genome.fa.s1059.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1059
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  187435

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7103--7311	101	2.0	101	89	1	319	45	4	4	44	1.46
7335--7395	30	1.9	30	83	9	77	50	6	4	37	1.50
7376--7408	17	1.9	17	93	0	57	54	0	0	45	0.99
7398--7436	11	4.0	10	81	18	55	41	0	0	58	0.98
7376--7482	16	6.1	16	68	19	54	53	0	0	46	1.00
7390--7527	69	1.9	72	85	5	192	52	0	0	46	1.05
7652--7743	17	5.2	17	64	21	55	51	1	0	47	1.07
8803--8853	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
15901--15925	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
15903--15927	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
18085--18149	28	2.4	26	77	12	69	55	0	0	44	0.99
18141--18177	18	2.0	19	89	5	58	51	2	0	45	1.15
18136--18194	18	3.4	18	73	15	54	52	1	0	45	1.10
19010--19060	25	2.0	25	84	0	66	35	0	0	64	0.94
20101--20157	20	2.7	20	78	13	60	42	1	0	56	1.10
20635--20661	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23977--24016	21	2.0	21	90	5	64	52	0	0	47	1.00
24178--24221	20	2.2	20	84	15	65	63	0	0	36	0.95
24537--24581	9	4.8	9	83	8	54	53	0	0	46	1.00
24539--24584	17	2.5	17	86	10	56	52	0	0	47	1.00
25284--25323	21	1.9	21	85	10	55	60	0	0	40	0.97
25436--25484	23	2.1	24	88	11	75	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25436--25477	5	7.8	5	85	15	57	26	0	0	73	0.83
25436--25502	10	6.2	11	77	16	77	29	0	0	70	0.88
25435--25502	26	2.5	28	80	7	86	30	0	0	69	0.89
25609--25648	20	2.0	21	85	14	57	47	2	7	42	1.45
25857--25896	20	2.1	20	86	9	57	35	2	0	62	1.09
25897--25941	24	2.0	22	83	16	56	46	2	6	44	1.42
26096--26162	20	3.0	21	72	14	55	68	0	0	31	0.90
26369--26393	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27412--27443	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
28320--28358	20	2.0	20	84	0	51	51	5	0	43	1.24
28657--28701	16	2.9	15	79	20	56	48	2	0	48	1.13
30389--30465	38	2.0	38	87	0	109	23	28	12	35	1.92
37398--37443	23	2.0	23	83	8	58	39	0	0	60	0.97
38945--38984	12	3.4	11	83	16	53	25	0	0	75	0.81
38941--38991	26	2.0	26	88	7	77	25	0	0	74	0.82
38937--38969	17	1.9	18	88	11	52	27	0	0	72	0.85
41411--41440	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
44197--44225	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
45376--45419	23	2.0	22	86	13	63	45	0	0	54	0.99
46558--46606	11	4.3	11	81	5	53	79	4	2	14	0.97
46558--46606	22	2.1	23	85	7	64	79	4	2	14	0.97
47117--47149	11	3.2	11	91	8	52	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47881--47911	11	2.9	11	95	4	55	48	0	0	51	1.00
48626--48657	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
48947--48991	14	3.0	16	75	12	51	44	0	0	55	0.99
48949--48992	22	2.0	22	86	8	63	40	0	0	59	0.98
48973--49030	30	1.9	29	86	13	82	56	1	1	39	1.19
48979--49045	31	2.2	30	81	10	73	56	1	1	40	1.17
50185--50219	18	1.9	18	88	11	54	28	5	2	62	1.32
51118--51148	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
53252--53314	30	2.1	30	96	0	117	50	15	6	26	1.68
56250--56301	14	3.4	14	80	19	68	50	0	0	50	1.00
56247--56302	18	3.3	19	70	29	63	48	0	0	51	1.00
56249--56337	32	2.7	32	80	3	97	42	0	1	56	1.06
56300--56347	23	2.1	22	88	11	71	33	0	2	64	1.05
56728--56821	18	4.9	18	70	22	52	61	0	0	38	0.96
56725--56821	38	2.5	40	79	16	114	61	0	0	38	0.96
56725--56817	12	7.3	14	71	19	71	61	0	0	38	0.96
56738--56823	27	3.3	26	70	23	65	62	0	0	37	0.95
57911--58049	68	2.0	69	94	4	246	39	4	10	45	1.59
58019--58061	2	21.0	2	90	4	68	51	0	2	46	1.13
59091--59127	17	2.1	19	85	10	51	35	5	2	56	1.36
59207--59237	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
59310--59351	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59503--59547	15	2.9	15	80	6	54	55	2	2	40	1.24
60073--60115	14	3.0	14	79	3	50	55	0	0	44	0.99
60112--60165	28	1.9	28	88	7	83	55	0	1	42	1.10
63703--63740	17	2.2	17	90	0	58	42	2	0	55	1.14
67015--67049	18	2.0	17	88	5	52	62	0	0	37	0.95
67028--67101	28	2.7	26	76	15	69	58	0	4	37	1.17
67494--67540	13	3.8	12	81	16	51	42	2	0	55	1.12
67494--67540	24	1.9	24	86	4	67	42	2	0	55	1.12
68048--68087	2	19.5	2	94	5	71	50	0	2	47	1.14
73198--73238	19	2.3	19	87	8	59	34	0	4	60	1.18
74846--74883	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
77304--77328	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
77695--77762	11	6.5	11	71	21	56	66	0	0	33	0.92
77684--77770	29	3.1	29	73	21	87	64	0	0	35	0.94
77695--77770	10	6.8	12	71	28	62	64	0	0	35	0.94
77689--77766	21	3.8	21	73	24	69	64	0	0	35	0.94
77713--77755	17	2.7	17	86	10	56	65	0	0	34	0.93
77718--77787	17	4.4	16	77	17	67	61	1	1	35	1.14
77684--77762	26	2.9	28	78	12	85	65	0	0	34	0.93
77686--77766	40	2.0	40	86	9	112	65	0	0	34	0.93
80226--80278	21	2.3	23	75	12	56	56	1	1	39	1.21
80790--80823	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81021--81065	24	1.9	23	95	4	81	44	0	0	55	0.99
81039--81096	30	1.9	31	89	3	91	41	3	0	55	1.17
81442--81483	21	1.9	23	85	9	61	50	0	0	50	1.00
83406--83432	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
85366--85411	23	2.0	22	83	4	56	45	0	0	54	0.99
85814--85859	12	4.1	12	72	16	53	63	0	0	36	0.95
85817--85858	21	2.0	21	90	0	66	66	0	0	33	0.92
85910--85948	20	2.0	20	84	0	51	38	0	2	58	1.12
86499--86539	13	3.1	13	89	3	55	51	0	0	48	1.00
86471--86540	33	2.2	31	84	5	86	50	0	1	48	1.09
87266--87306	15	2.5	17	88	7	59	46	0	4	48	1.23
89662--89717	22	2.5	22	78	21	55	46	0	0	53	1.00
90326--90368	17	2.7	15	83	16	59	46	0	0	53	1.00
90469--90534	32	2.1	32	85	2	89	27	1	1	69	1.06
90474--90534	11	5.6	11	74	18	56	27	1	1	68	1.08
90847--90889	22	2.0	22	95	0	77	13	20	39	25	1.90
91140--91175	2	18.0	2	94	0	63	47	2	0	50	1.15
91647--91696	17	2.8	17	81	9	55	50	2	4	44	1.32
91980--92023	21	2.1	21	83	8	54	36	0	0	63	0.95
91978--92048	34	2.1	34	84	7	90	42	1	0	56	1.08
93099--93148	19	2.5	20	75	12	59	34	0	4	62	1.14
93150--93194	23	2.0	23	86	0	63	40	6	4	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93416--93546	11	12.6	11	69	20	68	59	0	0	38	1.08
93439--93546	7	13.9	8	71	23	72	58	0	0	40	1.04
93428--93533	19	5.8	19	72	23	93	57	0	0	42	0.98
93434--93546	32	3.4	32	79	16	122	58	0	0	40	1.04
93470--93524	17	3.4	16	72	16	51	58	0	0	41	0.98
97333--97376	23	1.9	23	86	9	63	36	6	13	43	1.71
98454--98480	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
99545--99574	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
99614--99648	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
100783--100818	18	2.0	18	88	0	54	69	2	0	27	1.02

Tables:   1   2