genome.fa.s1101.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1101
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  279791

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11607--11660	20	2.7	20	94	0	90	31	11	11	46	1.74
11555--11690	72	1.9	72	93	0	236	28	16	17	37	1.91
11555--11717	72	2.3	72	86	2	220	30	15	17	36	1.91
11765--11831	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
11787--11811	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
15943--15995	19	2.7	20	79	2	72	30	18	15	35	1.92
19351--19375	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
19331--19396	32	2.0	33	88	2	98	34	12	13	39	1.82
19439--19463	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
19472--19592	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
26493--26518	10	2.6	10	100	0	52	92	7	0	0	0.39
27830--28300	35	13.8	35	82	10	471	20	32	11	34	1.89
27830--28320	72	7.1	69	81	11	503	20	33	11	34	1.89
28136--28189	27	2.0	27	92	0	90	22	37	14	25	1.93
27830--28296	133	3.4	130	80	11	487	20	32	11	34	1.89
28170--28320	71	2.1	70	83	7	180	20	33	11	35	1.88
28305--28374	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
28374--28939	49	11.6	49	81	6	663	25	25	17	31	1.97
28668--28896	43	5.0	43	81	10	260	25	25	18	31	1.98
28668--28940	92	2.9	92	93	2	456	25	24	17	31	1.97
28854--29408	67	9.7	55	71	16	357	24	23	14	37	1.93
28855--29419	171	3.3	171	96	0	1022	24	24	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31624--31648	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
31604--31669	32	2.0	33	88	2	98	34	12	13	39	1.82
31712--31736	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
31745--31865	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
36683--36930	98	2.5	98	82	1	293	27	25	11	35	1.91
40250--40274	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
40378--40442	2	33.5	2	76	17	57	47	6	0	46	1.27
40976--41013	15	2.5	15	86	0	58	52	7	2	36	1.45
43471--43507	17	2.1	19	90	10	60	64	0	32	2	1.07
44857--44891	11	3.2	11	88	11	54	82	0	17	0	0.66
45901--45929	15	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
49612--49858	97	2.5	97	84	0	314	28	28	11	31	1.92
50751--50824	37	1.9	39	89	5	116	27	20	21	31	1.98
53049--53277	79	2.9	78	80	6	264	35	14	23	26	1.94
53210--53536	51	6.3	51	74	10	209	32	12	25	29	1.92
53313--53381	27	2.5	27	81	6	86	24	17	31	26	1.97
59299--59447	52	2.9	52	84	2	201	30	18	16	34	1.93
60380--60602	49	4.7	49	78	10	153	32	17	25	24	1.97
60405--60584	48	4.0	43	77	14	173	31	17	25	25	1.97
60598--60705	29	3.7	28	80	12	112	17	20	30	31	1.96
60598--60728	29	4.6	28	79	10	106	20	19	31	29	1.97
60683--60738	27	2.1	27	86	6	78	26	17	33	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60706--60835	34	3.8	34	87	4	172	35	11	33	20	1.88
60812--61039	28	8.1	28	81	6	237	18	17	32	31	1.94
60810--61042	87	2.7	85	83	5	283	19	16	32	30	1.94
60812--61007	57	3.4	56	82	6	225	18	17	32	31	1.94
60812--61039	57	4.0	55	77	9	217	18	17	32	31	1.94
62486--62577	1	92.0	1	69	0	58	0	3	11	84	0.73
62483--62576	8	12.2	8	77	13	81	0	3	12	84	0.75
76411--76538	52	2.5	52	93	0	229	28	18	17	35	1.94
76591--76673	13	5.5	13	72	27	67	36	18	13	32	1.89
76591--76675	32	2.7	31	94	1	152	37	17	12	31	1.88
77090--77154	33	2.0	32	85	11	87	32	18	13	35	1.90
81872--81917	21	2.1	21	84	11	58	41	6	13	39	1.70
81986--82026	20	2.0	20	90	0	64	39	21	12	26	1.89
82036--82060	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82048--82100	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
82160--82185	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
82142--82205	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
84781--84855	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
84778--84855	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
85225--85348	49	2.7	46	81	7	142	30	20	29	19	1.97
85379--85956	64	9.1	64	77	12	460	20	18	30	30	1.97
85463--85781	32	10.2	31	85	4	394	19	18	31	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85379--86031	96	6.9	96	80	11	540	21	18	29	30	1.97
85768--85792	11	2.3	11	100	0	50	16	40	20	24	1.91
85646--85914	133	2.0	133	92	0	448	20	20	29	30	1.97
85780--86061	30	9.5	30	82	7	235	22	19	29	28	1.98
85712--85914	71	3.0	71	77	16	198	20	20	30	29	1.98
85780--86031	88	2.8	88	86	6	305	22	19	29	28	1.98
85780--86653	28	30.9	28	86	6	267	26	16	32	24	1.96
86057--86653	28	21.6	27	91	3	933	28	14	34	22	1.93
86057--86653	166	3.6	164	93	2	980	28	14	34	22	1.93
89422--89452	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
91466--91542	20	3.6	21	72	16	68	25	12	16	44	1.84
91531--91568	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
94011--94084	20	3.6	20	76	7	85	39	13	16	31	1.87
94011--94105	42	2.3	42	94	1	165	42	12	15	29	1.84
94144--94169	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
95097--95141	17	2.7	17	80	13	58	6	15	8	68	1.36
102195--102269	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
102192--102269	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
107757--107782	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
107899--107996	47	2.0	50	84	9	132	36	16	17	29	1.92
107984--108021	13	2.9	13	92	0	58	28	15	21	34	1.94
110318--110363	21	2.1	21	84	11	58	41	6	13	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110432--110472	20	2.0	20	90	0	64	39	21	12	26	1.89
110482--110533	21	2.5	21	84	3	70	40	15	15	28	1.88
110593--110618	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
110575--110638	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
112957--112998	10	4.4	10	85	8	61	71	0	28	0	0.86
112947--112998	20	2.7	19	82	11	61	71	0	26	1	0.97
118134--118167	11	3.0	11	86	4	50	88	0	5	5	0.64
118269--118303	16	2.2	16	89	0	52	82	0	5	11	0.82
120139--120188	20	2.5	20	86	0	73	42	12	18	28	1.85
120464--120500	18	2.1	18	94	0	65	24	16	18	40	1.90
120559--120585	13	2.1	13	100	0	54	18	0	0	81	0.69
120638--120685	24	2.0	24	88	4	71	43	0	2	54	1.12
121049--121108	16	3.8	16	71	8	50	40	26	16	16	1.90
121107--121178	16	4.5	16	82	0	72	40	29	16	13	1.87
121999--122038	2	19.5	2	89	5	62	47	2	2	47	1.29
122410--122479	27	2.6	27	80	17	67	50	1	1	47	1.19
123000--123033	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
127795--127830	11	2.8	14	80	20	51	44	0	0	55	0.99
127795--127833	13	3.1	13	82	17	55	46	0	0	53	1.00
129689--129742	22	2.5	22	90	0	90	25	24	12	37	1.91
129689--129878	85	2.3	84	85	1	238	30	21	13	35	1.91
129773--129827	22	2.5	22	90	0	83	27	20	10	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130267--130380	31	3.5	31	77	14	115	28	14	26	30	1.95
131971--132028	21	2.8	21	82	15	75	51	1	25	20	1.57
139941--139987	19	2.5	19	96	0	85	14	25	6	53	1.65
141702--142048	31	10.9	31	82	7	351	22	28	15	34	1.94
141702--142010	94	3.2	96	83	7	362	23	27	15	33	1.95
142019--142427	34	12.4	34	76	9	382	18	30	12	38	1.88
141991--142410	100	4.3	100	79	7	457	18	30	12	38	1.88
142087--142144	27	2.1	27	90	0	89	20	29	13	36	1.91
142050--142244	61	3.1	60	76	13	196	18	30	12	38	1.88
142112--142427	167	1.9	168	88	5	480	18	30	12	38	1.87

Tables:   1   2