genome.fa.s1228.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  133656

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745--7197	159	40.6	154	64	15	1507	29	18	16	36	1.92
1--7197	476	15.1	477	91	1	11290	29	18	15	36	1.92
1--7197	953	7.6	952	92	1	11198	29	18	15	36	1.92
7195--47234	477	84.1	477	92	0	63381	29	18	15	36	1.92
7470--60603	159	335.4	157	63	15	5893	29	18	15	36	1.92
46929--47533	299	2.0	298	93	0	1023	29	17	15	38	1.90
47226--50383	475	6.6	476	93	0	5085	29	18	15	36	1.92
50375--60845	475	22.1	477	86	5	8139	29	18	15	36	1.92
50375--74998	952	26.1	953	72	12	9940	29	18	15	35	1.92
54660--55264	299	2.0	298	92	0	996	30	18	14	37	1.90
54184--55739	774	2.0	774	92	0	2621	30	18	15	36	1.92
56385--56989	299	2.0	298	92	0	996	30	18	14	37	1.90
55909--57464	774	2.0	774	92	0	2621	30	18	15	36	1.92
58110--58714	299	2.0	298	92	0	996	30	18	14	37	1.90
57634--59189	774	2.0	774	92	0	2621	30	18	15	36	1.92
58407--60845	476	5.1	476	91	0	3932	29	19	15	36	1.92
60088--63125	760	4.0	761	76	11	3196	29	19	15	35	1.93
60849--62081	476	2.6	475	90	0	1928	29	18	16	35	1.93
61189--61839	159	4.1	156	66	13	385	29	17	16	36	1.92
61806--62648	284	3.0	284	92	0	1346	30	19	14	35	1.92
62371--64077	476	3.6	475	91	1	2740	29	19	15	36	1.92
63802--64643	284	3.0	284	93	0	1384	30	19	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64367--66071	476	3.6	475	90	0	2707	29	18	15	36	1.92
65796--66355	284	2.0	284	93	0	967	29	19	15	35	1.93
65315--68347	760	4.0	760	95	0	5240	29	19	15	35	1.93
67308--67871	284	2.0	284	91	0	921	30	19	14	35	1.92
67592--69299	476	3.6	475	92	0	2781	29	18	15	36	1.92
69024--69582	283	2.0	284	91	1	906	29	19	15	35	1.93
68543--70815	756	3.0	757	94	1	3933	29	19	15	35	1.93
69776--70339	284	2.0	284	91	0	914	30	19	15	35	1.92
70060--71767	476	3.6	475	91	1	2722	29	18	15	36	1.92
71492--72051	284	2.0	284	91	0	904	30	20	16	33	1.94
71771--77471	476	11.6	475	71	15	3679	29	19	15	35	1.93
72069--72760	158	4.4	155	65	15	347	29	18	16	35	1.93
72727--73570	284	3.0	284	92	0	1391	29	19	15	35	1.92
73468--74756	159	8.1	156	66	15	445	29	18	15	36	1.92
74723--75281	284	2.0	284	91	0	902	30	20	14	34	1.93
74241--76519	761	3.0	761	94	0	3837	30	19	15	35	1.93
75483--76042	284	2.0	284	89	0	868	30	21	15	33	1.94
76098--77229	159	7.1	158	64	16	449	29	17	16	35	1.92
77191--77755	284	2.0	284	90	0	898	29	19	15	35	1.93
77949--78511	284	2.0	284	92	0	937	30	20	14	34	1.93
76715--79749	760	4.0	760	92	0	4860	29	19	15	35	1.93
78713--79272	284	2.0	284	89	0	868	30	21	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79328--80459	159	7.1	158	64	16	449	29	17	16	35	1.92
78992--80701	476	3.6	476	93	0	2782	29	18	16	35	1.93
80421--80985	284	2.0	284	90	0	898	29	19	15	35	1.93
81179--81742	284	2.0	284	91	0	905	30	19	15	35	1.92
79945--86014	760	8.0	760	96	0	10733	29	19	15	35	1.93
81943--82491	284	1.9	284	91	0	900	29	19	15	36	1.92
82703--83262	284	2.0	284	91	0	915	29	19	15	35	1.93
84215--84778	284	2.0	284	91	0	903	30	19	15	35	1.92
84979--85527	284	1.9	284	92	0	909	29	19	15	36	1.92
85436--86723	159	8.1	156	67	15	502	29	18	15	36	1.92
85259--86965	476	3.6	475	92	1	2756	29	18	15	36	1.92
86690--87249	284	2.0	284	92	0	940	30	20	15	33	1.94
86969--88200	475	2.6	475	92	0	2025	29	19	16	34	1.93
87925--88768	284	3.0	284	93	0	1418	30	19	15	34	1.93
88490--89719	476	2.6	475	93	0	2097	29	18	15	36	1.92
89439--90002	283	2.0	284	90	1	889	30	20	14	33	1.93
88965--90479	760	2.0	759	91	1	2446	30	18	15	35	1.93
89723--91431	476	3.6	476	93	0	2782	29	18	16	35	1.93
90058--91189	159	7.1	157	64	14	444	29	17	16	35	1.92
91151--91715	284	2.0	284	90	0	898	30	19	15	35	1.92
90675--92192	761	2.0	760	91	0	2446	29	18	16	35	1.93
92867--93431	284	2.0	284	94	0	997	30	19	15	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92389--93907	760	2.0	763	93	1	2591	29	18	15	36	1.92
93151--94383	476	2.6	475	92	2	2019	29	18	15	36	1.92
93627--97420	760	5.0	760	95	0	6634	29	19	15	35	1.93
94108--94667	284	2.0	284	93	0	958	29	19	15	35	1.93
94861--95424	284	2.0	284	91	0	921	30	19	15	34	1.93
95625--96173	284	1.9	284	92	0	909	29	19	14	36	1.92
96385--96944	284	2.0	284	90	0	888	29	19	15	35	1.93
96962--97654	159	4.4	158	66	14	363	28	19	15	36	1.92
96665--99889	476	6.6	476	72	11	2429	28	19	15	36	1.93
97141--99416	760	3.0	760	96	0	4106	28	19	15	36	1.92
97617--98180	284	2.0	284	91	0	921	29	19	15	35	1.92
98377--98940	284	2.0	284	91	0	912	29	19	15	35	1.92
98838--99647	159	5.1	158	67	15	365	29	18	16	36	1.92
99137--100649	757	2.0	759	94	1	2694	29	19	15	35	1.93
99610--100173	284	2.0	284	90	0	894	30	19	14	35	1.92
99894--103591	476	7.6	475	74	13	2903	29	18	15	35	1.92
101324--101883	284	2.0	284	90	0	895	30	19	14	35	1.92
100844--103119	760	3.0	759	92	0	3777	29	19	15	35	1.93
102080--102643	284	2.0	284	92	0	932	30	19	15	34	1.93
103315--103875	284	2.0	284	91	0	917	29	19	15	36	1.92
102839--104352	761	2.0	760	91	1	2469	29	18	15	35	1.92
103600--105311	477	3.6	476	92	1	2719	29	18	15	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105031--105595	284	2.0	284	92	0	934	30	19	16	34	1.93
105315--106543	476	2.6	476	95	0	2172	29	18	16	35	1.92
105791--107304	761	2.0	761	91	1	2462	29	18	15	36	1.92
106267--106827	284	2.0	284	91	0	908	29	18	15	36	1.92
106551--108263	477	3.6	476	91	1	2712	29	18	15	36	1.92
107983--108547	284	2.0	284	92	0	934	30	19	16	34	1.93
108267--109495	476	2.6	476	96	0	2190	29	18	16	35	1.92
108743--110256	761	2.0	761	91	1	2480	29	18	15	36	1.92
109219--109779	284	2.0	284	91	0	917	29	19	15	36	1.92
109801--110942	159	7.2	156	63	14	404	29	18	16	36	1.92
109503--111693	477	4.6	476	94	1	3508	29	18	15	36	1.92
111413--111977	284	2.0	284	92	0	934	30	19	16	34	1.93
111697--112925	476	2.6	476	95	0	2172	29	18	16	35	1.92
112173--113686	761	2.0	761	91	1	2453	29	18	16	36	1.92
112649--113209	284	2.0	284	91	0	917	29	19	15	36	1.92
114365--114929	284	2.0	284	94	0	988	29	18	15	36	1.92
113887--115405	760	2.0	763	92	1	2537	29	18	15	36	1.91
114649--115881	476	2.6	475	91	2	1990	29	18	15	36	1.92
115606--116165	284	2.0	284	93	0	949	29	19	15	35	1.93
115125--123757	760	11.4	758	92	2	13635	29	19	15	35	1.93
116359--116922	284	2.0	284	92	0	930	29	19	14	35	1.92
117116--117679	284	2.0	284	91	0	912	29	19	15	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117873--118436	284	2.0	284	91	0	921	29	19	15	35	1.92
118637--119196	284	2.0	284	91	0	915	29	19	15	35	1.93
119393--119945	284	1.9	284	91	0	908	29	19	14	36	1.91
120157--120716	284	2.0	284	90	0	897	29	19	15	35	1.93
120913--121473	284	2.0	284	93	0	960	29	19	14	36	1.92
121677--122236	284	2.0	284	92	0	940	30	19	15	35	1.93
121956--123189	477	2.6	476	92	0	2065	29	19	15	35	1.93
122909--124038	284	4.0	284	93	0	1884	30	19	14	35	1.92
124242--125082	284	3.0	284	96	0	1520	29	20	15	34	1.93
124526--126872	760	3.1	760	95	0	4248	29	19	15	35	1.93

Tables:   1   2