genome.fa.s1276.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1276
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  176520

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2929--3018	13	6.0	13	73	26	72	31	15	15	37	1.89
2942--3036	19	5.6	19	72	27	106	31	15	15	36	1.90
2909--3036	32	4.0	32	96	1	229	30	14	15	39	1.88
4976--5000	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5555--5601	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
8707--8732	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8687--8750	32	2.0	32	87	3	92	31	14	14	40	1.85
10492--10533	14	3.2	13	80	12	50	66	7	7	19	1.39
12712--12787	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
13087--13119	17	1.9	17	93	0	57	57	0	0	42	0.98
13071--13110	21	1.9	21	85	10	55	57	2	0	40	1.12
13348--13391	12	3.8	12	81	3	54	47	0	0	52	1.00
14304--14341	16	2.2	18	86	9	53	63	2	2	31	1.22
14659--14709	21	2.3	22	86	6	68	66	3	1	27	1.20
19609--19638	15	2.0	15	100	0	60	53	13	6	26	1.64
20420--20461	22	2.0	22	85	4	59	38	7	14	40	1.73
20644--20691	19	2.5	19	96	0	87	43	14	12	29	1.82
20662--20726	32	2.0	32	84	3	85	46	12	10	30	1.76
24132--24162	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
26241--26278	13	2.9	13	96	0	67	34	15	15	34	1.90
26399--26444	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
28134--28229	47	2.0	47	97	0	183	38	10	18	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32808--32889	21	4.1	20	85	6	112	37	17	12	32	1.86
32808--32889	41	2.0	40	88	6	121	37	17	12	32	1.86
32925--32992	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
32927--32989	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
32946--32970	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33032--33057	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
33012--33078	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
35522--35595	27	2.7	27	89	6	105	24	32	20	22	1.98
35580--35749	52	3.3	53	74	12	147	29	25	12	32	1.92
35733--35809	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
38890--38954	33	2.0	32	82	11	78	33	18	10	36	1.86
39006--39067	32	1.9	33	83	9	83	40	12	14	32	1.84
39624--39670	22	2.2	22	88	7	71	44	19	4	31	1.70
39623--39673	21	2.5	19	84	12	66	41	17	3	37	1.68
39668--39715	24	2.0	24	100	0	96	41	8	4	45	1.53
39902--40038	46	3.0	46	95	0	247	39	20	15	24	1.91
41491--41565	21	3.7	20	71	21	57	48	0	18	33	1.49
41498--41539	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
47800--47978	82	2.2	82	93	0	304	34	17	18	30	1.94
47929--47979	19	2.6	20	84	6	68	35	17	15	31	1.92
47965--47991	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
54522--54574	20	2.8	18	94	5	88	33	16	11	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55572--55728	28	5.6	28	84	3	181	24	20	29	26	1.99
55580--55951	56	6.8	55	82	7	357	25	17	30	26	1.97
55572--55728	84	1.9	84	87	0	233	24	20	29	26	1.99
55709--55746	18	2.1	18	90	0	58	13	18	39	28	1.88
55730--55951	28	7.9	28	88	0	309	25	17	30	27	1.97
55681--55774	46	2.0	46	89	0	143	17	20	37	25	1.93
55653--55790	74	1.9	74	87	0	204	20	20	34	25	1.97
55613--55858	130	1.9	130	83	1	323	22	19	32	26	1.97
55580--55876	158	1.9	158	82	1	380	23	18	30	26	1.98
56628--56671	20	2.1	22	87	8	65	27	9	20	43	1.82
56726--56751	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
56706--56769	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
59088--59125	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
59114--59170	20	2.8	20	91	0	87	47	10	14	28	1.76
61227--61257	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
65235--65278	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
65313--65383	19	4.0	18	72	25	53	25	12	21	40	1.88
65752--65838	28	3.1	28	83	8	124	27	14	28	28	1.96
67982--68006	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
67994--68046	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
68106--68131	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
72265--72290	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72329--72404	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
72349--72422	20	3.7	20	78	3	94	31	18	13	36	1.90
72329--72422	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
74873--74911	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
74897--74975	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
78814--78858	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
81072--81097	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
81136--81211	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
81156--81229	20	3.7	20	78	3	94	31	18	13	36	1.90
81136--81229	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
84293--84317	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
86805--86829	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
86929--86954	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
91901--91935	15	2.3	15	90	0	52	22	0	37	40	1.55
95726--95783	29	2.0	29	100	0	116	44	20	20	13	1.85
99493--99569	40	1.9	40	97	0	145	27	10	33	28	1.90
99981--100055	20	3.8	19	85	7	87	37	14	12	36	1.83
101009--101293	28	10.2	28	82	3	326	23	17	29	29	1.97
103154--103186	16	2.1	16	94	0	57	21	6	18	54	1.64
108802--108843	19	2.2	19	91	0	66	19	11	40	28	1.87
108771--108844	9	7.6	9	73	16	58	17	12	44	25	1.83
108837--108940	22	4.9	22	77	9	126	19	20	39	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108818--108940	62	2.0	63	90	1	194	18	18	39	22	1.92
108916--108990	31	2.4	31	86	0	96	20	16	40	24	1.91
108986--109211	124	1.8	123	87	0	335	14	15	29	41	1.86
109268--109439	40	4.2	41	75	10	156	13	17	33	34	1.89
109251--109439	81	2.3	80	82	4	236	13	18	32	35	1.90
109530--109587	30	1.9	31	82	10	75	5	8	15	70	1.30
109876--109930	22	2.7	20	81	10	67	16	0	7	76	1.00
110901--111730	42	19.7	42	72	6	477	37	17	26	17	1.92
110840--111799	127	7.6	128	75	8	550	37	17	26	18	1.93
111710--111806	42	2.3	42	85	0	122	31	19	27	20	1.97
112288--112337	21	2.3	22	77	19	52	14	12	14	60	1.60
112979--113055	20	3.8	20	83	6	111	32	16	11	38	1.85
115141--115170	9	3.3	9	100	0	60	20	10	0	70	1.16
121458--122053	27	21.7	27	83	4	687	24	30	14	30	1.94
121424--122157	28	26.5	28	83	4	749	25	30	14	29	1.95
121458--122053	192	3.1	191	87	4	801	24	30	14	30	1.94
122064--123084	28	34.3	29	80	8	768	30	29	17	22	1.96
122054--123103	58	17.7	57	81	8	747	30	29	17	23	1.97
123175--123271	49	2.1	47	86	7	135	21	28	18	30	1.97
130426--130451	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
130408--130471	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
130506--130549	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136632--136656	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
139202--139227	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
139282--139325	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
140132--140187	19	2.8	20	84	15	80	37	16	14	32	1.88
140173--140199	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
140154--140218	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
151694--151724	14	2.2	14	100	0	62	0	0	6	93	0.35
152084--152267	71	2.6	71	83	1	208	20	16	39	23	1.91
152151--152254	22	4.5	22	70	15	75	21	18	39	21	1.93
152375--152762	40	9.5	40	71	13	254	11	16	33	37	1.85

Tables:   1   2