genome.fa.s1195.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1195
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  269935

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6519--6586	33	2.1	32	86	2	91	36	13	13	36	1.83
6616--6670	20	2.7	21	80	2	67	27	18	12	41	1.86
7865--7919	16	3.4	16	80	9	67	45	7	12	34	1.70
7808--7940	71	1.9	71	82	3	169	39	8	14	37	1.76
12424--12468	18	2.6	17	82	6	54	48	13	4	33	1.62
18796--19261	231	2.0	231	95	0	842	32	14	13	39	1.86
22180--22237	21	2.8	21	78	5	64	68	5	1	24	1.19
22165--22223	30	1.9	31	82	3	75	66	5	0	28	1.13
22174--22235	11	6.0	10	77	7	54	70	3	1	24	1.10
22174--22235	10	6.1	10	76	9	54	70	3	1	24	1.10
23311--23369	31	1.9	31	85	0	82	23	10	18	47	1.79
24631--24671	18	2.3	18	87	4	57	51	0	2	46	1.14
25231--25267	15	2.5	15	80	20	51	67	0	5	27	1.12
25579--25620	12	3.3	12	87	12	66	54	11	23	9	1.66
25692--25758	30	2.2	30	94	0	116	50	13	19	16	1.77
31051--31123	21	3.5	21	96	0	128	49	27	13	9	1.73
32791--32825	17	2.0	17	88	5	52	77	0	14	8	0.99
35803--35897	20	4.8	20	90	0	145	37	12	12	36	1.82
36576--36703	61	2.1	61	86	5	179	36	11	28	23	1.90
36658--37440	52	15.8	49	76	10	632	32	17	25	24	1.97
37014--37445	43	9.1	44	74	16	330	32	18	25	23	1.97
36961--37253	95	3.0	95	84	8	358	33	17	24	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37115--37440	95	3.4	94	86	3	395	32	18	24	24	1.97
37449--37598	32	4.7	32	85	4	205	23	20	26	30	1.98
37449--37598	63	2.4	64	85	7	207	23	20	26	30	1.98
37845--38638	94	8.6	93	77	12	634	32	12	32	22	1.92
37805--38867	27	34.7	31	73	15	615	32	12	32	22	1.92
38002--38905	59	15.0	59	71	17	480	31	12	32	22	1.92
37806--38545	180	4.0	181	80	10	726	32	12	32	22	1.92
38245--38850	93	6.7	91	78	13	436	32	12	32	22	1.92
37971--38850	151	5.8	148	77	10	705	32	12	32	22	1.92
38465--38680	119	1.8	118	90	3	353	33	12	31	22	1.92
38579--38789	92	2.3	92	89	0	325	33	12	31	22	1.92
38666--38867	60	3.4	58	84	4	233	30	13	34	22	1.92
38724--38890	61	2.8	61	88	2	241	32	12	32	22	1.91
38897--39116	30	7.3	30	80	4	230	27	17	33	21	1.96
38897--39121	59	3.8	60	84	4	258	28	16	33	21	1.95
43287--43336	19	2.6	19	96	0	91	38	18	12	32	1.87
43971--44026	18	3.2	17	76	18	53	3	10	7	78	1.06
43951--44028	33	2.4	33	77	12	81	5	11	7	75	1.17
49901--49970	35	2.0	35	97	0	131	35	17	12	34	1.88
51103--51177	20	3.8	20	94	0	132	34	13	16	36	1.87
51611--51802	59	3.2	58	77	9	183	19	15	18	46	1.83
51634--51812	59	3.0	59	78	4	191	18	16	18	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51996--53328	65	20.9	65	71	11	389	21	21	13	44	1.86
53414--53995	40	14.6	40	71	9	217	19	25	10	44	1.83
53414--53886	80	5.9	80	77	4	303	19	25	10	45	1.81
53454--53750	120	2.5	118	77	4	281	18	25	11	44	1.83
53655--53900	120	2.0	120	79	6	266	18	25	9	45	1.80
54055--54144	40	2.2	41	78	9	96	18	26	12	42	1.86
55157--55186	13	2.2	14	94	5	53	20	0	10	70	1.16
56338--56398	32	1.9	32	83	9	81	29	6	16	47	1.72
70214--70279	19	3.8	18	73	22	70	37	12	15	34	1.84
70212--70272	32	1.9	32	96	0	113	37	11	16	34	1.85
70319--70344	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70299--70365	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
72695--73081	52	7.4	52	70	13	206	30	24	11	33	1.91
72685--73080	51	7.5	51	68	16	166	30	24	11	33	1.91
72804--72875	27	2.6	27	86	2	90	23	30	20	25	1.99
72906--73081	52	3.4	52	82	3	228	30	25	11	32	1.91
73064--73140	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
72694--73191	264	1.9	263	88	2	757	28	26	12	32	1.93
73094--73296	78	2.6	79	81	2	230	24	30	16	28	1.96
76122--76163	19	2.3	19	95	4	77	42	9	4	42	1.58
78671--78712	16	2.6	16	84	0	57	47	30	16	4	1.67
79136--79176	16	2.6	16	88	0	55	36	39	19	4	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85362--85429	19	3.7	19	82	7	70	48	0	0	51	1.00
85378--85435	19	3.1	19	80	9	66	41	0	0	58	0.98
85588--85631	14	3.4	14	76	23	51	38	0	0	61	0.96
85591--85638	25	1.9	25	83	8	62	45	0	0	54	0.99
86164--86188	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
86217--86255	18	2.2	18	86	9	53	23	0	0	76	0.78
86255--86301	24	1.9	25	82	4	60	34	2	0	63	1.06
87939--87978	15	2.7	15	92	7	64	42	22	0	35	1.54
87954--88017	31	2.0	33	81	6	78	50	21	0	28	1.49
93341--93471	52	2.5	52	98	0	253	29	16	19	35	1.94
93534--93631	19	5.8	18	69	28	81	37	17	11	33	1.85
93532--93629	32	3.0	32	95	1	169	36	17	11	34	1.85
93553--93609	13	3.9	13	74	24	51	35	17	12	35	1.87
94533--95257	92	7.8	92	93	0	1144	30	18	25	25	1.98
95301--95625	98	3.3	99	88	3	449	35	13	31	19	1.91
95636--95688	27	2.0	27	92	0	88	26	15	33	24	1.95
95302--95711	33	12.7	33	76	16	310	33	13	32	20	1.91
95371--95911	31	17.1	32	79	10	354	31	14	31	21	1.94
95441--95911	64	7.4	63	77	10	311	31	15	31	22	1.94
95575--95912	32	10.9	31	79	12	266	30	15	30	23	1.95
96928--96981	15	3.7	15	80	9	58	1	9	7	81	0.94
96928--96966	21	1.9	20	89	5	60	2	10	2	84	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97220--97255	12	3.0	12	88	12	56	0	0	16	83	0.65
109082--109212	52	2.5	52	96	0	235	30	16	17	35	1.93
109221--109245	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
109286--109383	32	3.0	32	93	1	160	36	16	11	35	1.84
109307--109363	13	3.9	13	74	24	51	35	17	12	35	1.87
115081--115133	17	3.2	16	82	10	54	50	0	0	49	1.00
115579--115608	15	2.0	15	93	0	51	66	0	3	30	1.07
117971--118053	16	5.5	15	71	14	55	54	3	0	42	1.18
123635--123670	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
123670--123702	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
124831--124863	14	2.4	14	94	0	57	75	0	24	0	0.80
135300--135361	29	2.1	29	87	0	88	54	6	1	37	1.36
138900--138933	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
140702--140754	27	2.0	27	85	7	72	41	3	0	54	1.18
140707--140760	27	2.0	27	82	7	65	44	3	0	51	1.19
141339--141387	24	2.0	24	84	7	64	32	4	2	61	1.26
145957--145988	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
153316--153359	21	2.1	21	95	0	79	15	9	27	47	1.76
153336--153504	34	5.0	34	88	0	221	23	6	24	45	1.76
153858--153894	19	1.9	19	88	0	56	32	27	10	29	1.90
157018--157082	1	65.0	1	78	0	58	0	7	4	87	0.66
157020--157084	34	2.0	34	91	8	109	0	10	4	84	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168299--168449	34	4.4	34	92	0	248	23	7	27	42	1.80
170023--170446	209	2.0	209	99	0	830	31	13	19	36	1.90
172893--172953	20	3.0	20	81	9	79	39	18	13	29	1.88
174909--174976	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
174930--174954	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
174911--174973	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
175016--175041	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
174996--175062	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
177517--177588	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
177542--177746	79	2.6	79	82	0	230	23	29	17	28	1.97

Tables:   1   2