genome.fa.s1077.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1077
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  143706

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2895--2920	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2905--2961	20	2.8	20	78	0	69	33	14	15	36	1.88
2772--3077	137	2.2	137	95	2	553	34	15	17	32	1.91
3032--3056	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3012--3079	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
4376--4429	20	2.7	20	85	8	65	40	11	16	31	1.84
4399--4452	21	2.6	21	82	2	65	40	11	14	33	1.82
6438--6500	22	2.9	23	90	4	87	36	12	0	50	1.41
6447--6500	22	2.5	22	96	0	99	40	12	0	46	1.42
7514--7562	19	2.5	19	86	3	62	46	16	10	26	1.78
11588--11618	15	2.1	15	93	0	53	45	19	22	12	1.84
13689--13725	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
13848--13893	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
16283--16308	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
16265--16328	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
17748--17780	9	3.8	9	92	4	50	21	0	0	78	0.75
17746--17777	11	2.8	12	86	13	50	21	0	0	78	0.76
17985--18615	110	5.7	110	80	5	603	34	17	16	31	1.92
18138--18615	225	2.2	220	83	5	579	35	17	15	31	1.91
19190--19219	11	2.7	11	89	0	51	0	33	0	66	0.92
19852--19887	17	2.1	17	100	0	72	41	5	11	41	1.64
20135--20198	28	2.3	28	81	10	69	25	23	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20236--20404	26	6.2	28	74	8	134	23	14	27	34	1.94
20251--20404	82	1.9	80	83	2	200	23	13	27	35	1.93
20197--20490	108	2.7	109	79	5	269	22	15	27	33	1.95
20391--20588	56	3.6	54	71	10	152	20	18	26	34	1.96
20335--20559	108	2.1	109	84	3	292	22	17	26	33	1.96
20510--20588	28	2.8	28	82	0	104	20	18	25	35	1.95
21883--21930	7	7.1	7	83	9	64	0	2	14	83	0.74
21883--21930	13	3.6	13	83	10	62	0	2	14	83	0.74
21883--21935	20	2.6	20	82	11	63	0	1	15	83	0.74
24454--24794	79	4.3	78	84	3	441	31	14	27	26	1.95
24751--24822	28	2.6	28	90	0	108	25	18	29	27	1.98
24670--24898	107	2.1	107	88	1	343	29	14	28	27	1.95
24454--24794	158	2.2	158	87	0	511	31	14	27	26	1.95
24593--24979	186	2.1	185	86	2	535	31	15	26	27	1.96
24777--25090	79	4.0	79	83	2	407	32	14	26	27	1.94
24779--25090	157	2.0	157	88	1	464	32	14	25	27	1.94
30244--30608	194	1.9	194	97	0	694	38	12	12	36	1.81
33950--34069	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
33950--34089	52	2.7	52	86	4	185	29	17	20	33	1.95
34166--34190	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35653--35713	13	5.2	13	72	22	62	31	16	14	37	1.89
35635--35735	33	3.1	33	88	0	148	28	16	12	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38048--38167	51	2.4	51	80	6	127	27	29	15	28	1.96
38229--38303	28	2.7	28	87	6	100	25	32	16	26	1.96
38153--38366	109	2.0	110	88	4	326	25	24	15	35	1.94
38443--38541	51	1.9	51	85	0	135	30	31	11	27	1.91
40704--40763	20	2.9	19	85	9	66	81	3	11	3	0.93
40726--40752	8	3.4	8	100	0	54	88	0	11	0	0.50
41773--42363	61	9.6	61	80	7	556	26	26	17	29	1.97
41741--42366	182	3.4	181	80	7	615	26	26	17	29	1.97
41739--42363	120	5.1	120	81	8	582	26	26	17	29	1.97
42125--42366	66	3.7	66	83	5	257	25	26	17	30	1.97
42348--42467	45	2.8	44	81	6	138	24	28	12	35	1.92
46356--46409	20	2.7	21	85	5	67	37	16	12	33	1.87
58633--58676	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
60247--60271	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
60419--60855	166	2.6	167	78	5	413	48	9	10	30	1.70
60544--60858	167	1.9	166	81	3	382	48	9	10	31	1.71
62149--62322	85	2.0	85	80	0	195	35	16	29	18	1.93
62270--62847	43	13.6	42	70	10	131	38	17	25	18	1.92
62217--62366	43	3.5	43	75	5	135	35	14	31	18	1.91
62203--62384	85	2.1	85	78	4	197	32	17	29	20	1.95
62479--62563	43	2.0	43	93	4	145	35	18	28	17	1.94
62481--62577	43	2.3	43	87	3	133	37	18	27	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62596--63019	43	10.0	42	70	11	200	42	19	22	15	1.88
63076--64664	43	37.2	42	70	8	366	39	16	24	19	1.92
63190--63510	85	3.7	86	78	6	267	41	17	23	17	1.90
63665--63939	128	2.1	129	80	5	308	42	16	22	18	1.89
64405--64518	42	2.6	44	76	6	115	36	20	25	17	1.94
64424--64648	84	2.6	85	74	9	197	39	18	24	17	1.92
64431--64783	85	4.2	86	72	11	253	41	18	22	16	1.90
64792--65361	42	13.4	42	71	10	266	41	15	23	19	1.89
64877--65361	43	11.4	42	71	11	258	41	15	23	19	1.89
64860--65361	85	5.9	86	76	10	367	41	14	24	19	1.90
64999--65361	170	2.1	170	82	7	432	41	15	23	19	1.89
65555--65822	85	3.1	85	74	7	249	39	14	25	20	1.90
65555--65822	43	6.3	42	71	7	146	39	14	25	20	1.90
65681--65869	85	2.2	84	77	7	193	39	14	25	20	1.91
65971--66052	43	1.9	42	90	2	128	41	15	24	18	1.89
65973--66118	42	3.4	42	82	5	152	41	10	26	21	1.86
68571--68595	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
71611--71907	92	3.3	91	82	4	296	28	27	16	27	1.97
71670--71907	92	2.6	92	87	2	336	28	29	15	26	1.96
76526--76553	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
77219--77248	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
77480--77538	29	1.9	32	83	10	79	27	8	11	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77570--77618	16	3.2	15	78	21	57	59	0	0	40	0.98
78826--78868	20	2.2	19	83	4	50	60	2	0	37	1.10
81274--81330	20	2.8	20	94	0	96	31	17	8	42	1.80
88396--88438	15	2.7	16	82	17	54	76	9	9	4	1.14
89719--90932	28	41.1	28	79	10	946	28	29	16	24	1.97
89707--89824	55	2.1	56	87	1	175	27	30	12	29	1.93
89773--90998	60	20.7	58	78	9	997	29	29	16	24	1.97
89906--90998	181	6.1	180	88	2	1429	29	29	17	24	1.97
89773--91002	30	41.4	28	77	11	826	28	29	16	24	1.97
91843--91917	20	3.8	20	81	0	96	32	14	12	41	1.83
99040--99172	51	2.6	51	80	7	153	40	14	15	30	1.86
99138--99192	20	2.8	20	85	0	74	40	12	12	34	1.82
99091--99521	72	5.9	70	84	10	542	41	12	16	29	1.85
99285--99335	20	2.5	20	90	0	75	39	15	11	33	1.84
99091--99514	143	2.9	143	91	4	634	41	12	16	29	1.85
99428--99490	32	2.0	32	90	0	99	38	11	17	33	1.85
99476--99535	31	1.9	32	96	3	113	45	11	20	23	1.83
99512--99555	23	2.0	22	90	4	70	43	13	20	22	1.87
100438--100487	12	4.2	12	75	12	50	50	0	0	50	1.00
100436--100487	18	2.9	18	75	13	63	48	0	0	51	1.00
101237--101282	24	2.0	23	84	16	60	54	0	0	45	0.99
101252--101325	23	3.2	22	73	9	67	52	2	0	44	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101304--101336	18	1.9	17	88	11	50	42	6	0	51	1.26
102466--102491	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
102446--102509	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
103189--103232	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
104377--104401	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
107859--107884	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
107839--107902	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
110606--110671	34	1.9	34	84	0	87	27	25	16	30	1.97
110599--110790	32	5.9	33	77	8	135	30	25	16	27	1.97
110674--110769	31	3.1	31	81	11	108	33	27	15	23	1.95

Tables:   1   2