genome.fa.s1093.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1093
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  216631

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4419--4491	11	6.5	11	87	7	103	86	9	2	1	0.73
4418--4481	1	64.0	1	77	0	65	89	9	1	0	0.56
5708--6677	28	33.9	27	83	9	992	26	31	19	22	1.97
5709--6677	201	4.8	198	86	6	1165	26	31	19	22	1.97
7334--7387	20	2.7	19	75	8	63	33	12	14	38	1.85
13088--13158	24	2.9	23	83	12	72	71	9	11	7	1.30
13094--13158	23	2.6	24	85	9	78	72	10	10	6	1.28
13135--13180	21	2.2	21	84	7	58	73	6	13	6	1.22
14488--14998	55	9.3	55	87	3	663	25	31	14	28	1.95
14456--14998	28	19.6	28	86	4	690	25	31	14	29	1.95
14488--14998	82	6.2	82	89	1	702	25	31	14	28	1.95
14967--15572	28	20.5	32	80	8	385	29	29	18	22	1.98
14962--15564	117	5.1	114	77	8	525	29	29	18	22	1.97
14962--15574	145	4.2	145	84	6	668	29	29	18	22	1.97
18890--18942	19	2.8	19	100	0	106	37	18	11	32	1.87
19614--19780	52	3.1	52	80	5	174	35	14	23	26	1.93
19614--19808	52	3.7	52	80	4	158	35	13	24	26	1.93
19749--19875	67	1.9	68	85	1	175	38	11	25	25	1.88
19939--20107	49	3.5	48	80	12	200	30	20	25	24	1.99
20141--20383	28	8.5	28	87	4	342	17	16	33	31	1.93
20141--20379	58	4.2	56	89	3	352	17	17	33	32	1.93
20145--20379	86	2.7	86	94	0	409	17	17	33	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20507--20623	53	2.2	53	98	0	225	42	16	18	22	1.89
20491--20634	53	2.7	53	89	4	193	40	16	20	22	1.91
21845--21955	1	111.0	1	72	0	78	0	1	11	85	0.72
21830--21953	22	5.8	21	79	14	112	0	1	13	83	0.76
21830--21949	42	2.8	43	82	10	131	0	1	14	83	0.77
21830--21957	43	3.0	41	82	13	145	0	1	14	83	0.76
35801--35876	32	2.4	32	97	0	143	26	21	22	30	1.99
35917--35983	19	3.9	18	76	23	81	37	16	11	34	1.85
35938--35962	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35919--35981	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
36302--36408	48	2.3	46	79	9	110	20	28	18	31	1.96
36784--36858	20	3.8	20	78	0	87	34	13	10	41	1.79
36784--36861	40	2.0	39	87	2	111	34	12	11	41	1.80
40098--40130	17	1.9	17	93	0	57	51	0	0	48	1.00
40097--40137	17	2.6	15	82	14	55	51	0	0	48	1.00
44638--44662	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44702--44771	33	2.1	33	86	0	95	40	12	11	35	1.80
44740--44792	20	2.7	20	96	0	97	35	13	11	39	1.80
49145--49193	2	24.5	2	87	0	71	51	6	0	42	1.27
54178--54208	15	2.0	16	93	6	55	41	0	6	51	1.27
54300--54335	16	2.2	16	95	0	63	33	5	8	52	1.55
55020--55081	22	2.8	22	76	13	65	66	1	0	32	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55510--55570	32	2.0	32	83	6	81	21	4	11	62	1.47
56969--57014	24	1.9	25	91	8	78	45	21	8	23	1.80
57000--57068	27	2.5	28	79	9	79	46	17	10	26	1.79
57056--57113	26	2.3	25	91	5	91	25	15	25	32	1.95
61556--61601	24	1.9	25	91	8	78	45	21	8	23	1.80
61643--61700	26	2.3	25	91	5	91	25	15	25	32	1.95
62209--62251	17	2.7	16	79	10	52	53	2	0	44	1.13
65115--65165	11	4.6	11	80	9	50	41	9	3	45	1.56
69183--69211	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
73338--73379	22	1.9	22	85	9	59	40	2	0	57	1.12
73964--73999	18	1.9	19	88	5	56	52	11	0	36	1.37
75292--75335	19	2.3	19	84	11	54	43	0	0	56	0.99
75291--75337	15	3.1	15	79	8	51	40	0	0	59	0.97
76191--76250	20	3.2	20	77	17	65	43	3	1	51	1.28
76411--76464	19	2.8	20	73	15	53	44	1	0	53	1.11
76455--76500	22	2.1	22	84	8	58	36	2	0	60	1.09
76911--76955	7	6.7	7	85	10	67	46	2	0	51	1.13
77443--77497	16	3.4	17	78	16	71	41	0	0	58	0.98
77779--77812	15	2.2	16	94	5	61	76	0	0	23	0.79
78095--78139	10	4.5	10	83	8	56	28	0	0	71	0.87
78097--78140	19	2.3	18	88	7	61	29	0	0	70	0.88
78097--78145	9	5.3	9	80	9	55	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78672--78711	20	2.0	20	85	9	55	42	5	2	50	1.37
78704--78753	14	3.4	15	78	10	50	50	0	0	50	1.00
78723--78771	25	1.9	26	84	12	66	48	0	4	46	1.20
80584--80649	22	3.1	22	74	23	61	51	0	0	48	1.00
81194--81248	14	3.8	15	76	13	62	43	0	0	56	0.99
81357--81403	19	2.3	21	82	10	62	40	0	0	59	0.97
82490--82539	22	2.3	21	80	16	57	20	2	2	76	0.99
83751--83777	14	1.9	14	100	0	54	14	7	0	77	0.97
84105--84135	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
85010--85109	29	3.5	28	75	11	78	51	4	1	44	1.27
86787--86854	29	2.4	28	79	16	70	36	2	4	55	1.35
88564--88624	17	3.4	18	72	14	54	52	0	0	47	1.00
90923--91289	184	2.0	183	83	4	461	31	17	13	37	1.89
93306--93361	19	2.9	20	84	10	64	35	0	1	62	1.06
93306--93361	18	3.0	18	84	10	60	35	0	1	62	1.06
93326--93369	20	2.2	20	88	8	63	45	0	2	52	1.13
93765--93803	18	2.2	17	90	4	60	10	5	0	84	0.76
99147--99195	22	2.2	23	85	3	64	44	2	2	51	1.24
99639--99676	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
100050--100189	75	1.9	75	82	5	178	44	6	10	39	1.64
101087--101423	105	3.2	104	81	3	356	26	28	17	26	1.98
101200--101463	105	2.5	105	79	7	243	29	29	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101519--101556	6	6.3	6	96	0	58	23	50	0	26	1.50
102884--102940	22	2.6	22	83	10	64	56	7	7	29	1.53
102968--103197	78	2.9	78	90	2	365	35	10	7	46	1.65
103183--103246	27	2.5	24	80	11	83	39	3	0	57	1.14
103186--103241	15	3.9	15	73	20	57	42	3	0	53	1.18
103958--103984	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
104608--104648	21	2.0	21	85	0	55	46	0	0	53	1.00
109050--109096	25	2.0	24	84	12	62	44	0	0	55	0.99
109505--109529	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
112357--112410	28	2.0	27	82	10	65	46	0	1	51	1.11
113005--113034	15	2.0	15	93	0	51	70	6	10	13	1.34
114423--114492	36	1.9	37	91	2	115	42	1	1	54	1.18
115023--115096	36	2.1	36	87	2	105	63	2	2	31	1.22
115196--115240	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
115610--115643	14	2.3	15	90	5	52	2	17	0	79	0.86
115983--116415	178	2.4	179	83	6	531	27	12	20	39	1.88
119009--119050	22	2.0	21	85	4	57	57	0	0	42	0.99
119238--119265	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
119239--119296	9	6.7	9	92	7	54	27	0	0	72	0.85
119239--119296	12	4.8	12	89	10	59	27	0	0	72	0.85
119260--119301	3	14.3	3	95	5	77	30	0	0	69	0.89
120913--120970	28	2.1	29	90	6	93	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120914--120971	16	3.9	15	70	21	50	51	0	0	48	1.00
120994--121028	16	2.2	16	94	0	61	65	11	0	22	1.24
128066--128155	16	5.5	16	77	7	74	40	0	1	58	1.05
128090--128151	15	4.0	15	77	6	52	40	0	1	58	1.08
128090--128151	31	2.0	31	83	0	79	40	0	1	58	1.08
128116--128219	38	2.8	38	77	10	106	43	2	2	50	1.31
128323--128367	21	2.1	22	87	4	65	26	11	15	46	1.79
128926--128969	18	2.5	17	78	10	52	38	4	2	54	1.33
135383--135419	2	18.5	2	88	0	56	0	43	2	54	1.14
135419--135453	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26

Tables:   1   2