genome.fa.s1265.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1265
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  436287

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 319 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191131--191216	21	4.2	21	78	15	99	59	1	1	38	1.13
191265--191314	13	4.2	12	78	14	50	56	0	2	42	1.11
191258--191306	15	3.5	14	81	16	57	61	0	2	36	1.08
191295--191339	20	2.4	19	85	10	65	42	0	0	57	0.98
191349--191398	26	2.0	25	92	4	82	50	0	0	50	1.00
191354--191419	26	2.5	27	80	9	73	56	0	0	43	0.99
191682--191751	27	2.7	25	80	12	70	55	0	0	44	0.99
191702--191754	27	2.0	27	88	7	81	56	0	0	43	0.99
191707--191837	65	2.0	65	84	8	169	45	0	0	54	1.05
191787--191852	26	2.9	23	73	22	66	36	0	0	63	0.95
191768--191822	19	3.1	18	70	10	51	43	0	0	56	0.99
191736--191837	35	3.2	30	76	16	107	42	0	0	56	1.05
191779--191846	26	2.8	23	70	12	64	33	0	0	66	0.92
191787--191855	23	3.0	23	75	8	68	34	0	0	65	0.93
191941--191972	14	2.3	14	100	0	64	46	12	0	40	1.42
192125--192161	18	2.1	18	90	5	58	40	0	2	56	1.13
194226--194264	21	1.9	20	85	15	53	35	5	7	51	1.53
194771--194798	8	3.5	8	100	0	56	53	0	0	46	1.00
194749--194798	16	3.2	16	86	5	59	58	0	2	40	1.10
195190--195251	13	4.5	14	78	13	58	67	0	1	30	1.00
195194--195262	27	2.5	28	71	19	65	65	0	1	33	1.02
200910--200948	17	2.4	17	86	4	53	41	2	2	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201477--201518	22	1.9	22	90	9	68	35	0	0	64	0.94
201480--201529	26	2.0	25	84	11	66	34	2	0	64	1.05
202294--202321	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
202632--202667	17	2.1	17	90	10	56	72	5	5	16	1.23
202634--202667	18	1.9	17	88	5	50	76	5	5	11	1.14
202663--202721	27	2.2	28	79	11	70	44	1	1	52	1.21
202729--202790	33	1.9	32	87	9	90	61	0	0	38	0.96
202979--203047	9	7.6	9	73	7	50	52	0	0	47	1.00
202973--203014	18	2.3	18	79	0	57	45	0	0	54	0.99
202984--203051	28	2.3	31	80	10	79	55	0	0	44	0.99
203348--203393	15	3.1	15	87	3	67	56	0	0	43	0.99
203875--203928	18	3.0	17	76	17	56	44	3	1	50	1.30
204406--204465	32	1.9	32	82	3	77	46	3	3	46	1.35
207250--207482	119	2.0	120	92	0	396	25	15	18	40	1.89
211922--211950	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
211995--212023	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
215470--215671	63	3.2	63	96	0	359	35	25	11	27	1.91
215595--215758	87	1.9	87	85	0	229	34	25	13	26	1.93
215389--215793	213	1.9	210	84	2	533	35	25	12	26	1.92
215532--215821	150	1.9	150	86	1	411	34	26	13	26	1.93
215932--216130	48	4.2	49	73	10	162	36	23	16	23	1.94
219661--219698	20	1.9	20	89	10	60	86	2	10	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219661--219698	13	2.8	13	92	4	58	86	2	10	0	0.66
221342--221387	18	2.6	18	80	19	60	39	0	0	60	0.97
222924--222967	22	2.0	23	81	4	54	47	4	6	40	1.50
223037--223097	16	3.8	16	78	8	61	37	0	3	59	1.14
223036--223097	32	1.9	32	86	0	88	37	0	3	59	1.13
223179--223241	20	3.2	20	70	6	56	50	0	0	49	1.00
223205--223265	28	2.2	28	82	5	70	47	0	0	52	1.00
231751--231792	15	2.8	15	88	0	57	47	33	19	0	1.49
231752--231796	18	2.5	18	96	0	81	48	33	17	0	1.48
237974--238035	22	2.6	24	72	7	56	38	3	1	56	1.25
240427--240465	19	2.2	17	86	9	51	41	2	0	56	1.13
242065--242101	18	2.1	18	90	5	58	40	0	2	56	1.13
243861--243927	27	2.5	26	76	9	73	43	2	0	53	1.16
245421--245468	15	3.4	14	80	16	55	66	0	0	33	0.92
245425--245495	28	2.5	28	73	22	69	64	1	0	33	1.02
245767--245816	14	3.6	14	74	10	50	50	0	2	48	1.12
245770--245836	24	2.6	25	82	15	75	52	0	2	44	1.16
247088--247309	110	2.0	110	99	0	435	35	6	14	43	1.71
248900--248958	14	4.0	14	71	26	50	42	0	1	55	1.09
249947--249987	13	3.2	13	100	0	82	39	14	14	31	1.87
249922--250003	33	2.5	33	84	11	98	39	18	12	30	1.87
249924--250003	20	3.7	20	74	20	72	38	17	12	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250031--250086	19	2.9	19	84	5	76	37	17	10	33	1.85
250072--250098	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
261280--261512	119	2.0	120	92	0	396	25	14	17	42	1.88
264271--264297	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
268664--268863	63	3.2	63	95	1	350	35	25	12	27	1.92
268787--268946	87	1.8	87	86	0	230	33	25	14	26	1.94
268724--269010	150	1.9	150	84	1	378	33	26	14	26	1.94
268620--269039	213	2.0	211	81	4	497	35	25	12	26	1.92
269232--269333	46	2.2	46	98	0	195	34	23	16	25	1.95
269254--269351	46	2.1	46	86	3	135	35	24	16	23	1.95
275978--276008	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
276892--276921	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
277022--277081	29	2.0	31	83	6	79	51	0	0	48	1.00
293593--293653	26	2.4	25	81	10	70	44	3	0	52	1.17
293619--293704	40	2.2	40	82	4	102	51	4	0	44	1.22
293644--293726	22	3.6	23	77	9	71	54	2	0	43	1.13
294421--294485	23	2.8	22	76	17	60	56	1	3	38	1.24
295508--295533	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
295578--295623	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
295851--295900	22	2.3	22	82	6	57	40	10	6	44	1.63
296104--296168	33	2.0	33	81	6	78	35	13	16	33	1.89
301686--301728	21	2.0	22	86	4	61	27	20	0	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311925--311955	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
314309--314333	11	2.3	11	100	0	50	28	8	8	56	1.57
316021--316061	20	2.0	20	90	9	66	60	0	0	39	0.96
316045--316101	29	2.0	28	83	10	71	45	0	0	54	0.99
319540--319586	5	9.4	5	97	0	76	80	0	4	14	0.85
319897--319925	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
320160--320196	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
321265--321311	20	2.4	20	82	3	60	34	2	2	61	1.20
321895--321937	21	2.0	21	86	9	59	51	0	0	48	1.00
321889--321969	25	3.2	25	73	16	85	48	0	0	51	1.00
322257--322290	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
330134--330186	26	2.0	28	81	7	65	26	0	5	67	1.12
330407--330486	32	2.8	27	67	26	65	38	2	5	53	1.36
331510--331589	27	3.0	27	75	10	76	48	1	1	48	1.17
331699--331743	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
331727--332029	143	2.1	143	98	0	588	39	14	13	32	1.85
332013--332038	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
333902--333945	23	2.0	22	81	4	52	25	4	2	68	1.20
334196--334278	29	2.8	29	75	21	91	53	0	0	46	1.00
334207--334262	23	2.4	23	80	11	62	51	0	0	48	1.00
334259--334329	28	2.6	28	77	16	76	63	0	1	35	1.03
335769--335826	27	2.1	27	81	6	64	29	5	5	60	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336479--336623	78	1.8	79	81	7	179	28	18	15	37	1.92
341528--342985	28	50.2	28	80	8	860	23	17	30	28	1.97
341533--342648	58	18.8	58	79	9	767	22	18	29	29	1.97
341546--342662	147	7.6	146	81	8	1059	22	18	29	29	1.97
342612--343020	110	3.7	110	91	1	577	27	14	32	25	1.95
342620--343020	138	2.9	138	89	0	599	27	14	32	25	1.95
343130--343954	49	17.4	49	83	8	1032	24	26	18	30	1.98
343130--343963	92	8.8	92	90	5	1186	24	26	18	30	1.98
343252--343319	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
343571--344001	49	8.6	53	80	8	174	24	25	17	32	1.97

Tables:   1   2   3