genome.fa.s1243.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1243
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  213413

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2951--2989	12	3.2	12	85	0	51	33	10	15	41	1.81
2931--2989	24	2.4	25	80	5	66	33	11	18	35	1.88
3974--3999	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
3954--4017	32	2.0	33	87	3	94	28	15	14	42	1.86
4059--4131	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
4038--4131	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
4038--4113	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
4702--4743	21	2.0	21	100	0	84	52	19	4	23	1.65
6531--6568	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
6557--6633	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
8642--8672	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
12731--12756	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
12711--12774	32	2.0	33	87	3	94	28	15	14	42	1.86
12816--12888	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
12795--12888	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
12795--12870	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
14845--14878	16	2.0	18	88	11	54	23	17	2	55	1.55
16816--16909	32	2.9	32	95	1	161	35	11	18	35	1.87
16829--16885	13	3.9	13	74	24	51	33	14	19	33	1.91
16816--16904	19	5.3	19	69	30	76	34	12	17	34	1.88
16947--16971	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
16980--17108	52	2.5	52	100	0	258	35	18	17	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20475--20514	7	5.9	7	82	5	55	82	2	15	0	0.77
20475--20513	20	2.0	19	90	5	60	84	2	12	0	0.72
22329--22393	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
22347--22372	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
22329--22393	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
25877--25906	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
27982--28019	13	2.9	13	92	0	58	36	18	13	31	1.89
28131--28176	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
30554--30579	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
30536--30600	34	2.0	33	90	6	105	46	15	10	27	1.79
33206--33244	20	1.9	21	89	5	62	20	15	20	43	1.88
35025--35100	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
35024--35109	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
35015--35133	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
40283--40409	67	1.9	67	93	3	220	60	9	9	20	1.55
41569--41742	56	3.1	55	76	3	168	43	10	18	26	1.83
41925--42111	51	3.7	49	71	16	139	34	15	20	28	1.94
41925--42144	105	2.1	104	85	2	298	34	15	21	29	1.93
41969--42144	54	3.3	53	73	9	171	33	15	21	28	1.95
43398--43511	52	2.2	51	82	4	131	35	10	25	28	1.89
47512--47698	32	6.0	32	81	8	197	27	18	25	28	1.98
47597--48716	28	39.1	28	82	6	1117	22	18	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48702--49272	27	20.9	27	84	4	578	31	14	29	24	1.94
48718--49272	54	10.2	54	84	5	643	31	13	30	24	1.94
48718--49272	163	3.4	164	85	3	699	31	13	30	24	1.94
49240--49343	33	3.1	34	82	8	131	39	12	25	23	1.89
53728--53896	51	3.3	51	82	4	216	30	12	28	28	1.93
53830--54162	79	4.2	79	81	3	341	33	15	23	27	1.95
53831--54162	158	2.1	157	82	5	402	33	14	23	28	1.94
54119--54187	28	2.5	27	90	6	111	30	18	27	23	1.98
54041--54270	107	2.1	107	83	1	273	31	16	23	28	1.96
53961--54330	186	2.0	186	83	2	474	32	15	23	27	1.95
54149--54330	79	2.3	79	82	3	224	32	15	24	27	1.95
56703--56776	30	2.5	30	93	0	121	40	17	17	24	1.91
60373--60406	10	3.3	10	88	8	50	47	8	0	44	1.34
62503--62659	79	2.0	79	82	2	190	35	12	23	28	1.91
62581--62718	51	2.8	49	74	11	138	37	10	23	27	1.88
62678--62836	80	2.0	79	81	8	189	37	8	23	30	1.85
62773--62891	52	2.3	52	89	0	193	32	12	26	28	1.93
62652--62946	132	2.3	128	78	7	299	37	11	22	28	1.89
62847--63005	79	2.0	79	81	4	187	33	13	27	25	1.93
66158--66314	20	7.7	20	84	4	197	36	13	17	31	1.89
66158--66365	20	9.7	20	77	13	173	38	12	18	30	1.88
71206--71646	28	15.8	28	83	5	455	24	17	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71569--72078	27	18.6	27	82	5	513	28	14	30	26	1.95
71360--72137	82	9.3	83	78	7	502	27	15	29	27	1.96
71384--72078	55	12.6	55	79	6	503	27	15	29	26	1.96
72049--72116	34	2.0	35	94	2	120	35	8	29	26	1.87
72053--72140	34	2.8	32	81	13	85	32	13	26	27	1.94
73472--73521	22	2.4	20	80	9	55	6	14	12	68	1.39
79919--80141	52	4.3	52	84	5	254	29	26	11	32	1.92
79919--80141	105	2.1	104	85	4	288	29	26	11	32	1.92
80129--80200	28	2.6	28	84	4	83	22	34	19	23	1.96
79749--80251	264	1.9	263	89	2	785	28	27	13	30	1.94
83816--83840	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
83778--83864	20	4.7	20	72	21	73	29	16	11	42	1.83
86191--86216	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
86171--86234	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
88790--88969	64	2.8	65	74	8	179	22	17	30	29	1.97
88783--88984	32	6.4	32	76	8	148	23	16	30	29	1.96
88946--89383	56	7.6	56	73	12	259	26	14	29	28	1.95
88920--89355	28	15.1	28	73	11	215	26	15	29	29	1.96
88783--89310	28	17.7	32	73	13	248	24	16	30	29	1.96
89278--89383	27	3.9	26	82	6	113	29	15	30	25	1.95
90395--90424	14	2.1	14	93	0	51	0	16	0	83	0.65
90707--90772	23	2.9	23	80	6	73	6	10	10	72	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90698--90772	22	3.4	22	81	5	73	6	10	9	73	1.25
90698--90779	23	3.7	22	76	14	71	8	9	9	71	1.30
97866--97940	20	3.8	20	74	0	69	45	10	12	32	1.75
98438--98471	7	4.9	7	100	0	68	11	0	0	88	0.52
98849--98888	20	2.0	20	95	0	71	27	25	12	35	1.92
98947--99194	48	5.2	49	72	10	181	23	19	14	42	1.88
98944--99195	96	2.6	96	80	5	251	23	20	14	42	1.89
99183--99412	87	2.6	88	82	11	260	21	26	13	37	1.91
99259--99536	132	2.1	132	81	5	321	20	27	14	37	1.92
99394--99716	175	1.8	175	85	0	457	21	25	14	38	1.91
99210--99716	44	11.6	44	71	10	270	21	25	14	38	1.91
99390--99716	88	3.7	88	83	2	424	21	25	14	38	1.91
99839--100394	42	13.1	42	78	4	384	19	26	15	38	1.92
99839--100479	126	5.0	125	77	5	427	19	26	15	38	1.92
101498--101822	166	2.0	167	83	7	421	27	12	9	50	1.71
101553--101916	166	2.2	166	80	5	396	28	11	8	51	1.67
102106--102138	14	2.3	15	94	5	59	33	3	0	63	1.10
110940--110995	19	2.9	19	89	2	85	32	19	14	33	1.92
118563--118592	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
118547--118613	33	2.0	33	88	5	100	32	11	19	35	1.88
125405--125440	18	2.0	18	94	0	63	83	2	5	8	0.89
129945--129991	23	2.0	24	87	4	69	23	29	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133230--133272	3	15.0	3	83	9	54	27	0	4	67	1.10
138756--139268	277	1.9	278	87	5	763	39	7	3	49	1.49
139264--139309	17	2.6	18	79	6	58	67	2	4	26	1.21
139626--139651	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
139878--139920	22	2.0	22	85	0	59	53	0	4	41	1.21
139921--140248	74	4.6	73	80	7	318	32	2	12	52	1.53
139921--140248	146	2.3	140	80	9	369	32	2	12	52	1.53
140385--140430	22	2.1	22	95	0	83	39	4	2	54	1.32
142438--142463	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
142418--142481	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86

Tables:   1   2