genome.fa.s1281.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1281
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186375

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
407--440	15	2.3	15	89	0	50	41	8	0	50	1.34
1204--1234	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
6194--6270	16	4.9	16	73	7	68	45	28	12	12	1.80
6192--6270	32	2.5	32	81	4	88	45	29	12	12	1.79
7406--7476	28	2.5	29	93	2	117	46	0	7	46	1.30
7456--7495	20	2.0	20	90	0	62	57	2	5	35	1.34
8934--8958	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9232--9282	13	4.3	12	79	20	63	49	1	1	47	1.24
9243--9282	21	1.9	21	90	10	64	50	0	2	47	1.14
11375--11628	109	2.4	105	80	10	261	46	3	2	47	1.35
13263--13338	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
13253--13371	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
13328--13377	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
18910--18934	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
22888--23109	51	4.4	51	75	5	157	25	18	17	39	1.92
22935--23140	103	2.1	99	80	9	233	25	19	16	37	1.93
26213--26590	166	2.3	162	77	8	361	48	7	13	30	1.69
26280--26616	164	2.0	164	79	8	355	48	6	13	31	1.68
27330--27476	51	2.9	51	79	2	145	27	21	18	32	1.97
27975--28131	69	2.3	69	79	0	188	36	12	20	31	1.89
28112--28202	36	2.5	36	94	0	155	31	6	26	35	1.82
28112--28222	36	3.0	36	89	5	141	30	7	23	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29305--29348	21	2.1	21	87	8	63	22	2	2	72	1.07
29518--29565	21	2.4	19	80	16	53	72	2	2	22	1.05
31225--31258	17	1.9	18	94	5	61	50	0	5	44	1.26
33221--33250	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
33273--33339	20	3.4	19	85	8	89	29	16	11	41	1.84
35627--35761	51	2.7	49	80	10	146	31	22	11	34	1.91
35781--36107	79	4.2	79	84	3	398	27	25	13	33	1.93
41197--41270	20	3.7	20	85	1	94	40	9	16	33	1.80
43781--44070	76	3.7	78	80	8	295	28	27	11	32	1.91
44670--44776	20	5.7	20	77	18	97	29	14	14	40	1.87
44707--44759	13	4.5	13	73	26	64	28	16	15	39	1.89
44687--44759	33	2.2	33	97	0	137	28	16	15	39	1.89
44670--44776	53	2.0	53	85	7	146	29	14	14	40	1.87
47079--47198	51	2.4	52	78	5	120	26	27	15	30	1.96
47176--47408	107	2.2	107	81	1	279	27	23	16	32	1.96
47346--47509	51	3.2	51	82	1	177	31	26	10	31	1.90
59927--59964	7	5.4	7	87	12	60	86	13	0	0	0.56
59925--59971	14	3.4	13	86	13	67	87	10	2	0	0.63
59925--59971	16	3.0	15	84	9	58	87	10	2	0	0.63
59925--59971	10	4.4	11	81	10	53	87	10	2	0	0.63
61062--61482	55	7.3	55	79	10	409	27	25	21	25	1.99
61086--61482	116	3.4	114	79	11	439	27	24	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61062--61489	171	2.5	171	88	3	608	27	25	21	26	1.99
61496--61615	45	2.8	41	74	9	105	21	24	13	40	1.89
61487--61642	42	3.6	43	75	9	120	19	24	10	45	1.82
61487--61651	87	1.9	86	81	6	199	21	23	11	43	1.85
61655--61756	40	2.5	40	81	7	109	17	28	10	43	1.83
62403--62510	20	5.8	19	77	18	111	27	16	13	41	1.87
62421--62485	33	2.0	33	100	0	130	27	15	15	41	1.87
62440--62470	13	2.4	13	88	0	53	29	12	16	41	1.85
62403--62505	53	1.9	53	86	7	147	28	15	14	41	1.86
64787--64930	51	2.8	51	79	0	171	32	21	11	34	1.90
64867--65142	107	2.6	106	76	7	263	29	22	14	33	1.94
66309--66360	23	2.3	23	83	9	63	19	3	9	67	1.35
68479--68875	167	2.4	165	83	7	473	28	11	10	49	1.72
70088--70126	19	2.0	20	90	5	62	76	0	0	23	0.78
70081--70133	11	4.7	11	81	11	63	71	0	1	26	0.96
70081--70134	12	4.5	13	80	17	55	70	0	1	27	0.98
70799--70851	22	2.4	22	90	0	79	35	22	20	20	1.96
71231--71270	18	2.2	18	95	0	71	12	10	10	67	1.42
83653--83677	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
83635--83677	19	2.3	19	87	0	59	86	0	9	4	0.71
84473--84620	44	3.4	44	79	7	149	20	25	12	41	1.88
84791--85656	42	20.5	43	75	4	568	17	29	17	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84747--85656	336	2.7	338	87	2	1215	18	29	17	35	1.94
84823--85724	127	7.1	126	74	7	424	17	28	18	35	1.93
86416--86471	19	2.8	20	83	5	69	32	16	16	35	1.90
86516--86546	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
86500--86566	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
94557--94590	17	1.9	17	94	5	59	61	0	29	8	1.26
95244--95273	13	2.3	13	94	0	51	40	20	6	33	1.78
96165--96227	3	22.3	3	78	15	64	71	0	1	26	0.95
96172--96225	17	3.2	16	78	17	65	72	0	1	25	0.95
96892--96939	22	2.2	22	92	0	78	37	18	20	22	1.94
97040--97075	19	1.9	19	88	5	56	69	11	11	8	1.37
104996--105137	66	2.2	66	85	8	200	30	30	14	23	1.94
113206--113755	44	12.5	44	72	9	336	21	22	14	41	1.89
113206--113721	133	3.9	133	83	2	542	21	23	14	41	1.89
113556--113783	88	2.6	88	81	7	223	21	23	14	40	1.90
113205--113757	220	2.5	219	78	8	577	21	22	14	41	1.89
113595--113792	88	2.3	87	82	6	249	20	24	15	40	1.90
115136--115407	137	2.0	137	92	0	454	29	11	9	49	1.70
114992--115574	304	1.9	304	88	5	883	28	11	9	50	1.69
115273--115814	167	3.3	166	85	6	665	28	11	9	50	1.70
116371--116422	22	2.4	22	87	9	72	71	0	25	3	1.03
117366--117679	161	2.0	160	85	4	429	35	10	13	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122249--122356	4	28.0	4	71	10	64	70	0	2	25	1.07
122250--122367	46	2.5	47	80	13	120	70	0	2	26	1.06
122403--122485	38	2.2	38	91	0	139	25	18	9	46	1.79
122509--122564	12	4.5	12	81	4	58	25	26	10	37	1.88
123001--123066	22	2.8	23	88	6	98	43	36	15	4	1.67
135588--135644	11	5.7	10	77	20	57	80	0	12	7	0.89
137134--137594	85	5.4	85	82	3	464	18	30	17	33	1.94
137276--137684	212	1.9	212	86	1	577	19	29	18	32	1.95
137146--137761	42	14.6	42	73	6	357	19	29	17	32	1.95
138282--138358	12	6.8	12	74	14	65	68	0	1	29	0.97
138283--138360	21	3.6	21	79	16	88	69	0	1	29	0.97
138397--138469	38	1.9	38	94	0	128	26	16	10	46	1.80
138995--139059	19	3.5	19	79	8	89	44	36	13	4	1.65
138993--139073	36	2.2	36	93	0	135	45	35	14	3	1.63
141227--141264	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
141714--141749	18	1.9	19	88	5	56	36	11	16	36	1.84
153568--153716	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
153705--153729	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
153770--153836	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
153792--153816	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
154602--155204	43	12.6	52	79	14	440	32	17	24	24	1.97
154731--154799	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154709--155166	43	10.1	43	82	10	547	31	18	24	25	1.98
154753--154820	21	3.2	21	62	25	52	27	17	27	26	1.98
154734--154804	24	3.2	24	61	19	62	28	19	25	26	1.99
154708--155165	92	5.0	92	94	1	757	31	18	24	25	1.97
155215--155284	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
155289--156112	70	11.7	70	81	9	860	34	11	33	20	1.89
155269--156112	37	23.9	35	80	14	859	34	11	33	20	1.89
155484--156120	33	18.5	34	83	11	730	33	11	33	20	1.89
155406--155570	87	1.9	88	93	1	287	34	11	32	21	1.89
155494--156213	140	5.4	139	87	8	939	33	11	34	20	1.89

Tables:   1   2