genome.fa.s120.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold120
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  299982

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 191 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4442--4510	20	3.6	19	75	7	68	43	13	10	33	1.77
4435--4510	40	2.0	37	87	7	107	43	13	10	32	1.78
5001--5063	29	2.2	29	83	11	76	52	1	0	46	1.10
5374--5402	14	2.0	15	93	6	51	58	0	6	34	1.25
6452--6510	29	2.0	29	87	6	84	42	0	6	50	1.28
6569--6614	8	5.4	8	80	14	56	15	0	4	80	0.86
6896--6982	42	2.1	42	100	0	174	37	11	16	34	1.84
7394--7439	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
7899--7938	13	3.2	13	79	13	57	45	0	5	50	1.23
7899--7941	14	3.4	14	81	18	58	46	0	4	48	1.22
14005--14047	13	3.2	13	86	6	50	48	2	0	48	1.14
14050--14117	22	3.0	23	75	14	59	52	0	0	47	1.00
14808--14861	26	2.0	27	85	3	74	59	3	1	35	1.26
17446--17519	13	5.6	13	69	15	62	62	1	0	36	1.04
17456--17519	8	8.4	8	69	27	50	60	1	0	37	1.06
17708--17751	23	2.0	22	86	8	63	40	2	0	56	1.11
18848--18898	16	3.1	16	83	11	59	49	0	0	50	1.00
19059--19090	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
19252--19323	28	2.6	27	82	12	83	47	4	2	45	1.36
20551--20670	62	1.9	61	81	13	143	41	7	1	49	1.41
20649--20705	16	3.6	16	80	4	62	36	0	0	63	0.95
20681--20714	7	4.7	7	85	7	50	20	0	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21109--21172	25	2.5	25	82	12	85	50	0	1	48	1.10
21113--21151	20	1.9	21	89	5	62	48	0	0	51	1.00
21143--21247	34	3.2	34	81	10	137	44	0	0	53	1.13
21160--21253	23	4.2	24	67	28	73	48	1	0	50	1.07
21138--21237	31	3.1	31	82	10	121	47	1	1	51	1.14
21138--21264	65	2.0	65	84	6	170	48	0	0	49	1.12
22507--22558	20	2.7	19	82	8	61	42	0	0	57	0.98
22506--22567	18	3.4	19	81	16	69	41	0	0	58	0.98
23138--23245	56	1.9	56	94	3	191	20	19	14	45	1.85
24028--24136	19	5.5	19	65	20	53	45	0	2	50	1.22
25317--25381	29	2.2	28	84	10	78	60	0	1	38	1.07
25333--25431	35	3.1	35	77	18	108	59	0	1	39	1.04
25375--25452	25	3.0	25	77	17	79	55	0	2	42	1.13
25371--25430	27	2.2	28	88	5	88	60	0	1	38	1.07
26144--26176	16	2.0	17	88	5	50	39	3	0	57	1.14
26624--26662	20	1.9	21	89	5	62	43	0	2	53	1.14
26679--26724	10	4.3	10	79	15	56	50	0	0	50	1.00
26686--26741	23	2.4	23	93	3	94	50	0	0	50	1.00
26690--26766	23	3.2	24	85	3	66	54	0	0	45	0.99
27657--27780	66	1.9	66	84	0	167	45	6	6	41	1.55
27964--28012	20	2.5	19	78	12	55	40	4	0	55	1.19
28546--28587	2	21.5	2	85	4	59	0	45	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31686--31715	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
34248--34288	14	3.0	14	80	16	50	75	2	0	21	0.92
35419--35461	22	2.0	22	85	0	59	44	0	4	51	1.22
35455--35536	15	5.7	15	71	15	57	35	2	7	54	1.41
43074--43151	20	3.9	19	76	6	75	38	14	14	33	1.86
43074--43151	40	2.0	39	84	2	102	38	14	14	33	1.86
43708--44609	28	31.3	28	82	9	802	23	19	29	27	1.98
43782--44604	115	7.2	115	83	7	850	23	19	30	26	1.98
43790--44609	145	5.7	143	85	7	981	23	19	30	26	1.98
45856--45893	5	7.8	5	91	2	60	0	0	13	86	0.56
58940--58979	21	2.0	20	86	13	57	57	5	12	25	1.55
59840--59889	20	2.5	20	96	0	91	34	14	14	38	1.85
59910--59984	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
59907--59984	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
61074--61113	3	13.3	3	89	0	53	25	0	7	67	1.16
61074--61113	12	3.3	12	89	0	62	25	0	7	67	1.16
62033--62096	21	3.0	21	82	11	69	37	3	23	35	1.71
65284--65340	21	2.7	21	83	5	62	40	3	26	29	1.73
65305--65348	21	2.1	21	86	0	61	38	4	20	36	1.73
66149--66226	20	3.8	20	76	6	75	35	15	11	37	1.84
71165--71209	23	2.0	23	100	0	90	40	22	0	37	1.54
72088--72122	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73085--73119	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
73999--74044	17	2.9	16	81	9	58	43	2	0	54	1.12
74176--74214	19	2.0	21	85	10	55	69	2	0	28	1.02
74379--74416	2	19.5	2	94	5	69	0	50	0	50	1.00
75213--75265	23	2.4	21	81	6	61	33	3	9	52	1.52
75569--75599	11	2.8	11	90	0	53	22	0	3	74	0.96
77550--77588	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
78384--78424	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
80485--80523	18	2.0	20	85	9	55	66	2	0	30	1.05
81036--81076	18	2.3	18	82	0	55	48	2	0	48	1.14
81915--81943	6	5.0	6	91	8	51	17	0	0	82	0.66
82617--82662	15	3.1	15	76	14	51	52	0	0	47	1.00
83871--83904	3	11.3	3	93	0	59	32	0	2	64	1.08
95064--95098	17	2.1	17	88	0	52	28	20	5	45	1.73
95604--95643	20	2.0	20	85	4	55	17	0	10	72	1.11
95947--96012	26	2.4	28	76	19	77	42	9	0	48	1.35
97092--97125	8	4.2	8	88	0	50	14	2	0	82	0.79
97070--97125	16	3.3	16	76	18	51	17	7	0	75	1.03
97432--97506	3	25.3	3	97	2	143	33	0	0	66	0.92
98912--99045	56	2.3	58	79	12	148	20	7	18	53	1.68
98946--99054	56	1.9	57	98	1	211	18	7	17	56	1.63
99147--99186	21	2.0	20	85	5	53	37	10	15	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101935--101980	24	1.9	24	95	0	83	45	28	6	19	1.75
101977--102037	28	2.2	28	94	5	106	55	21	4	18	1.60
108972--109019	20	2.3	20	82	7	51	62	12	4	20	1.46
109335--109360	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
110256--110301	16	2.9	16	78	18	51	45	0	4	50	1.21
110860--110898	21	1.9	19	85	10	51	53	2	5	38	1.37
111612--111663	26	2.0	26	96	0	95	63	1	0	34	1.06
112398--112426	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
114716--114872	78	2.0	77	84	6	201	46	7	7	38	1.61
114818--114857	19	2.2	19	86	13	57	47	7	2	42	1.45
115613--115685	36	2.0	36	100	0	146	42	5	10	41	1.63
116172--116242	27	2.6	27	88	6	99	22	7	23	46	1.76
116227--116276	25	2.0	25	88	7	75	22	8	24	46	1.78
116349--116376	13	2.2	13	100	0	56	25	42	7	25	1.80
120772--120842	27	2.6	27	88	6	99	22	7	23	46	1.76
120827--120876	25	2.0	25	88	7	75	22	8	24	46	1.78
120949--120976	13	2.2	13	100	0	56	25	42	7	25	1.80
121279--121318	20	2.0	20	90	0	62	62	2	0	35	1.09
121925--121974	22	2.2	21	80	13	55	58	4	6	32	1.41
122279--122314	17	2.1	17	100	0	72	47	16	5	30	1.70
123122--123169	20	2.3	20	82	7	51	62	12	4	20	1.46
124402--124442	16	2.6	16	82	17	50	48	0	2	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124999--125037	21	1.9	19	85	10	51	53	2	5	38	1.37
125757--125808	26	2.0	26	96	0	95	63	1	0	34	1.06
126560--126612	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
175642--175732	44	2.1	43	91	4	148	41	40	1	16	1.55
175682--175835	32	4.5	34	80	15	167	42	41	0	16	1.48
175642--175753	44	2.5	44	85	8	122	41	40	0	16	1.55
175668--175835	9	16.3	10	68	23	75	42	41	0	16	1.48
181096--181312	34	6.4	34	88	1	303	24	7	27	40	1.82
181096--181312	102	2.1	101	93	2	364	24	7	27	40	1.82
181619--181665	19	2.5	19	82	6	51	25	19	21	34	1.96

Tables:   1   2