genome.fa.s1349.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1349
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  45066

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110--203	42	2.2	41	79	9	100	41	14	25	18	1.88
265--486	61	3.6	61	83	1	257	30	20	25	23	1.99
788--1103	61	5.2	62	80	6	322	29	21	25	23	1.99
800--1063	122	2.2	122	86	0	368	31	20	25	22	1.98
800--1101	122	2.5	121	82	3	363	30	20	26	22	1.98
1406--1721	61	5.1	62	79	4	318	30	21	25	23	1.99
271--2050	620	2.9	615	93	2	2962	29	19	21	28	1.98
1422--1683	123	2.1	123	85	2	348	32	20	25	22	1.98
2115--2217	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
2316--2415	42	2.4	42	78	11	107	43	16	23	18	1.88
2478--2693	61	3.5	61	82	3	265	29	20	25	24	1.99
3294--3515	61	3.6	62	84	1	295	30	20	25	24	1.99
3902--4004	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
4007--4241	42	5.4	43	72	11	167	41	14	24	20	1.89
4145--4259	44	2.7	42	76	11	124	43	12	26	17	1.84
4264--4477	61	3.5	61	83	2	263	30	20	26	22	1.98
4781--5095	61	5.2	62	77	7	270	29	21	26	23	1.99
4801--5055	121	2.1	122	85	1	343	31	20	25	22	1.98
5485--5584	41	2.4	41	80	12	100	44	11	27	18	1.83
5590--5844	43	5.8	43	71	14	155	42	12	25	18	1.86
5857--6069	61	3.5	62	85	2	288	30	19	25	23	1.98
6371--6684	61	5.1	61	80	1	333	29	21	26	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7080--7184	41	2.6	40	84	13	126	46	11	25	16	1.80
7325--7435	45	2.5	45	84	7	131	42	12	27	18	1.86
7430--7665	61	3.9	62	84	2	289	31	19	25	22	1.98
7967--8280	61	5.1	62	80	3	332	29	21	25	22	1.99
7979--8242	122	2.2	122	86	0	368	31	20	25	22	1.98
8583--8895	61	5.1	61	80	3	317	29	22	25	23	1.99
7432--9842	616	3.9	619	96	1	4273	29	19	22	28	1.98
8595--8857	122	2.2	122	86	1	359	30	20	25	22	1.98
8595--8895	121	2.5	121	82	3	372	29	21	26	22	1.99
9199--9512	61	5.1	62	81	3	341	29	21	25	22	1.99
9211--9474	122	2.2	122	87	0	377	31	20	26	22	1.98
9906--10005	41	2.4	41	85	9	125	46	12	24	18	1.82
10011--10250	43	5.5	44	71	12	154	41	13	24	20	1.89
10109--10208	42	2.4	41	80	8	103	41	15	24	20	1.90
10059--10264	45	4.7	44	70	13	133	41	13	27	17	1.87
10270--10490	61	3.6	62	84	2	286	29	20	25	24	1.99
10792--11105	61	5.1	62	80	4	334	29	21	25	23	1.99
10804--11105	122	2.5	121	83	4	383	30	20	26	22	1.98
11499--11601	41	2.5	41	83	10	122	48	11	23	16	1.79
11604--11843	43	5.5	44	71	12	154	41	13	24	20	1.89
11702--11801	42	2.4	41	80	8	103	41	15	24	20	1.90
11652--11857	45	4.7	44	70	13	133	41	13	27	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11863--12083	61	3.6	61	83	1	273	29	20	25	23	1.99
12383--12698	61	5.2	62	79	7	315	29	21	25	23	1.99
12395--12696	122	2.5	121	82	4	374	30	20	26	22	1.98
13090--13188	40	2.5	39	83	11	112	45	12	24	18	1.83
13194--13433	43	5.5	44	71	12	154	41	13	24	20	1.89
13292--13391	42	2.4	41	80	8	103	41	15	24	20	1.90
13242--13447	45	4.7	44	70	13	133	41	13	27	17	1.87
13453--13668	61	3.5	62	85	2	276	31	20	25	23	1.98
13975--14287	61	5.1	61	80	3	335	29	21	25	23	1.99
13991--14270	122	2.3	122	86	0	373	30	20	26	22	1.98
14679--14781	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
15040--15260	61	3.6	60	82	3	246	29	20	26	23	1.99
15558--15871	61	5.1	61	80	3	328	29	21	25	22	1.99
15574--15832	121	2.1	122	87	1	360	31	20	25	22	1.98
16267--16369	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
16632--16850	61	3.6	60	81	2	251	29	20	25	24	1.99
17149--17461	61	5.1	62	80	5	334	30	21	25	22	1.99
17161--17458	121	2.5	120	82	6	375	30	20	26	22	1.98
18218--18433	61	3.5	62	83	2	276	30	19	26	23	1.98
18739--19051	61	5.1	61	80	3	317	29	21	25	23	1.99
18759--19013	122	2.1	122	86	1	352	31	20	25	22	1.98
18760--19051	121	2.4	122	83	2	356	30	21	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19355--19667	61	5.1	62	79	5	316	30	21	25	23	1.99
18224--19999	616	2.9	619	95	1	3094	29	19	22	28	1.98
19371--19629	121	2.1	122	86	2	353	32	20	25	22	1.98
20063--20165	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
20267--20366	42	2.4	42	78	11	107	43	16	23	18	1.88
20428--20643	61	3.5	62	83	2	276	30	20	25	23	1.99
20948--21261	61	5.1	61	80	3	328	30	21	25	23	1.99
20960--21223	122	2.2	122	87	0	377	31	20	25	22	1.98
20960--21261	122	2.5	121	83	3	363	30	20	25	22	1.98
20475--21592	618	1.8	610	90	1	1574	29	19	22	28	1.98
21657--21759	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
21762--22001	43	5.5	44	72	11	156	42	14	23	19	1.87
21810--22008	45	4.5	45	70	15	139	42	14	25	17	1.87
22021--22236	61	3.5	62	84	2	285	31	19	25	23	1.98
22541--22854	61	5.1	61	80	2	326	29	21	25	23	1.99
22562--22854	122	2.4	122	84	2	365	31	21	25	22	1.98
22027--23801	618	2.9	618	95	0	3120	29	19	22	28	1.98
23159--23472	61	5.1	62	80	3	332	29	21	25	22	1.99
23865--23967	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
24068--24167	42	2.4	42	78	11	107	43	16	23	18	1.88
24229--24444	61	3.5	62	83	2	276	30	20	25	23	1.99
24932--25047	45	2.7	45	80	11	127	43	12	27	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25052--25272	61	3.6	62	85	2	304	29	20	25	24	1.99
25661--25763	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
26026--26241	61	3.5	62	83	2	276	30	19	26	23	1.98
26545--26860	61	5.2	62	78	6	279	29	21	25	23	1.99
26566--26858	122	2.4	123	81	4	360	31	21	25	22	1.98
27252--27351	41	2.4	41	82	12	109	45	11	27	17	1.81
27357--27611	43	5.8	43	71	14	155	42	12	25	18	1.86
27624--27836	61	3.5	62	85	2	288	30	19	25	23	1.98
28139--28452	61	5.1	61	80	1	333	29	21	26	23	1.99
28847--28949	41	2.5	40	83	13	122	45	11	26	16	1.81
29091--29206	45	2.7	45	80	11	127	43	12	27	17	1.84
29211--29431	61	3.6	62	84	2	286	29	20	25	24	1.99
29733--30046	61	5.1	62	80	3	332	29	21	25	22	1.99
29745--30008	122	2.2	122	86	0	368	31	20	25	22	1.98
30350--30663	61	5.1	62	80	3	323	29	21	25	22	1.99
29203--31610	617	3.9	619	96	0	4299	29	19	22	28	1.98
30362--30625	122	2.2	122	86	0	359	31	20	25	22	1.98
30967--31280	61	5.1	62	81	3	341	29	21	25	22	1.99
30979--31242	122	2.2	122	87	0	377	31	20	26	22	1.98
31674--31773	41	2.4	41	85	9	125	46	12	24	18	1.82
31779--32018	43	5.5	44	71	12	154	41	13	24	20	1.89
31877--31976	42	2.4	41	80	8	103	41	15	24	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31827--32032	45	4.7	44	70	13	133	41	13	27	17	1.87
32038--32258	61	3.6	62	84	2	286	29	20	25	24	1.99
32561--32874	61	5.1	62	80	4	334	29	21	25	23	1.99
32573--32874	122	2.5	121	83	4	383	30	20	26	22	1.98
33268--33370	41	2.5	41	83	10	122	48	11	23	16	1.79
33373--33612	43	5.5	44	71	12	154	41	13	24	20	1.89
33471--33570	42	2.4	41	80	8	103	41	15	24	20	1.90
33421--33626	45	4.7	44	70	13	133	41	13	27	17	1.87
33632--33852	61	3.6	61	83	1	264	30	20	24	23	1.99
34155--34468	61	5.1	62	81	3	341	29	21	25	22	1.99

Tables:   1   2