genome.fa.s1293.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1293
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  240166

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5240--5303	33	1.9	33	87	6	94	34	15	14	35	1.88
5329--5391	19	3.3	18	85	12	90	33	17	14	34	1.90
5375--5400	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
6761--6831	32	2.2	32	87	0	97	30	8	19	40	1.81
6852--6910	21	2.8	21	100	0	118	42	13	10	33	1.78
7709--7734	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7689--7752	33	2.0	32	87	3	92	28	14	18	39	1.90
12454--12480	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
18627--18695	33	2.1	33	86	5	95	36	17	13	33	1.88
18627--18672	13	4.0	13	69	30	50	36	17	13	32	1.88
18725--18780	19	2.9	19	87	10	78	35	16	14	33	1.88
25467--25836	78	4.7	78	76	6	336	33	13	25	26	1.94
25469--25854	156	2.5	156	80	3	418	34	13	25	27	1.93
29084--29640	44	12.9	44	72	10	337	18	21	16	43	1.88
29105--29555	167	2.6	168	81	3	472	19	21	16	41	1.90
29407--29684	44	6.4	42	76	9	175	19	20	15	44	1.87
29084--29643	87	6.5	87	79	4	546	19	21	16	43	1.89
29152--29639	255	1.9	255	84	1	656	19	21	17	42	1.89
32596--32701	26	3.8	27	74	12	72	17	3	10	67	1.34
32714--32746	8	4.2	8	92	7	59	15	0	0	84	0.61
32661--32743	15	5.3	15	74	8	67	19	3	2	74	1.07
33591--33645	19	2.8	20	77	5	67	38	14	14	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33631--33657	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
34353--34387	17	2.1	17	94	0	61	20	25	0	54	1.45
36220--36259	13	3.1	13	77	0	53	45	15	7	32	1.74
37587--37664	39	2.0	39	100	0	156	48	10	7	33	1.66
38709--38767	25	2.4	25	97	0	109	28	11	10	49	1.72
42455--42508	20	2.7	20	94	0	90	44	9	16	29	1.79
43308--43923	28	21.8	28	83	2	703	23	16	30	28	1.96
43308--43923	113	5.5	113	84	2	718	23	16	30	28	1.96
43303--43920	141	4.4	141	83	4	762	23	16	30	28	1.96
43940--44079	27	5.1	27	87	1	190	30	14	31	24	1.94
43930--44079	55	2.7	55	85	2	203	28	14	32	25	1.94
43826--44017	101	1.9	102	81	3	235	24	14	32	28	1.94
45841--45865	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
45819--45885	33	2.1	33	88	8	102	32	13	16	37	1.88
48406--48457	20	2.6	20	90	0	77	42	15	17	25	1.88
56379--56409	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
56359--56425	33	2.0	33	88	5	100	35	17	13	32	1.89
56454--56507	20	2.8	20	85	2	65	37	22	12	27	1.91
59005--59069	20	3.6	20	71	26	72	36	13	20	29	1.91
58992--59069	33	2.4	33	93	0	129	37	12	19	30	1.89
59025--59049	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
72442--72518	20	3.8	20	76	10	68	40	11	15	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73068--73226	81	2.0	81	94	0	282	38	17	10	32	1.84
74582--74616	3	11.7	3	87	0	52	31	28	0	40	1.57
74582--74616	15	2.3	15	100	0	70	31	28	0	40	1.57
76203--76265	33	1.9	33	90	6	101	33	20	12	33	1.90
77333--78006	161	4.1	163	83	4	788	31	11	6	50	1.63
78146--78178	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
79517--79818	160	1.9	162	84	4	414	35	9	12	42	1.76
81820--81845	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
81804--81866	34	1.9	32	87	6	90	44	17	12	25	1.84
87549--87618	34	2.1	34	86	0	95	22	8	18	50	1.74
89652--89695	20	2.1	21	83	8	54	31	0	2	65	1.05
101317--101341	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
107031--107084	20	2.6	21	88	2	74	35	12	18	33	1.89
107031--107087	21	2.8	20	86	2	78	35	14	19	31	1.91
110577--110601	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
110701--110726	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
112514--112546	15	2.2	15	94	0	57	30	0	39	30	1.57
117574--117614	20	2.0	21	85	9	57	12	43	34	9	1.75
118986--119029	22	2.0	22	91	4	72	29	0	31	38	1.58
119583--119607	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
119595--119647	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
119707--119732	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122652--122710	20	2.9	19	80	12	55	42	10	8	38	1.69
128904--129279	154	2.4	154	85	3	492	38	18	17	25	1.92
134719--134757	20	2.0	20	89	0	60	43	5	10	41	1.61
135228--135261	11	3.2	11	87	8	52	0	8	2	88	0.62
135228--135260	10	3.2	10	95	4	57	0	9	3	87	0.63
136432--136485	21	2.5	21	81	3	63	57	1	22	18	1.50
137865--137914	20	2.5	20	83	0	64	24	16	16	44	1.86
138468--138629	31	4.9	34	82	8	169	32	9	27	29	1.89
139867--139892	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
142112--142156	22	2.1	21	84	8	56	55	4	17	22	1.60
143960--143990	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
145986--146065	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
146051--146089	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
146210--146256	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
146212--146254	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
148608--148633	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
150429--150494	27	2.5	26	75	4	69	24	16	18	40	1.90
151541--151566	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
151605--151680	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
151626--151698	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
151605--151698	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
153169--153207	13	3.0	13	92	0	69	30	20	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153196--153272	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
155288--155318	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
159380--159405	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
159444--159519	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
159465--159537	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
159444--159537	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
159985--160046	33	1.9	33	87	9	92	27	11	16	45	1.81
161713--161739	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
168831--168886	20	2.7	21	80	5	60	33	21	10	33	1.88
169492--169533	21	2.0	21	90	0	66	33	28	4	33	1.78
169554--169594	20	2.1	20	95	4	75	17	29	4	48	1.67
169643--169686	23	2.0	22	90	4	70	50	11	25	13	1.75
177369--177398	13	2.3	13	94	0	51	36	16	16	30	1.91
177345--177410	33	2.0	33	87	0	96	31	22	13	31	1.93
177443--177497	19	2.8	19	86	2	83	36	14	20	29	1.92
177826--177926	40	2.5	40	95	1	175	42	4	23	28	1.75
180723--180775	20	2.7	20	91	5	81	28	20	13	37	1.90
181377--181448	21	3.7	19	75	14	76	36	31	0	31	1.58
181453--181491	18	2.1	19	95	4	71	15	30	0	53	1.42
183337--183365	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
190006--190129	52	2.4	51	93	1	203	29	17	18	34	1.94
190006--190149	52	2.8	52	88	3	175	30	18	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190138--190162	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
190203--190269	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
190225--190249	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
192792--192844	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
192875--192939	32	2.0	33	87	3	96	40	16	18	24	1.91
194300--194357	27	2.1	27	87	0	80	32	10	24	32	1.89
197192--197225	16	2.1	16	94	0	59	17	32	0	50	1.47
202297--202322	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
207485--207571	36	2.6	34	79	13	108	32	24	14	28	1.95
210020--210045	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61

Tables:   1   2