genome.fa.s1098.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1098
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  88488

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7582--7784	62	3.2	60	75	19	182	8	44	37	8	1.66
7695--7881	102	1.8	102	91	4	315	10	40	40	8	1.69
8220--8341	64	1.9	64	91	0	199	18	45	22	13	1.83
8401--8595	63	3.1	62	72	11	200	9	45	40	4	1.56
8502--8690	103	1.9	101	89	2	297	10	41	42	4	1.60
9700--10981	402	3.2	403	92	2	2056	12	29	37	21	1.90
10622--11338	358	2.0	358	100	0	1434	13	30	35	21	1.91
16105--16905	418	1.9	404	85	5	1081	21	36	29	13	1.91
17619--18335	358	2.0	358	100	0	1434	21	35	30	13	1.91
17977--19257	402	3.2	403	92	2	2054	21	37	29	12	1.90
20267--20455	103	1.9	101	89	2	297	4	42	41	10	1.60
20616--20737	64	1.9	64	91	0	199	13	22	45	18	1.83
21076--21262	102	1.8	102	91	4	315	8	40	40	10	1.69
21173--21348	64	2.8	62	77	16	168	7	38	44	8	1.64
19605--21512	819	2.3	811	83	7	2339	13	34	39	12	1.83
26744--27544	418	1.9	404	85	5	1081	21	36	29	13	1.91
28258--28974	358	2.0	358	100	0	1434	21	35	30	13	1.91
28616--29896	402	3.2	403	92	2	2054	21	37	29	12	1.90
30906--31094	103	1.9	101	89	2	297	4	42	41	10	1.60
31255--31376	64	1.9	64	91	0	199	13	22	45	18	1.83
32010--32131	64	1.9	64	91	0	199	13	22	45	18	1.83
32764--32885	64	1.9	64	91	0	199	13	22	45	18	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31064--33333	753	3.0	756	96	1	4263	13	34	38	13	1.84
39271--39458	102	1.9	101	84	3	252	5	43	39	11	1.65
46211--47225	403	2.5	401	88	2	1518	22	36	27	12	1.91
48600--48647	25	2.0	24	88	12	71	2	52	8	37	1.44
49134--49360	61	3.7	62	72	14	211	11	38	40	9	1.73
49081--49361	122	2.3	123	93	0	465	11	37	40	9	1.75
49081--49360	62	4.6	60	71	12	212	11	37	40	10	1.75
50016--50135	56	2.1	56	89	0	177	10	36	40	11	1.77
50518--50677	64	2.6	59	87	7	214	20	40	23	16	1.91
50640--50833	108	1.8	107	86	4	284	19	35	26	19	1.95
54661--54708	25	2.0	24	87	4	69	2	52	8	37	1.44
55589--55771	63	2.9	63	84	0	240	18	44	22	14	1.86
62692--62718	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
62706--62855	52	2.9	50	83	5	174	33	18	17	31	1.94
71063--71363	31	9.7	31	82	10	339	24	28	17	29	1.97
71063--71363	62	4.8	64	88	5	404	24	28	17	29	1.97
71343--72002	34	19.7	34	78	8	604	20	31	12	35	1.90
71348--72002	68	9.8	67	85	6	728	20	31	12	35	1.90
71333--72002	102	6.7	101	80	8	706	20	31	12	36	1.90
72004--72333	32	10.2	33	86	6	480	28	34	17	19	1.94
72004--72340	65	5.3	63	90	3	471	29	34	17	18	1.94
72333--73283	43	20.1	49	78	12	945	24	25	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72328--73274	92	10.0	91	80	10	772	24	25	18	31	1.97
72840--73283	52	9.0	51	77	12	398	24	25	17	31	1.97
76727--76753	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
76741--76890	52	2.9	50	84	5	183	33	18	17	30	1.94
82812--82836	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
82899--82923	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82877--82943	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
83396--84305	43	18.4	50	73	18	553	32	17	25	25	1.97
83492--84034	95	5.8	95	89	3	857	31	17	25	25	1.97
84042--84109	21	3.2	21	62	25	52	26	17	29	26	1.98
84042--84274	92	2.5	92	96	0	421	30	18	25	25	1.98
84322--84584	33	8.1	32	85	9	363	19	18	34	27	1.95
84322--84584	65	4.0	65	94	2	449	19	18	34	27	1.95
84569--85116	34	16.3	34	79	7	548	33	13	32	19	1.91
84569--85208	168	3.8	166	79	9	590	33	14	31	20	1.92
84623--85054	232	1.9	229	85	4	600	33	14	33	18	1.91
84584--85090	168	3.0	167	81	9	615	34	13	32	19	1.91
84581--85429	31	26.0	31	74	11	323	32	14	31	20	1.93
85096--85434	63	5.4	63	91	2	499	29	17	29	23	1.97
85096--85434	126	2.7	126	92	2	551	29	17	29	23	1.97
86368--86411	11	4.1	11	79	5	54	0	4	6	88	0.62
86368--86411	17	2.8	16	86	6	63	0	4	6	88	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86732--86768	12	3.2	12	88	7	58	0	0	16	83	0.64
87392--87492	19	6.0	18	70	26	87	37	11	14	35	1.83
87395--87489	32	3.0	32	96	0	172	36	12	15	34	1.86
87414--87470	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
87511--87577	34	2.0	33	88	2	98	26	16	11	44	1.82

Tables:   1

The End!