genome.fa.s1340.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1340
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186353

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3964--4223	50	5.2	50	85	3	344	30	17	17	34	1.94
10011--10088	40	2.0	39	84	2	102	41	12	11	34	1.80
10014--10088	20	3.8	20	76	0	69	41	12	12	34	1.79
10644--11787	28	40.1	28	81	10	1152	22	18	31	27	1.97
10696--11788	254	4.3	255	90	4	1566	21	18	31	27	1.97
10682--11787	226	4.9	225	83	9	1234	21	18	31	27	1.97
13020--13072	1	53.0	1	80	0	61	0	1	7	90	0.52
13026--13072	15	3.3	15	94	5	80	0	0	8	91	0.42
17796--17920	52	2.4	52	94	2	216	29	17	18	34	1.94
17796--17940	52	2.8	50	87	8	193	31	17	18	33	1.94
17929--17953	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
18019--18043	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17997--18063	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
28572--28646	20	3.8	20	78	7	89	40	10	13	36	1.79
29430--29459	15	1.9	16	93	6	53	70	0	6	23	1.11
30039--30078	2	20.0	2	86	0	53	42	0	5	52	1.23
31465--31491	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
35694--35727	17	1.9	17	88	5	50	61	0	0	38	0.96
36122--36175	25	2.2	25	83	9	67	48	3	3	44	1.38
38378--38419	22	1.9	22	90	0	66	50	0	0	50	1.00
38729--38840	50	2.2	50	82	6	129	30	16	16	37	1.90
40057--40111	12	4.6	12	74	14	51	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40798--41632	219	3.9	219	86	6	1141	44	7	9	38	1.65
42002--42064	25	2.5	26	75	12	60	47	1	6	44	1.38
42577--42628	26	2.0	27	84	3	70	42	3	1	51	1.31
43954--44014	4	14.2	4	77	13	59	3	27	0	68	1.05
43954--44014	13	4.7	13	76	13	54	3	27	0	68	1.05
45450--45489	18	2.3	18	86	4	55	52	0	2	45	1.14
48744--48914	51	3.6	49	76	16	189	40	10	18	29	1.84
48790--48957	20	7.8	20	74	18	151	39	11	17	30	1.85
48744--48964	91	2.4	91	93	1	381	39	11	18	30	1.87
49839--50757	57	16.0	57	83	6	995	23	16	30	29	1.96
49839--50760	85	10.7	85	85	5	1065	23	16	30	29	1.96
49919--50760	28	29.5	28	84	4	1017	23	16	30	29	1.96
52038--52091	1	54.0	1	81	0	63	0	0	9	90	0.45
52027--52090	9	6.9	9	84	12	85	0	1	10	87	0.61
52027--52090	19	3.4	18	85	12	85	0	1	10	87	0.61
52008--52094	28	3.0	29	81	10	106	2	2	12	82	0.85
52015--52092	9	7.8	10	80	12	81	1	2	11	84	0.78
52015--52091	11	6.5	11	76	21	68	1	2	10	85	0.75
61510--61549	19	2.1	19	85	0	53	70	7	10	12	1.35
65711--65886	51	3.7	51	76	16	203	42	13	17	27	1.86
65759--65926	20	7.8	20	72	18	133	39	12	18	29	1.87
65711--65933	91	2.5	91	93	0	374	40	13	18	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73157--73248	33	2.8	32	73	11	96	65	3	27	4	1.27
74864--74929	20	3.7	20	73	26	83	30	18	12	39	1.87
74864--74940	13	6.9	12	68	25	62	31	16	12	38	1.87
74864--74963	33	3.0	33	92	5	159	32	17	13	38	1.87
74884--74940	13	4.8	13	75	20	63	33	15	14	36	1.88
75428--75940	254	2.0	254	97	0	965	32	21	7	38	1.82
77162--77210	13	4.2	13	70	24	54	34	16	16	32	1.91
77162--77230	34	2.1	32	89	10	104	33	15	15	34	1.90
79788--79826	13	3.0	13	88	0	60	35	15	17	30	1.91
84167--84532	79	4.6	77	84	4	275	33	13	24	28	1.93
84273--84324	28	1.9	27	88	7	79	30	21	26	21	1.98
84187--84532	158	2.2	158	85	3	464	33	13	24	28	1.93
84464--84583	51	2.4	51	92	0	195	32	15	25	26	1.96
84387--84714	130	2.5	131	87	2	455	34	13	23	28	1.93
84594--84832	51	4.6	51	82	7	265	35	10	23	30	1.89
84592--84832	102	2.4	102	83	6	310	35	10	23	30	1.89
87154--87184	13	2.4	13	94	0	53	38	16	12	32	1.86
87132--87206	33	2.3	33	90	0	123	42	10	16	30	1.81
87165--87221	20	2.8	20	82	10	80	43	12	15	28	1.83
87260--87285	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
88057--88082	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
90434--90480	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90601--90639	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
90625--90663	20	2.0	20	94	0	69	51	10	15	23	1.73
92718--92748	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
94552--94596	22	2.1	21	84	8	56	22	17	4	55	1.60
96815--96840	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
98464--98510	24	1.9	25	86	4	69	12	19	14	53	1.73
100296--100376	13	6.2	13	69	27	64	33	16	16	34	1.91
100332--100395	19	3.7	19	76	23	86	31	15	15	37	1.89
100296--100396	32	3.1	32	94	5	168	32	15	15	35	1.90
100476--100500	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
100459--100521	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
102487--102514	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
107122--107226	35	3.0	35	97	0	201	17	13	22	46	1.82
108754--108784	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
108734--108800	33	2.0	33	86	11	93	34	17	11	35	1.87
108871--108897	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
108852--108916	33	2.0	32	90	3	103	40	18	15	26	1.90
110574--110604	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
110670--110722	19	2.7	20	91	2	81	39	18	16	24	1.91
112382--112411	13	2.3	13	100	0	60	30	13	16	40	1.87
112477--112529	19	2.7	20	91	2	81	39	18	16	24	1.91
116508--116540	17	1.9	17	93	0	57	84	0	0	15	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116539--116595	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
116651--116718	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
116672--116696	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
116653--116715	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
116758--116783	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116738--116804	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
119253--119328	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
119233--119594	107	3.4	103	71	12	277	27	28	14	30	1.95
119142--119480	52	6.4	51	69	16	190	30	26	12	30	1.93
119464--119540	28	2.8	28	86	11	97	24	31	18	25	1.97
119140--119545	212	1.9	212	87	5	595	28	26	13	31	1.94
125449--125473	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
125461--125513	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
125573--125598	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
125555--125618	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
131750--131774	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
134199--134274	20	3.8	20	77	10	66	40	17	15	26	1.89
134305--134368	33	2.0	32	87	3	92	40	20	12	26	1.88
135437--135467	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
135417--135487	33	2.2	33	87	5	99	32	16	14	36	1.89
135450--135502	20	2.7	20	100	0	106	32	18	15	33	1.92
135532--135605	19	3.7	19	87	5	85	36	18	16	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137627--137693	20	3.2	21	75	8	66	31	23	8	35	1.86
138992--139041	14	3.6	14	77	0	55	64	6	4	26	1.35
139801--139851	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
139904--139928	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
144570--144615	20	2.2	21	85	11	60	32	0	0	67	0.91
144674--144728	28	1.9	29	85	10	78	54	0	3	41	1.18
144685--144727	17	2.3	19	84	11	54	58	0	2	39	1.11
145866--145916	24	2.2	21	83	16	66	43	1	1	52	1.23
148776--148831	20	2.7	21	86	5	78	28	17	14	39	1.89
153818--153893	29	2.6	30	82	4	91	15	18	13	52	1.74

Tables:   1   2