--148184	14	11.1	14	69	15	85	26	19	11	42	1.85
148024--148184	43	3.7	42	77	13	164	26	19	11	42	1.85
148117--148202	37	2.3	37	93	0	145	29	22	8	40	1.82
148108--148166	23	2.6	23	100	0	118	28	22	8	40	1.83
148154--148202	23	2.1	23	88	0	71	26	22	8	42	1.81
148887--148957	33	2.1	34	84	7	90	52	28	18	1	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162497--163242	42	17.8	41	76	4	476	17	28	19	34	1.95
162485--163244	84	9.0	84	84	0	854	17	28	19	34	1.94
162497--163151	126	5.2	126	77	2	596	17	29	19	33	1.95
163867--163961	14	6.7	14	70	11	68	24	22	10	43	1.84
164109--164170	25	2.5	26	89	5	92	45	11	22	20	1.83
164657--164704	21	2.3	21	79	17	55	50	29	20	0	1.49
165646--166162	180	2.9	179	87	2	734	33	12	13	41	1.81
173295--173825	264	2.0	264	99	0	1044	25	21	15	37	1.92
174412--174487	33	2.3	33	93	0	134	18	5	40	35	1.73
182340--182390	2	25.5	2	91	0	84	49	1	1	47	1.24
188329--188369	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
188444--188477	12	3.0	11	87	8	50	29	2	0	67	1.05
195909--195933	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
199350--199375	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
202391--202444	22	2.5	22	84	6	56	51	7	3	37	1.48
203002--203236	50	4.7	50	91	0	380	28	18	18	34	1.95
203002--203263	100	2.6	99	87	1	371	29	17	18	33	1.94
207678--207989	50	6.2	50	87	1	446	28	19	18	33	1.96
208891--208943	16	3.3	16	86	5	72	62	13	0	24	1.31
208915--208968	16	3.3	16	78	2	54	64	3	0	31	1.11
209036--209069	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
209899--209924	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209951--209985	2	17.5	2	93	0	52	42	51	5	0	1.25
210821--210846	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
214301--214364	31	2.1	31	100	0	128	15	29	6	48	1.70
215968--216014	6	7.8	6	92	0	58	23	0	48	27	1.51
216365--216393	6	4.8	6	100	0	58	48	0	34	17	1.47
216778--216814	3	12.7	3	94	5	67	29	0	0	70	0.88
216773--216814	17	2.4	17	92	4	66	26	0	2	71	0.98
216897--216923	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
219329--219377	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
219938--219965	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4