genome.fa.s1200.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1200
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  192638

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4124--4489	155	2.4	153	79	5	344	25	13	15	45	1.83
5412--5442	15	2.1	15	93	0	53	45	6	0	48	1.28
5417--5450	15	2.3	15	89	0	50	41	8	0	50	1.34
7230--7994	166	4.7	166	80	7	812	54	8	9	27	1.61
11865--12318	156	2.9	155	82	4	581	36	19	16	27	1.93
13411--13445	10	3.3	10	92	8	52	0	14	0	85	0.59
13890--14533	165	3.9	166	80	7	566	49	8	10	30	1.68
16229--16261	13	2.5	13	100	0	66	39	15	15	30	1.88
16979--17030	22	2.5	20	78	9	59	28	26	0	44	1.55
16986--17025	20	1.9	22	90	10	66	35	25	0	40	1.56
18960--19016	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
18940--19037	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
18938--19035	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
26032--26074	14	3.1	14	86	6	52	81	13	2	2	0.89
26313--26372	15	4.0	15	76	10	61	81	10	8	0	0.87
26314--26377	26	2.3	26	84	12	76	81	7	10	0	0.88
27323--27573	31	8.0	30	85	9	265	22	30	15	31	1.95
27328--27567	61	3.9	61	86	7	288	23	30	16	29	1.96
27326--27538	92	2.3	92	87	7	315	23	30	16	29	1.97
27387--27970	66	8.9	68	77	11	434	19	32	14	32	1.93
27486--27972	133	3.7	128	79	10	466	18	33	14	33	1.91
27482--27869	99	3.9	99	81	8	380	18	34	15	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27482--27968	34	14.6	33	78	10	386	19	33	14	32	1.92
27982--28244	32	8.2	31	92	5	418	28	33	18	19	1.95
28260--28327	21	3.2	21	65	19	59	25	29	17	27	1.97
28275--28346	24	3.2	24	66	18	73	23	27	19	29	1.98
28237--28602	43	8.0	43	82	10	390	24	27	18	29	1.98
28237--28602	92	4.0	91	88	5	508	24	27	18	29	1.98
28510--28654	52	2.8	52	95	0	254	21	24	20	34	1.96
29516--29572	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
29496--29593	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
29494--29591	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
37389--37434	3	15.3	3	86	0	65	28	34	2	34	1.70
37905--37994	32	2.6	34	80	16	105	35	20	13	31	1.91
38517--38567	20	2.6	19	81	6	66	41	7	11	39	1.71
38883--38957	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
38883--38960	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
46936--47035	32	2.9	33	76	15	94	33	23	13	31	1.92
47505--47532	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
47585--47634	20	2.5	20	80	3	57	38	10	14	38	1.79
49311--49335	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
49291--49355	33	2.0	33	87	0	94	29	21	12	36	1.90
49406--49475	19	3.6	19	92	1	95	44	15	12	27	1.83
49465--49503	20	1.9	21	94	5	71	20	17	20	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54479--54513	16	2.2	16	95	5	63	54	0	0	45	0.99
54836--54868	11	2.8	12	90	9	50	66	0	3	30	1.06
54897--54957	22	2.8	21	78	11	70	44	1	1	52	1.20
55768--56012	128	1.9	129	85	5	336	24	18	15	41	1.89
65050--65111	29	2.1	29	90	0	97	30	16	9	43	1.80
69133--69396	59	4.5	57	71	11	185	46	15	10	26	1.79
69115--69396	117	2.4	116	78	8	284	46	15	10	27	1.79
70036--70109	9	7.7	9	72	14	58	4	18	0	77	0.93
70037--70108	21	3.4	20	73	17	65	4	18	0	77	0.92
70055--70103	11	4.4	11	80	12	55	6	18	0	75	1.00
70055--70107	22	2.4	22	90	6	81	5	18	0	75	0.99
70055--70117	21	2.9	22	84	13	69	4	22	0	73	1.02
71399--71545	56	2.7	55	77	4	161	23	22	16	38	1.93
71486--71780	56	5.3	56	83	2	335	20	24	14	40	1.89
71698--71859	82	2.0	82	82	4	202	20	22	14	41	1.89
71780--72156	57	6.7	57	74	6	241	20	22	14	43	1.87
71780--72056	113	2.4	112	79	7	281	19	21	13	44	1.85
73639--73696	29	2.0	29	100	0	116	51	10	10	27	1.68
77396--78052	156	4.2	157	74	8	547	38	19	16	25	1.92
87194--87235	13	3.2	13	89	0	66	38	21	11	28	1.89
87213--87300	46	1.9	45	81	6	106	36	11	22	29	1.89
87373--87397	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89633--89658	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
89767--89816	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
92126--92194	20	3.5	19	82	7	68	28	14	17	39	1.89
92145--92194	19	2.6	19	83	3	64	30	12	18	40	1.86
92251--92295	12	4.1	12	72	21	53	33	13	17	35	1.89
92231--92295	32	2.0	31	88	11	96	32	15	18	33	1.92
94553--94954	166	2.4	165	78	8	372	49	10	13	26	1.75
94653--95073	166	2.5	167	79	8	425	47	10	13	28	1.76
99976--100104	52	2.5	52	94	0	231	34	17	18	29	1.94
101342--101366	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101447--101471	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101480--101604	52	2.4	52	94	2	216	34	18	17	29	1.94
108497--108572	15	5.4	14	81	12	93	89	10	0	0	0.49
108497--108572	21	3.6	20	86	10	107	89	10	0	0	0.49
108497--108572	33	2.3	33	93	0	134	89	10	0	0	0.49
108497--108572	1	76.0	1	78	0	80	89	10	0	0	0.49
108811--108842	17	1.9	17	93	6	57	84	9	6	0	0.78
109787--109900	31	3.7	30	87	8	149	24	28	17	28	1.97
109880--110538	34	19.8	34	76	14	583	21	33	12	32	1.91
109880--110531	62	9.9	61	83	9	568	21	34	13	31	1.91
110098--110149	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
110133--110578	141	3.2	140	83	7	623	20	34	12	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110128--110543	70	6.0	70	85	8	537	19	34	12	33	1.89
110371--110589	104	2.1	100	80	11	260	22	36	12	28	1.91
110610--111395	49	15.8	49	84	5	999	24	25	17	32	1.96
110610--111503	248	3.5	248	88	5	1140	24	25	16	33	1.96
111155--111333	92	1.9	94	90	3	290	25	24	17	32	1.97
111247--111630	67	6.7	55	73	14	273	24	23	14	37	1.93
111247--111641	171	2.3	171	95	1	700	24	24	14	36	1.93
112450--112474	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
112558--112582	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
112591--112715	52	2.4	52	94	2	216	34	18	17	29	1.94
118569--118722	83	1.9	83	92	0	263	25	24	14	34	1.94
119318--119674	46	7.8	46	74	6	265	23	25	9	42	1.84
119781--120008	85	2.7	85	76	4	235	18	19	12	49	1.79
122579--122604	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124819--124863	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
126666--126696	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
127571--127637	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
127591--127615	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
127678--127702	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
127711--127838	52	2.5	51	92	3	204	34	17	17	30	1.93
132584--132609	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133318--133361	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135165--135203	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
135189--135267	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
137282--137312	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
139116--139160	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
141380--141405	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
142310--142348	13	3.0	13	92	0	69	28	15	17	38	1.91
144893--144918	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
146579--146610	15	2.1	15	100	0	64	34	6	25	34	1.81
146772--147149	49	7.6	49	82	3	486	32	19	25	22	1.97
146713--147147	101	4.3	100	86	2	579	33	19	26	21	1.97

Tables:   1   2