genome.fa.s1124.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1124
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105560

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1507--1551	20	2.2	21	84	7	58	48	4	22	24	1.68
2923--2948	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2987--3042	21	2.7	21	100	0	112	26	17	10	44	1.82
4890--4934	19	2.5	19	86	10	60	2	15	4	77	1.02
8986--9039	21	2.7	21	85	5	76	37	12	16	33	1.87
9529--9590	32	1.9	33	86	3	90	41	17	11	29	1.84
16188--16228	20	2.0	20	90	0	64	19	41	29	9	1.83
18315--18340	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18297--18360	32	2.0	33	87	3	94	39	17	14	29	1.88
25474--25626	52	2.9	52	85	3	220	30	16	16	35	1.92
25662--25699	20	1.9	19	89	5	58	52	7	10	28	1.64
27158--27183	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
29511--29564	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
29614--29676	32	1.9	33	87	9	94	41	12	15	30	1.85
32022--32071	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
32029--32071	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
36946--37330	154	2.5	155	79	6	433	37	22	16	23	1.93
38611--38663	12	4.5	12	81	9	65	0	20	1	77	0.87
38611--38662	23	2.3	23	83	6	70	0	21	1	76	0.87
38611--38663	13	4.4	13	77	18	53	0	20	1	77	0.87
38991--39545	167	3.4	164	78	5	546	49	7	10	31	1.66
43477--44226	47	16.2	46	76	8	524	25	21	14	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43806--44045	130	1.8	130	84	5	324	26	21	13	38	1.90
43617--44093	177	2.6	181	80	6	534	26	21	14	37	1.92
44485--44708	84	2.7	84	82	4	274	18	27	14	39	1.90
44555--44682	41	3.0	41	70	17	109	20	26	14	39	1.90
44442--44844	84	4.8	83	78	8	259	16	25	15	41	1.88
45853--46676	165	5.0	164	82	8	839	30	11	7	51	1.65
45945--46658	328	2.2	330	83	5	883	31	11	7	50	1.65
47006--47050	20	2.3	20	85	11	58	82	2	15	0	0.77
47103--47143	22	1.9	22	85	14	59	7	17	12	63	1.50
48706--49110	154	2.6	152	81	6	440	25	16	18	39	1.92
52518--52605	32	2.9	29	78	8	95	28	23	12	35	1.91
52512--52651	29	4.6	30	72	9	95	27	25	12	33	1.93
52651--52846	73	2.7	72	84	3	225	21	22	14	40	1.90
52656--53788	36	29.9	37	68	13	375	21	25	15	37	1.93
52725--53141	112	3.6	112	81	6	345	21	26	14	37	1.92
52725--53157	230	1.9	228	81	4	530	21	25	14	38	1.91
53220--53307	42	2.1	44	85	8	121	19	25	12	43	1.86
52867--53431	305	1.9	303	84	5	773	22	25	14	37	1.92
53341--53425	44	1.9	44	87	0	125	20	22	14	43	1.87
53148--53441	115	2.6	115	79	5	328	22	25	13	38	1.91
53148--53519	115	3.3	114	76	10	322	22	25	15	37	1.92
53421--53489	32	2.2	32	84	2	86	23	23	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53320--53607	149	1.9	150	84	6	388	22	25	15	36	1.94
53477--53788	112	2.7	112	76	14	305	20	26	16	36	1.94
54442--54495	20	2.7	20	88	2	81	42	11	14	31	1.81
55885--55941	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
55865--55962	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
55863--55960	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
56003--56027	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
56036--56164	52	2.5	52	92	0	213	35	15	18	30	1.92
60379--60499	52	2.3	52	94	0	206	28	17	18	36	1.93
60379--60519	52	2.7	52	87	4	187	30	17	17	34	1.93
60505--60532	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
60596--60620	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
60574--60640	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
64068--64546	79	6.1	78	75	10	402	29	24	11	34	1.91
64022--64556	158	3.4	156	80	7	503	29	25	11	33	1.91
64068--64503	236	1.8	236	83	4	576	28	24	11	35	1.90
64068--64556	157	3.1	156	81	6	427	29	25	11	33	1.91
65957--66116	83	1.9	83	92	0	266	21	26	28	23	1.99
69109--69228	52	2.3	52	95	0	213	30	17	17	35	1.93
69109--69248	52	2.7	51	88	4	201	31	17	17	33	1.93
69237--69261	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
69302--69359	20	3.0	20	84	2	73	46	12	10	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70347--70432	43	2.0	43	93	0	145	30	19	23	26	1.98
70453--71087	48	12.8	52	89	5	597	30	17	28	23	1.97
70160--70650	227	2.2	222	91	4	803	35	15	24	24	1.94
70517--71087	48	11.7	49	90	4	865	29	18	28	23	1.98
70517--71087	97	5.9	97	93	2	875	29	18	28	23	1.98
71092--71184	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
71191--71969	34	22.9	34	80	13	758	33	12	32	21	1.90
71191--71917	70	10.5	70	83	8	808	33	12	33	20	1.90
71191--71917	141	5.3	137	82	10	833	33	12	33	20	1.90
71820--71941	28	4.1	28	74	15	111	32	13	31	22	1.92
80240--80359	52	2.3	52	97	0	222	29	17	18	35	1.94
80240--80379	52	2.7	51	90	4	210	30	17	18	33	1.94
80368--80392	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80457--80481	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
80435--80501	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
83891--83918	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
83990--84014	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
84073--84111	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
84869--85139	49	5.6	49	78	9	288	30	18	25	25	1.97
84903--85146	43	5.2	43	74	18	193	30	18	26	24	1.98
84850--85146	92	3.1	91	77	11	292	31	18	25	24	1.98
85141--85249	27	3.5	32	81	15	140	26	14	37	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85130--85227	27	3.5	27	76	22	103	29	13	33	23	1.93
85130--85249	60	2.0	60	89	7	185	28	14	35	21	1.92
85244--85490	29	8.6	29	84	4	268	22	17	29	31	1.96
85244--85490	59	4.3	59	82	7	301	22	17	29	31	1.96
86916--87002	11	8.1	10	74	15	68	1	3	12	82	0.84
86927--87000	15	5.5	14	75	16	52	0	4	12	83	0.77
86918--86998	9	9.9	8	72	25	55	1	3	12	82	0.85
86941--86979	20	2.0	20	89	0	60	0	2	15	82	0.79
86915--87000	26	3.3	26	81	13	90	1	3	11	83	0.82
90384--90418	12	2.9	12	100	0	70	25	25	8	40	1.84
100917--100942	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
100995--101080	19	4.7	19	70	20	67	37	17	10	34	1.84
100987--101057	32	2.2	32	92	0	115	39	18	9	32	1.83

Tables:   1

The End!